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- PDB-7qq6: GCN2 (EIF2ALPHA KINASE 4, E2AK4) IN COMPLEX WITH COMPOUND 1 (dovi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qq6
タイトルGCN2 (EIF2ALPHA KINASE 4, E2AK4) IN COMPLEX WITH COMPOUND 1 (dovitinib)
要素eIF-2-alpha kinase GCN2
キーワードTRANSFERASE / EIF2 kinase / Integrated Stress Response / GCN2
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translational initiation by eIF2 alpha phosphorylation / positive regulation of translational initiation in response to starvation / negative regulation of CREB transcription factor activity / GCN2-mediated signaling / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / regulation of feeding behavior / negative regulation of translational initiation in response to stress / host-mediated suppression of viral genome replication / T cell activation involved in immune response / positive regulation of adaptive immune response ...regulation of translational initiation by eIF2 alpha phosphorylation / positive regulation of translational initiation in response to starvation / negative regulation of CREB transcription factor activity / GCN2-mediated signaling / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / regulation of feeding behavior / negative regulation of translational initiation in response to stress / host-mediated suppression of viral genome replication / T cell activation involved in immune response / positive regulation of adaptive immune response / neuron projection extension / regulation of translational initiation / cellular response to cold / negative regulation of neuron differentiation / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / long-term memory / positive regulation of defense response to virus by host / negative regulation of translational initiation / cytosolic ribosome / cellular response to amino acid starvation / DNA damage checkpoint signaling / positive regulation of long-term synaptic potentiation / learning / cellular response to UV / protein autophosphorylation / defense response to virus / adaptive immune response / viral translation / tRNA binding / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
eIF-2-alpha kinase Gcn2 / Histidyl tRNA synthetase-related domain / Anticodon binding domain of tRNAs / RWD domain / RWD domain profile. / RWD / RWD domain / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / : ...eIF-2-alpha kinase Gcn2 / Histidyl tRNA synthetase-related domain / Anticodon binding domain of tRNAs / RWD domain / RWD domain profile. / RWD / RWD domain / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / : / Anticodon-binding domain superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-38O / eIF-2-alpha kinase GCN2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Maia de Oliveira, T.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other private 英国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020
タイトル: The structure of human GCN2 reveals a parallel, back-to-back kinase dimer with a plastic DFG activation loop motif.
著者: Maia de Oliveira, T. / Korboukh, V. / Caswell, S. / Winter Holt, J.J. / Lamb, M. / Hird, A.W. / Overman, R.
履歴
登録2022年1月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: eIF-2-alpha kinase GCN2
B: eIF-2-alpha kinase GCN2
C: eIF-2-alpha kinase GCN2
D: eIF-2-alpha kinase GCN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,7088
ポリマ－147,1394
非ポリマー1,5704
水81145
1
A: eIF-2-alpha kinase GCN2
B: eIF-2-alpha kinase GCN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3544
ポリマ－73,5692
非ポリマー7852
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: eIF-2-alpha kinase GCN2
D: eIF-2-alpha kinase GCN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3544
ポリマ－73,5692
非ポリマー7852
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)155.420, 162.600, 123.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1808-

HOH

21A-1812-

HOH

31B-1810-

HOH

41B-1812-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
eIF-2-alpha kinase GCN2 / Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 4 / GCN2-like protein


分子量: 36784.641 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2AK4, GCN2, KIAA1338 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9P2K8, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-38O / 4-amino-5-fluoro-3-[5-(4-methylpiperazin-1-yl)-1H-benzimidazol-2-yl]quinolin-2(1H)-one / Dovitinib / ドビチニブ


分子量: 392.429 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21FN6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM MES pH6 with 20 per cent PEG 8000 and 200mM calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→49.36 Å / Num. obs: 38997 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.79→2.87 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.674 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 17912 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZYD

1zyd


解像度: 2.8→24.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU R Cruickshank DPI: 0.854 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.759 / SU Rfree Blow DPI: 0.331 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.341
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1946 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.213 38918 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 200.82 Å2 / Biso mean: 91.21 Å2 / Biso min: 45.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.238 Å20 Å20 Å2
2---11.3141 Å20 Å2
3---12.5521 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→24.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8531 0 116 45 8692
Biso mean--85.3 75.47 -
残基数----1071
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3023SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1473HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8866HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1131SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9838SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8866HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12033HARMONIC21.2
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.77
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.86
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5514 39 5.01 %
Rwork0.3738 740 -
all0.3822 779 -
obs--85.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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