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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qq6 | ||||||
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タイトル | GCN2 (EIF2ALPHA KINASE 4, E2AK4) IN COMPLEX WITH COMPOUND 1 (dovitinib) | ||||||
要素 | eIF-2-alpha kinase GCN2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / EIF2 kinase / Integrated Stress Response / GCN2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of translational initiation in response to starvation / negative regulation of cytoplasmic translational initiation in response to stress / negative regulation of CREB transcription factor activity / regulation of translational initiation by eIF2 alpha phosphorylation / eiF2alpha phosphorylation in response to endoplasmic reticulum stress / GCN2-mediated signaling / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / negative regulation of translational initiation in response to stress / negative regulation by host of viral genome replication / regulation of feeding behavior ...positive regulation of translational initiation in response to starvation / negative regulation of cytoplasmic translational initiation in response to stress / negative regulation of CREB transcription factor activity / regulation of translational initiation by eIF2 alpha phosphorylation / eiF2alpha phosphorylation in response to endoplasmic reticulum stress / GCN2-mediated signaling / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / negative regulation of translational initiation in response to stress / negative regulation by host of viral genome replication / regulation of feeding behavior / T cell activation involved in immune response / positive regulation of adaptive immune response / regulation of translational initiation / cellular response to cold / neuron projection extension / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / negative regulation of neuron differentiation / long-term memory / negative regulation of translational initiation / positive regulation of defense response to virus by host / cellular response to amino acid starvation / cytosolic ribosome / DNA damage checkpoint signaling / 学習 / positive regulation of long-term synaptic potentiation / cellular response to UV / viral translation / defense response to virus / tRNA binding / protein autophosphorylation / 獲得免疫系 / non-specific serine/threonine protein kinase / 細胞周期 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Maia de Oliveira, T. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020 タイトル: The structure of human GCN2 reveals a parallel, back-to-back kinase dimer with a plastic DFG activation loop motif. 著者: Maia de Oliveira, T. / Korboukh, V. / Caswell, S. / Winter Holt, J.J. / Lamb, M. / Hird, A.W. / Overman, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qq6.cif.gz | 231.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qq6.ent.gz | 182.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qq6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qq6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/7qq6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36784.641 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2AK4, GCN2, KIAA1338 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9P2K8, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-38O / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100 mM MES pH6 with 20 per cent PEG 8000 and 200mM calcium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.97857 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.79→49.36 Å / Num. obs: 38997 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.79→2.87 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.674 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 17912 / % possible all: 94.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ZYD 解像度: 2.8→24.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU R Cruickshank DPI: 0.854 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.759 / SU Rfree Blow DPI: 0.331 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.341
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原子変位パラメータ | Biso max: 200.82 Å2 / Biso mean: 91.21 Å2 / Biso min: 45.35 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.42 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.8→24.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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