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万見
- PDB-6zgt: Crystal structure of a MFS transporter with bound 2-naphthoic aci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zgt
タイトルCrystal structure of a MFS transporter with bound 2-naphthoic acid at 2.39 Angstroem resolution
要素L-lactate transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / L-lactate transporter / monocarboxylate transporter / SLC16 family
機能・相同性
機能・相同性情報


symporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
naphthalene-2-carboxylic acid / L-lactate transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Syntrophobacter fumaroxidans MPOB (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Kalbermatter, D. / Bosshart, P. / Bonetti, S. / Fotiadis, D.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_184980 スイス
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2021
タイトル: The making of a potent L-lactate transport inhibitor
著者: Bosshart, P.D. / Kalbermatter, D. / Bonetti, S. / Fotiadis, D.
履歴
登録2020年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lactate transporter
B: L-lactate transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9444
ポリマ－89,5992
非ポリマー3442
水1086
1
A: L-lactate transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9722
ポリマ－44,8001
非ポリマー1721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: L-lactate transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9722
ポリマ－44,8001
非ポリマー1721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.534, 199.623, 61.934
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 13 through 160 or resid 166 through 191 or resid 217 through 406))
21chain B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROILEILE(chain A and (resid 13 through 160 or resid 166 through 191 or resid 217 through 406))AA13 - 16013 - 160
12GLYGLYPROPRO(chain A and (resid 13 through 160 or resid 166 through 191 or resid 217 through 406))AA166 - 191166 - 191
13ARGARGPROPRO(chain A and (resid 13 through 160 or resid 166 through 191 or resid 217 through 406))AA217 - 406217 - 406
21PROPROPROPROchain BBB13 - 40613 - 406

-
要素

#1: タンパク質 L-lactate transporter / SfMCT


分子量: 44799.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Syntrophobacter fumaroxidans MPOB (バクテリア)
遺伝子: Sfum_3364 / プラスミド: pZUDF21-rbs-3C-10His / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A0LNN5
#2: 化合物 ChemComp-FIV / naphthalene-2-carboxylic acid / 2-naphthoic acid / 2-ナフトエ酸


分子量: 172.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.23 % / Mosaicity: 0.1 °
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: zinc bromide, HEPES, jeffamine ED-2003

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→49.66 Å / Num. obs: 62970 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 59.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 28.9 / Num. measured all: 3733279 / Scaling rejects: 34612
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible allRmerge(I) obs
2.23-2.355290440.25110.24375.19499.9
7.05-49.6647.721990.9970.0130.09599.70.094

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.77 Å49.66 Å
Translation3.77 Å49.66 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX1.14_3228精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6G9X

6g9x


解像度: 2.23→19.962 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2399 1995 4.74 %
Rwork0.2153 40079 -
obs0.2164 42074 67.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 207.31 Å2 / Biso mean: 101.2827 Å2 / Biso min: 36.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.23→19.962 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5790 0 26 6 5822
Biso mean--71.77 73.33 -
残基数----768
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3210X-RAY DIFFRACTION7.234TORSIONAL
12B3210X-RAY DIFFRACTION7.234TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2301-2.28580.4745200.32833909
2.2858-2.34750.4225270.283656013
2.3475-2.41650.3586410.272380719
2.4165-2.49430.3196630.2693127030
2.4943-2.58330.2771890.262178742
2.5833-2.68650.26911190.2375238757
2.6865-2.80840.28921530.2376309173
2.8084-2.95610.2421880.2226377989
2.9561-3.14060.25022120.22854238100
3.1406-3.3820.23992120.21574275100
3.382-3.72040.23022140.19884288100
3.7204-4.25420.20542150.19024315100
4.2542-5.34280.252160.21024357100
5.3428-19.9620.24212260.22824535100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1145-1.2933-0.0156.25381.82653.10280.20730.26220.3948-1.4537-0.37530.4729-0.7852-0.35820.1580.60.1304-0.1110.3387-0.00020.2816-9.12730.59210.5741
26.21090.8313-1.21715.2170.43644.5105-0.1722-0.5883-0.65640.03060.0619-1.29110.54120.99690.17040.33440.083-0.00480.6726-0.06220.629830.431223.679227.6563
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 7 through 420)A7 - 420
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 13 through 406)B13 - 406

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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