PDB-6zgr: Crystal structure of a MFS transporter with bound 1-hydroxynaphth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zgr

タイトル

Crystal structure of a MFS transporter with bound 1-hydroxynaphthalene-2-carboxylic acid at 2.67 Angstroem resolution

要素

L-lactate transporter

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / L-lactate transporter / monocarboxylate transporter / SLC16 family

機能・相同性

機能・相同性情報

symporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Syntrophobacter fumaroxidans MPOB (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Kalbermatter, D. / Bosshart, P. / Bonetti, S. / Fotiadis, D.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2021
タイトル: The making of a potent L-lactate transport inhibitor
著者: Bosshart, P.D. / Kalbermatter, D. / Bonetti, S. / Fotiadis, D.

履歴

登録	2020年6月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zgr.cif.gz	304.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zgr.ent.gz	250.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zgr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/6zgr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/6zgr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zgsC 6zgtC 6zguC 6g9xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hcl-1 6zgt-1 6g9x-1 6zgu-1 5ayc-d 2hrz-d 5ay9-d 6zgs-1 5u7j-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: L-lactate transporter

B: L-lactate transporter

ヘテロ分子

90 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-lactate transporter

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
45 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: L-lactate transporter

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.553, 199.572, 62.468
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 11 through 160 or resid 167 through 191 or resid 218 through 407))
2	1	(chain B and (resid 11 through 160 or resid 167 through 407))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	TRP	TRP	ILE	ILE	(chain A and (resid 11 through 160 or resid 167 through 191 or resid 218 through 407))	A	A	11 - 160	11 - 160
1	2	TRP	TRP	PRO	PRO	(chain A and (resid 11 through 160 or resid 167 through 191 or resid 218 through 407))	A	A	167 - 191	167 - 191
1	3	ASP	ASP	PRO	PRO	(chain A and (resid 11 through 160 or resid 167 through 191 or resid 218 through 407))	A	A	218 - 407	218 - 407
2	1	TRP	TRP	ILE	ILE	(chain B and (resid 11 through 160 or resid 167 through 407))	B	B	11 - 160	11 - 160
2	2	TRP	TRP	PRO	PRO	(chain B and (resid 11 through 160 or resid 167 through 407))	B	B	167 - 407	167 - 407

#1: タンパク質	L-lactate transporter / SfMCT 分子量: 44799.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Syntrophobacter fumaroxidans MPOB (バクテリア) 遺伝子: Sfum_3364 / プラスミド: pZUDF21-rbs-3C-10His / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A0LNN5
#2: 化合物	ChemComp-1HN / 1-hydroxynaphthalene-2-carboxylic acid / 1-ヒドロキシ-2-ナフトエ酸分子量: 188.179 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.85 % / Mosaicity: 0.11 °
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: zinc bromide, HEPES, jeffamine ED-2003

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.46→47.14 Å / Num. obs: 47962 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 47.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.143 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 22 / Num. measured all: 2295711 / Scaling rejects: 48405

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all	R_merge(I) obs
2.46-2.59	49.3	6896	0.196	39.476	281.735	99.9
7.78-47.14	35.6	1682	0.999	0.01	0.062	99.6	0.061

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.77 Å	47.14 Å
Translation	3.77 Å	47.14 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.1	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
PHENIX	1.14_3228	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6G9X

6g9x

解像度: 2.46→14.983 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	1519	5 %
R_work	0.2209	28858	-
obs	0.2226	30377	63.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 226.37 Å² / B_iso mean: 102.4572 Å² / B_iso min: 31.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.46→14.983 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5749	0	28	2	5779
B_iso mean	-	-	80.37	73.17	-
残基数	-	-	-	-	763

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3162	X-RAY DIFFRACTION	7.72	TORSIONAL
1	2	B	3162	X-RAY DIFFRACTION	7.72	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4605-2.5395	0.3542	30	0.311	555	585	14
2.5395-2.6298	0.3521	37	0.2963	715	752	18
2.6298-2.7345	0.32	50	0.2803	938	988	23
2.7345-2.8581	0.2695	65	0.2692	1236	1301	30
2.8581-3.0077	0.2908	100	0.266	1919	2019	47
3.0077-3.1944	0.302	155	0.2663	2953	3108	72
3.1944-3.4383	0.2559	199	0.2432	3766	3965	92
3.4383-3.7793	0.2367	217	0.2206	4126	4343	100
3.7793-4.3147	0.2572	217	0.2019	4123	4340	100
4.3147-5.3935	0.2466	221	0.2119	4182	4403	100
5.3935-14.9829	0.2548	228	0.2202	4345	4573	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1293	1.496	-2.0836	5.6749	0.5597	4.5348	-0.2101	-0.6864	-0.7553	-0.2285	-0.0221	-1.4322	0.5885	1.013	0.0191	0.323	0.1205	0.0861	0.6019	-0.0022	0.614	133.6904	23.5814	90.4551
2	1.8843	-1.8342	-0.5724	5.2042	2.3257	3.7209	0.2432	0.2162	0.2893	-1.327	-0.4916	0.4295	-0.9029	-0.436	0.2393	0.6404	0.1571	-0.1779	0.3421	-0.0511	0.4113	94.0851	30.6676	74.0602

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'B' and resid 11 through 407)	B	11 - 407
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'A' and resid 7 through 420)	A	7 - 420

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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