PDB-7qnt: TarM(Se) native

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qnt

タイトル

TarM(Se) native

要素

TarM(Se)

キーワード

TRANSFERASE / glycosylate alpha-O-glucose wall teichoic acid fold-B

機能・相同性

BETA-MERCAPTOETHANOL

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 3.21 Å

データ登録者

Guo, Y. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Invasive Staphylococcus epidermidis uses a unique processive wall teichoic acid glycosyltransferase to evade immune recognition.
著者: Guo, Y. / Du, X. / Krusche, J. / Beck, C. / Ali, S. / Walter, A. / Winstel, V. / Mayer, C. / Codee, J.D.C. / Peschel, A. / Stehle, T.

履歴

登録	2021年12月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qnt.cif.gz	378.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qnt.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qnt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qnt_validation.pdf.gz	471.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qnt_full_validation.pdf.gz	481.5 KB	表示
XML形式データ	7qnt_validation.xml.gz	65.7 KB	表示
CIF形式データ	7qnt_validation.cif.gz	89.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/7qnt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/7qnt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qd7C 7qh9C 8p1xC 8p20C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: TarM(Se)

BBB: TarM(Se)

CCC: TarM(Se)

DDD: TarM(Se)

ヘテロ分子

231 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: TarM(Se)

ヘテロ分子

AAA: TarM(Se)

ヘテロ分子

AAA: TarM(Se)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
173 kDa, 3 ポリマー

2

BBB: TarM(Se)

ヘテロ分子

BBB: TarM(Se)

ヘテロ分子

BBB: TarM(Se)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
173 kDa, 3 ポリマー

3

CCC: TarM(Se)

ヘテロ分子

CCC: TarM(Se)

ヘテロ分子

CCC: TarM(Se)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
173 kDa, 3 ポリマー

4

DDD: TarM(Se)

ヘテロ分子

DDD: TarM(Se)

ヘテロ分子

DDD: TarM(Se)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
173 kDa, 3 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.010, 154.010, 207.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	TarM(Se) 分子量: 57566.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: poly(ribitol-phosphate) alpha-N-acetylglucosaminyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.2 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 15% PEG 1000, 6 mM hexaamminecobalt (III) chloride, 0.1 M tris/HCl PH範囲: 6.6-8.1

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.5633
pseudo-merohedral	2	2	-K, -H, -L	2	0.4367

反射

解像度: 3.21→48.99 Å / Num. obs: 45535 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.57

反射シェル

解像度: 3.21→3.29 Å / 冗長度: 20 % / Num. unique obs: 3341 / CC_1/2: 0.51 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS	2021-04	データ削減
XSCALE	2021-02	データスケーリング
PHASER	2.1.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 3.21→48.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / WR_factor R_free: 0.232 / WR_factor R_work: 0.211 / SU B: 18.578 / SU ML: 0.358 / Average fsc free: 0.942 / Average fsc work: 0.9539 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.1 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2572	2341	5.141 %
R_work	0.2277	43192	-
all	0.229	-	-
obs	-	45533	99.982 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.288 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.137 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.137 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.274 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.21→48.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13389	0	28	264	13681

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	13620
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	10317
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.02	1.641	18603
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.466	1.581	23443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.101	5	1963
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.171	24.065	556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.637	15	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.919	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.034	0.2	2053
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	16552
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2912
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	2120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	8796
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	6711
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	6095
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.079	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.283	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.241	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.228	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.789	32.394	7864
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.787	32.394	7863
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.529	43.739	9823
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.529	43.739	9824
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.248	29.483	5756
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.248	29.483	5757
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.522	40.304	8780
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.521	40.304	8781
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.077	179.037	53583
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.077	179.036	53584

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.21-3.293	0.341	163	0.255	3162	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.293-3.383	0.363	152	0.285	3090	X-RAY DIFFRACTION	100
3.383-3.48	0.327	172	0.265	3000	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.587	0.333	176	0.27	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
3.587-3.704	0.32	169	0.257	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
3.704-3.833	0.267	135	0.24	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
3.833-3.977	0.31	142	0.243	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.977-4.138	0.283	142	0.224	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
4.138-4.32	0.242	133	0.217	2434	X-RAY DIFFRACTION	100
4.32-4.53	0.224	126	0.217	2389	X-RAY DIFFRACTION	100
4.53-4.772	0.24	122	0.21	2208	X-RAY DIFFRACTION	100
4.772-5.059	0.231	127	0.217	2093	X-RAY DIFFRACTION	100
5.059-5.404	0.246	118	0.231	1960	X-RAY DIFFRACTION	100
5.404-5.831	0.23	95	0.251	1863	X-RAY DIFFRACTION	100
5.831-6.379	0.268	79	0.257	1730	X-RAY DIFFRACTION	100
6.379-7.116	0.327	76	0.26	1544	X-RAY DIFFRACTION	100
7.116-8.189	0.207	79	0.222	1387	X-RAY DIFFRACTION	100
8.189-9.96	0.221	59	0.172	1166	X-RAY DIFFRACTION	100
9.96-13.803	0.178	50	0.155	922	X-RAY DIFFRACTION	100
13.803-48.99	0.195	26	0.233	557	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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