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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qnk | ||||||||||||
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タイトル | Structure of beta-lactamase TEM-171 complexed with tazobactam intermediate at 2.5 A resolution | ||||||||||||
要素 | Beta-lactamase TEM | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / BETA-LACTAMASE (Β-ラクタマーゼ) / BETA-LACTAMASE INHIBITOR / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hakanpaa, J. / Petrova, T. / Samygina, V.R. / Lamzin, V.S. / Egorov, A.M. | ||||||||||||
資金援助 | European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022 タイトル: Crystal structures of the molecular class A beta-lactamase TEM-171 and its complexes with tazobactam. 著者: Grigorenko, V.G. / Petrova, T.E. / Carolan, C. / Rubtsova, M.Y. / Uporov, I.V. / Pereira, J. / Chojnowski, G. / Samygina, V.R. / Lamzin, V.S. / Egorov, A.M. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qnk.cif.gz | 634.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qnk.ent.gz | 529.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qnk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/7qnk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/7qnk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7qlpC 7qorC 3jyiS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 26 - 288 / Label seq-ID: 1 - 263
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28956.021 Da / 分子数: 6 / 変異: V84I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla, blaT-3, blaT-4, blaT-5, blaT-6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62593, Β-ラクタマーゼ #2: 化合物 | ChemComp-TBE / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.39 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: PEG-4000, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→112 Å / Num. obs: 71685 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.56 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / Num. unique obs: 4915 / CC1/2: 0.986 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3JYI 解像度: 2.5→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 17.214 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.498 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.997 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.5→10 Å
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拘束条件 |
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