+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qor | ||||||||||||
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Title | Structure of beta-lactamase TEM-171 | ||||||||||||
Components | Beta-lactamase TEM | ||||||||||||
Keywords | HYDROLASE / BETA-LACTAMASE | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.999 Å | ||||||||||||
Authors | Hakanpaa, J. / Petrova, T. / Samygina, V.R. / Chojnowski, G. / Lamzin, V. / Egorov, A.M. | ||||||||||||
Funding support | European Union, 3items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2022 Title: Crystal structures of the molecular class A beta-lactamase TEM-171 and its complexes with tazobactam. Authors: Grigorenko, V.G. / Petrova, T.E. / Carolan, C. / Rubtsova, M.Y. / Uporov, I.V. / Pereira, J. / Chojnowski, G. / Samygina, V.R. / Lamzin, V.S. / Egorov, A.M. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7qor.cif.gz | 592.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7qor.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 7qor.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7qor_validation.pdf.gz | 490.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7qor_full_validation.pdf.gz | 509 KB | Display | |
Data in XML | 7qor_validation.xml.gz | 64 KB | Display | |
Data in CIF | 7qor_validation.cif.gz | 90.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/7qor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/7qor | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7qlpC 7qnkC 3jyiS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28956.021 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: V84I Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: bla, blaT-3, blaT-4, blaT-5, blaT-6 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P62593, beta-lactamase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-TRS / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: PEG-4000, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P14 (MX2) / Wavelength: 0.9763 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 9, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.999→86.85 Å / Num. obs: 132474 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 13.2 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 18.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.999→2.05 Å / Num. unique obs: 9279 / CC1/2: 0.787 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3JYI Resolution: 1.999→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 8.843 / SU ML: 0.128 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.139 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 58.018 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.999→15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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