PDB-7qnk: Structure of beta-lactamase TEM-171 complexed with tazobactam int...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qnk

タイトル

Structure of beta-lactamase TEM-171 complexed with tazobactam intermediate at 2.5 A resolution

要素

Beta-lactamase TEM

キーワード

HYDROLASE / BETA-LACTAMASE / BETA-LACTAMASE INHIBITOR / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Hakanpaa, J. / Petrova, T. / Samygina, V.R. / Lamzin, V.S. / Egorov, A.M.

資金援助

European Union, 3件

組織	認可番号	国
Russian Science Foundation	15-14-00014-C	European Union
German Federal Ministry for Education and Research	05K10YEA	European Union
European Commission	H2020-EINFRA-2015-1-675858	European Union

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of the molecular class A beta-lactamase TEM-171 and its complexes with tazobactam.
著者: Grigorenko, V.G. / Petrova, T.E. / Carolan, C. / Rubtsova, M.Y. / Uporov, I.V. / Pereira, J. / Chojnowski, G. / Samygina, V.R. / Lamzin, V.S. / Egorov, A.M.

履歴

登録	2021年12月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qnk.cif.gz	635.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qnk.ent.gz	529.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qnk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qnk_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qnk_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	7qnk_validation.xml.gz	63.9 KB	表示
CIF形式データ	7qnk_validation.cif.gz	89.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/7qnk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/7qnk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qlpC 7qorC 3jyiS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase TEM

B: Beta-lactamase TEM

C: Beta-lactamase TEM

D: Beta-lactamase TEM

E: Beta-lactamase TEM

F: Beta-lactamase TEM

ヘテロ分子

175 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Beta-lactamase TEM

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
29.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-lactamase TEM

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Beta-lactamase TEM

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Beta-lactamase TEM

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.3 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Beta-lactamase TEM

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Beta-lactamase TEM

登録者が定義した集合体
29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.501, 89.501, 500.895
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 26 - 288 / Label seq-ID: 1 - 263

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Beta-lactamase TEM / IRT-4 / Penicillinase / TEM-1 / TEM-16/CAZ-7 / TEM-2 / TEM-24/CAZ-6 / TEM-3 / TEM-4 / TEM-5 / TEM-6 ...IRT-4 / Penicillinase / TEM-1 / TEM-16/CAZ-7 / TEM-2 / TEM-24/CAZ-6 / TEM-3 / TEM-4 / TEM-5 / TEM-6 / TEM-8/CAZ-2 分子量: 28956.021 Da / 分子数: 6 / 変異: V84I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla, blaT-3, blaT-4, blaT-5, blaT-6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62593, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-TBE / TAZOBACTAM INTERMEDIATE 分子量: 302.307 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₄O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 760 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.39 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: PEG-4000, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→112 Å / Num. obs: 71685 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.8 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / Num. unique obs: 4915 / CC_1/2: 0.986

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3JYI

3jyi

解像度: 2.5→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 17.214 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.498 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24829	3575	5 %	RANDOM
R_work	0.20936	-	-	-
obs	0.21133	67269	98.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.997 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.53 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12168	0	108	760	13036

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	12489
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	11848
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.484	1.649	16911
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.24	1.576	27432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.609	5	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.691	21.233	657
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.277	15	2202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.115	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1678
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	13996
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2532
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.038	2.379	6308
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.038	2.379	6307
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.81	3.567	7872
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.81	3.567	7873
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.973	2.483	6181
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.973	2.483	6181
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.687	3.683	9039
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.53	27.96	13552
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.395	27.673	13426
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8348	0.06
1	2	B	8348	0.06
2	1	A	8362	0.06
2	2	C	8362	0.06
3	1	A	8379	0.05
3	2	D	8379	0.05
4	1	A	8403	0.04
4	2	E	8403	0.04
5	1	A	8381	0.05
5	2	F	8381	0.05
6	1	B	8392	0.05
6	2	C	8392	0.05
7	1	B	8368	0.06
7	2	D	8368	0.06
8	1	B	8354	0.05
8	2	E	8354	0.05
9	1	B	8382	0.05
9	2	F	8382	0.05
10	1	C	8365	0.06
10	2	D	8365	0.06
11	1	C	8377	0.05
11	2	E	8377	0.05
12	1	C	8418	0.04
12	2	F	8418	0.04
13	1	D	8375	0.05
13	2	E	8375	0.05
14	1	D	8391	0.05
14	2	F	8391	0.05
15	1	E	8391	0.05
15	2	F	8391	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.362	235	-
R_work	0.351	4680	-
obs	-	-	99.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9401	0.2168	1.4683	0.3033	0.4229	3.7266	0.1404	0.2571	0.0119	-0.0207	-0.1116	-0.0864	-0.0615	0.1927	-0.0289	0.0179	-0.0039	0.0089	0.298	0.0423	0.0283	-5.6911	-17.4855	61.5709
2	4.2283	0.5349	2.4035	0.3431	0.1573	3.727	0.2964	-0.1967	-0.0494	0.1818	-0.0852	-0.1374	-0.0563	-0.0181	-0.2112	0.3339	0.0938	0.04	0.6694	0.125	0.1533	-18.26	26.9657	61.0769
3	1.9777	1.3298	-0.9743	1.3025	-1.2358	3.4855	0.0407	0.0578	0.0001	0.1387	-0.0317	0.0897	0.001	-0.0685	-0.009	0.0605	-0.0756	0.0443	0.1689	-0.0553	0.033	-24.3304	-20.7025	102.9276
4	2.6851	1.2818	1.7571	1.1832	0.7589	4.0522	0.0707	0.1625	-0.0216	0.0504	-0.0151	0.0729	0.0801	0.1965	-0.0556	0.1373	-0.1072	0.0162	0.1942	0.0117	0.0341	9.4656	10.3064	105.6894
5	2.9958	0.1773	2.0071	0.6558	-0.3954	3.8135	0.2136	-0.084	-0.203	0.0065	-0.0626	0.1924	0.2648	-0.526	-0.151	0.1551	-0.1522	0.0181	0.43	-0.0178	0.11	21.8162	-36.2391	104.5587
6	3.7011	1.576	-2.5153	0.7684	-1.1207	4.4657	0.5362	-0.4468	0.178	0.4145	-0.1982	-0.0108	-0.9755	0.3799	-0.338	0.7622	-0.1299	0.1305	1.1312	0.0227	0.4405	-37.1536	25.0994	102.4922

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	26 - 501
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	26 - 288
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	26 - 499
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	26 - 499
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	26 - 499
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	26 - 288

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