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- PDB-7qnk: Structure of beta-lactamase TEM-171 complexed with tazobactam int... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qnk | ||||||||||||
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Title | Structure of beta-lactamase TEM-171 complexed with tazobactam intermediate at 2.5 A resolution | ||||||||||||
![]() | Beta-lactamase TEM | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE / BETA-LACTAMASE / BETA-LACTAMASE INHIBITOR / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX | ||||||||||||
Function / homology | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Hakanpaa, J. / Petrova, T. / Samygina, V.R. / Lamzin, V.S. / Egorov, A.M. | ||||||||||||
Funding support | European Union, 3items
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![]() | ![]() Title: Crystal structures of the molecular class A beta-lactamase TEM-171 and its complexes with tazobactam. Authors: Grigorenko, V.G. / Petrova, T.E. / Carolan, C. / Rubtsova, M.Y. / Uporov, I.V. / Pereira, J. / Chojnowski, G. / Samygina, V.R. / Lamzin, V.S. / Egorov, A.M. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 634.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 529.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.9 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 63.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 89.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7qlpC ![]() 7qorC ![]() 3jyiS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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5 | ![]()
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6 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 26 - 288 / Label seq-ID: 1 - 263
NCS ensembles :
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 28956.021 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: V84I Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-TBE / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.89 Å3/Da / Density % sol: 57.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: PEG-4000, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Feb 19, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8726 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→112 Å / Num. obs: 71685 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5.8 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.56 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / Num. unique obs: 4915 / CC1/2: 0.986 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3JYI Resolution: 2.5→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 17.214 / SU ML: 0.187 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.498 / ESU R Free: 0.28 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 56.997 Å2
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Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.5→10 Å
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Refine LS restraints |
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