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- PDB-7qlp: Structure of beta-lactamase TEM-171 complexed with tazobactam int... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qlp
タイトルStructure of beta-lactamase TEM-171 complexed with tazobactam intermediate at 2.3 A resolution
要素Beta-lactamase TEM
キーワードHYDROLASE / BETA-LACTAMASE / BETA-LACTAMASE INHIBITOR / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TAZOBACTAM INTERMEDIATE / Beta-lactamase TEM
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hakanpaa, J. / Petrova, T. / Samygina, V.R. / Lamzin, V.S. / Egorov, A.M.
資金援助European Union, 3件
組織認可番号国
Russian Science Foundation15-14-00014-CEuropean Union
German Federal Ministry for Education and Research05K10YEAEuropean Union
European CommissionH2020-EINFRA-2015-1-675858European Union
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of the molecular class A beta-lactamase TEM-171 and its complexes with tazobactam.
著者: Grigorenko, V.G. / Petrova, T.E. / Carolan, C. / Rubtsova, M.Y. / Uporov, I.V. / Pereira, J. / Chojnowski, G. / Samygina, V.R. / Lamzin, V.S. / Egorov, A.M.
履歴
登録2021年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase TEM
B: Beta-lactamase TEM
C: Beta-lactamase TEM
D: Beta-lactamase TEM
E: Beta-lactamase TEM
F: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,18913
ポリマ－173,7366
非ポリマー1,4527
水14,916828
1
A: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4404
ポリマ－28,9561
非ポリマー4833
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase TEM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9561
ポリマ－28,9561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2582
ポリマ－28,9561
非ポリマー3021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3203
ポリマ－28,9561
非ポリマー3642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2582
ポリマ－28,9561
非ポリマー3021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Beta-lactamase TEM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9561
ポリマ－28,9561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.314, 89.314, 501.668
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 26 - 288 / Label seq-ID: 1 - 263

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14AA
24EE
15AA
25FF
16BB
26CC
17BB
27DD
18BB
28EE
19BB
29FF
110CC
210DD
111CC
211EE
112CC
212FF
113DD
213EE
114DD
214FF
115EE
215FF

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Beta-lactamase TEM / IRT-4 / Penicillinase / TEM-1 / TEM-16/CAZ-7 / TEM-2 / TEM-24/CAZ-6 / TEM-3 / TEM-4 / TEM-5 / TEM-6 ...IRT-4 / Penicillinase / TEM-1 / TEM-16/CAZ-7 / TEM-2 / TEM-24/CAZ-6 / TEM-3 / TEM-4 / TEM-5 / TEM-6 / TEM-8/CAZ-2


分子量: 28956.021 Da / 分子数: 6 / 変異: V84I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla, blaT-3, blaT-4, blaT-5, blaT-6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62593, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 835分子

#2: 化合物
ChemComp-TBE / TAZOBACTAM INTERMEDIATE


分子量: 302.307 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N4O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 828 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG-4000, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→100.33 Å / Num. obs: 89238 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rmerge(I) obs: 1.333 / Num. unique obs: 6429

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JYI

3jyi


解像度: 2.3→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 11.376 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2171 4343 4.9 %RANDOM
Rwork0.1889 ---
obs0.1902 84373 96.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 127.06 Å2 / Biso mean: 47.218 Å2 / Biso min: 10.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20 Å20 Å2
2--0.47 Å20 Å2
3----0.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12168 0 96 828 13092
Biso mean--56.02 41.03 -
残基数----1578
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01312476
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5991.64816892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3191.57627429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.45251572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.68221.284654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.71152202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.15515108
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213970
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022526
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A84750.06
12B84750.06
21A85270.05
22C85270.05
31A85450.04
32D85450.04
41A85040.05
42E85040.05
51A85010.05
52F85010.05
61B84480.06
62C84480.06
71B84880.05
72D84880.05
81B84880.05
82E84880.05
91B84750.05
92F84750.05
101C85210.04
102D85210.04
111C84900.05
112E84900.05
121C85020.05
122F85020.05
131D85130.05
132E85130.05
141D84830.05
142F84830.05
151E84650.05
152F84650.05
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.358 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 320 -
Rwork0.282 6109 -
all-6429 -
obs--99.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.50330.23981.20670.36840.13392.77390.14320.2554-0.0145-0.0381-0.0906-0.1167-0.10260.2266-0.05260.03180.00310.02040.21080.02930.0396-5.5139-17.348661.7623
23.19340.44871.36630.303-0.19832.65140.2639-0.1718-0.03230.1116-0.1193-0.1207-0.10420.0305-0.14460.20190.06870.0370.46120.09580.1476-18.484527.062261.1563
31.6731.0354-0.97580.9646-0.70232.6990.00010.091-0.02220.0793-0.00520.07820.0855-0.11280.00510.0548-0.07150.02870.1121-0.02850.0275-24.2952-20.7906103.0861
42.14760.98111.14150.93470.63193.33260.05330.1131-0.03390.0665-0.00440.0780.05520.1053-0.04890.0789-0.0833-0.00070.1240.01620.04329.207510.4315105.8372
52.39610.32441.31860.4791-0.19333.18140.1388-0.0642-0.1986-0.00470.00660.17360.1761-0.459-0.14530.1166-0.1318-0.0090.29140.01010.129821.6982-36.0618104.7772
63.09361.3633-1.75680.7284-0.74293.6840.3837-0.3350.15650.2959-0.1606-0.0149-0.68450.3034-0.22310.5083-0.10680.08640.78790.01240.3464-37.363125.1391102.5417
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 601
2X-RAY DIFFRACTION2B26 - 288
3X-RAY DIFFRACTION3C26 - 499
4X-RAY DIFFRACTION4D26 - 501
5X-RAY DIFFRACTION5E26 - 499
6X-RAY DIFFRACTION6F26 - 288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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