PDB-7qli: Cis structure of rsKiiro at 290 K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qli

タイトル

Cis structure of rsKiiro at 290 K

要素

rsKiiro

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / rsKiiro

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

機能・相同性情報

生物種

Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.155 Å

データ登録者

van Thor, J.J. / Baxter, J.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2023
タイトル: Optical control of ultrafast structural dynamics in a fluorescent protein.
著者: Hutchison, C.D.M. / Baxter, J.M. / Fitzpatrick, A. / Dorlhiac, G. / Fadini, A. / Perrett, S. / Maghlaoui, K. / Lefevre, S.B. / Cordon-Preciado, V. / Ferreira, J.L. / Chukhutsina, V.U. / ...

履歴

登録	2021年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.year
改定 1.2	2023年8月23日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / entity_name_com Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qli.cif.gz	115.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qli.ent.gz	85.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qli.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qli_validation.pdf.gz	443.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qli_full_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示
XML形式データ	7qli_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	7qli_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/7qli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/7qli	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qljC 7qlkC 7qllC 7qlmC 7qlnC 7qloC 5oq9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: rsKiiro

ヘテロ分子

25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.560, 73.467, 78.038
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	rsKiiro / Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP / rsKiiro 分子量: 25152.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5S6Z9
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode 詳細: 0.2 M LITHIUM SULFATE 0.1 M TRIS-CL PH 8.5 23-30% PEG 3350,

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.7293 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7293 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.155→53.549 Å / Num. obs: 59836 / % possible obs: 77 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.122 / R_rim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 1.159→1.261 Å / Num. unique obs: 2992 / CC_1/2: 0.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC	1.0.5 (20180515)	データ削減
STARANISO	1.10.15	データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OQ9

5oq9

解像度: 1.155→53.549 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / WR_factor R_free: 0.17 / WR_factor R_work: 0.151 / SU B: 0.78 / SU ML: 0.033 / Average fsc free: 0.927 / Average fsc work: 0.931 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.045 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1787	2888	4.827 %
R_work	0.1609	56948	-
all	0.162	-	-
obs	-	59836	76.168 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.723 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.001 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.087 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.086 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.155→53.549 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1747	0	21	232	2000

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2042
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.811	1.681	2783
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.527	1.607	4322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.51	5	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.653	23.304	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.068	15	359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.513	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	244
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	488
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.287	0.2	344
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	1717
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	867
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	973
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.087	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.071	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.187	1.176	980
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.174	1.172	979
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.847	1.757	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.852	1.76	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.347	1.432	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.349	1.423	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.531	2.044	1520
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.537	2.025	1503
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.953	14.562	2204
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.773	14.023	2160

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.155-1.185	0.339	11	0.282	227	X-RAY DIFFRACTION	4.1377
1.185-1.217	0.279	39	0.282	663	X-RAY DIFFRACTION	12.5852
1.217-1.252	0.286	80	0.272	1510	X-RAY DIFFRACTION	29.1262
1.252-1.291	0.267	132	0.265	2411	X-RAY DIFFRACTION	47.9359
1.291-1.333	0.263	165	0.258	3556	X-RAY DIFFRACTION	72.7326
1.333-1.38	0.245	225	0.247	4455	X-RAY DIFFRACTION	94.0325
1.38-1.432	0.233	243	0.226	4542	X-RAY DIFFRACTION	99.8331
1.432-1.491	0.194	212	0.206	4404	X-RAY DIFFRACTION	100
1.491-1.557	0.197	244	0.184	4195	X-RAY DIFFRACTION	100
1.557-1.633	0.2	180	0.161	4081	X-RAY DIFFRACTION	100
1.633-1.721	0.174	193	0.147	3851	X-RAY DIFFRACTION	100
1.721-1.826	0.182	166	0.145	3682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.826-1.952	0.165	167	0.139	3451	X-RAY DIFFRACTION	100
1.952-2.108	0.167	153	0.133	3249	X-RAY DIFFRACTION	100
2.108-2.309	0.162	137	0.133	2973	X-RAY DIFFRACTION	100
2.309-2.581	0.172	151	0.14	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.581-2.98	0.172	138	0.145	2394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.648	0.159	127	0.144	2017	X-RAY DIFFRACTION	100
3.648-5.154	0.135	90	0.136	1616	X-RAY DIFFRACTION	100
5.154-53.549	0.219	35	0.208	975	X-RAY DIFFRACTION	99.9011

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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