PDB-7qjt: Crystal structure of a cutinase enzyme from Thermobifida cellulos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qjt

タイトル

Crystal structure of a cutinase enzyme from Thermobifida cellulosilytica TB100 (711)

要素

cutinase (711)

キーワード

HYDROLASE / plastic degradation

生物種

Thermobifida cellulosilytica TB100 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Zahn, M. / Shakespeare, T.J. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Sourcing thermotolerant poly(ethylene terephthalate) hydrolase scaffolds from natural diversity
著者: Erickson, E. / Gado, J.E. / Avilan, L. / Bratti, F. / Brizendine, R.K. / Cox, P.A. / Gill, R. / Graham, R. / Kim, D.J. / Konig, G. / Michener, W.E. / Poudel, S. / Ramirez, K.J. / Shakespeare, ...

履歴

登録	2021年12月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qjt.cif.gz	185.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qjt.ent.gz	142.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qjt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qjt_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qjt_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7qjt_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	7qjt_validation.cif.gz	21.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/7qjt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/7qjt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qjmC 7qjnC 7qjoC 7qjpC 7qjqC 7qjrC 7qjsC 5zoaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: cutinase (711)

ヘテロ分子

29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.297, 109.297, 44.184
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-593- HOH
2	1	A-609- HOH
3	1	A-632- HOH

#1: タンパク質	cutinase (711) 分子量: 29146.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermobifida cellulosilytica TB100 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Magnesium Chloride Hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 20 % (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.777→77.285 Å / Num. obs: 17061 / % possible obs: 87.1 % / 冗長度: 26.2 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.639 / R_pim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 1.777→1.965 Å / 冗長度: 22 % / R_merge(I) obs: 3.127 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 855 / CC_1/2: 0.615 / R_pim(I) all: 0.65 / % possible all: 64.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5zoa

5zoa

解像度: 1.78→77.285 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 8.471 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.19 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2415	853	5.001 %
R_work	0.1817	16204	-
all	0.185	-	-
obs	-	17057	64.969 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.271 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.359 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.359 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.717 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→77.285 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2044	0	19	241	2304

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	2115
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	1912
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.777	1.651	2884
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.43	1.57	4408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.906	5	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.158	20.625	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.385	15	305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.744	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	278
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2418
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	494
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	462
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	978
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	199
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.052	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.136	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.288	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.257	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.082	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.276	1.589	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.268	1.588	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.218	2.378	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.218	2.38	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.494	1.791	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.494	1.793	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.538	2.615	1552
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.537	2.616	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.292	20.032	2450
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.939	19.269	2380

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.78-1.826	0.465	1	0.254	92	0.256	1915	0	0.8	4.8564	0.237
1.826-1.876	0.207	6	0.272	167	0.27	1831	0.753	0.777	9.4484	0.26
1.876-1.931	0.374	20	0.27	274	0.278	1820	0.785	0.794	16.1538	0.249
1.931-1.99	0.256	33	0.253	520	0.253	1757	0.837	0.832	31.4741	0.239
1.99-2.055	0.322	40	0.278	709	0.28	1686	0.827	0.832	44.4247	0.261
2.055-2.127	0.291	50	0.262	863	0.264	1664	0.852	0.84	54.8678	0.231
2.127-2.207	0.321	53	0.234	974	0.238	1595	0.8	0.866	64.3887	0.213
2.207-2.298	0.274	50	0.219	1074	0.221	1539	0.814	0.872	73.0344	0.193
2.298-2.4	0.276	70	0.206	1185	0.21	1472	0.87	0.887	85.2581	0.178
2.4-2.517	0.237	65	0.205	1276	0.207	1420	0.899	0.903	94.4366	0.174
2.517-2.653	0.261	64	0.19	1281	0.193	1360	0.895	0.921	98.8971	0.157
2.653-2.813	0.221	63	0.171	1232	0.174	1296	0.915	0.944	99.9228	0.144
2.813-3.007	0.251	61	0.161	1145	0.166	1206	0.938	0.951	100	0.134
3.007-3.248	0.166	46	0.144	1081	0.145	1127	0.952	0.959	100	0.121
3.248-3.557	0.214	64	0.147	995	0.151	1059	0.935	0.959	100	0.127
3.557-3.976	0.203	40	0.152	917	0.154	957	0.947	0.963	100	0.136
3.976-4.589	0.22	43	0.145	812	0.148	855	0.947	0.971	100	0.138
4.589-5.615	0.224	41	0.172	703	0.175	744	0.944	0.96	100	0.16
5.615-7.921	0.269	26	0.194	558	0.197	584	0.949	0.949	100	0.18
7.921-77.285	0.225	17	0.172	346	0.174	363	0.96	0.976	100	0.176

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -2.8901 Å / Origin y: 26.549 Å / Origin z: -5.7805 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0011 Å²	-0.0009 Å²	-0.0021 Å²	-	0.0023 Å²	0.0023 Å²	-	-	0.0269 Å²
L	0.2824 °²	-0.0059 °²	-0.0888 °²	-	0.3098 °²	-0.0747 °²	-	-	0.2621 °²
S	-0.0014 Å °	-0.006 Å °	-0.0152 Å °	0.0055 Å °	0.0078 Å °	0.0007 Å °	-0.005 Å °	-0.008 Å °	-0.0064 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 267
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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