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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qjj | ||||||
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タイトル | X-Ray Structure of a Mn2+ soak of EleNRMT in complex with two Nanobodies at 4.6A | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / SLC11 / NRAMP-related Mg2+ transporter / Nanobody complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() manganese ion transmembrane transporter activity / cadmium ion transmembrane transporter activity / intracellular manganese ion homeostasis / cellular response to iron ion / iron ion transport / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ramanadane, K. / Straub, M.S. / Dutzler, R. / Manatschal, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and functional properties of a magnesium transporter of the SLC11/NRAMP family. 著者: Karthik Ramanadane / Monique S Straub / Raimund Dutzler / Cristina Manatschal / ![]() 要旨: Members of the ubiquitous SLC11/NRAMP family catalyze the uptake of divalent transition metal ions into cells. They have evolved to efficiently select these trace elements from a large pool of Ca and ...Members of the ubiquitous SLC11/NRAMP family catalyze the uptake of divalent transition metal ions into cells. They have evolved to efficiently select these trace elements from a large pool of Ca and Mg, which are both orders of magnitude more abundant, and to concentrate them in the cytoplasm aided by the cotransport of H serving as energy source. In the present study, we have characterized a member of a distant clade of the family found in prokaryotes, termed NRMTs, that were proposed to function as transporters of Mg. The protein transports Mg and Mn but not Ca by a mechanism that is not coupled to H. Structures determined by cryo-EM and X-ray crystallography revealed a generally similar protein architecture compared to classical NRAMPs, with a restructured ion binding site whose increased volume provides suitable interactions with ions that likely have retained much of their hydration shell. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 601.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 422.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 452.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 471.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 45.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 61.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46848.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 12952.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 13351.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.49 % |
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結晶化 | 温度: 277.17 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 50 mM MgAc, 50 mM HEPES pH 7.2-7.6 and 25-30% PEG400 and crystals soaked in 25mM MnAc |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.892738 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.6→12 Å / Num. obs: 32816 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 189.78 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 11.42 |
反射 シェル | 解像度: 4.6→4.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique obs: 2039 / CC1/2: 0.91 / Rrim(I) all: 1.474 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDBID 7QIA 解像度: 4.6→12 Å / SU ML: 0.7298 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 40.4518 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 270.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.6→12 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -23.375792412 Å / Origin y: -20.0962169733 Å / Origin z: -30.5290581484 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |