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- PDB-7qji: X-Ray Structure of apo-EleNRMT in complex with two Nanobodies at 4.1A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qji
タイトルX-Ray Structure of apo-EleNRMT in complex with two Nanobodies at 4.1A
要素
  • (Elen-Nanobody-complex) x 2
  • Divalent metal cation transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SLC11 / NRAMP-related Mg2+ transporter / Nanobody complex
機能・相同性NRAMP family / Natural resistance-associated macrophage protein-like / cadmium ion transmembrane transporter activity / manganese ion transmembrane transporter activity / cellular response to iron ion / membrane / Divalent metal cation transporter
機能・相同性情報
生物種Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Ramanadane, K. / Straub, M.S. / Dutzler, R. / Manatschal, C.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Structural and functional properties of a magnesium transporter of the SLC11/NRAMP family.
著者: Karthik Ramanadane / Monique S Straub / Raimund Dutzler / Cristina Manatschal /
要旨: Members of the ubiquitous SLC11/NRAMP family catalyze the uptake of divalent transition metal ions into cells. They have evolved to efficiently select these trace elements from a large pool of Ca and ...Members of the ubiquitous SLC11/NRAMP family catalyze the uptake of divalent transition metal ions into cells. They have evolved to efficiently select these trace elements from a large pool of Ca and Mg, which are both orders of magnitude more abundant, and to concentrate them in the cytoplasm aided by the cotransport of H serving as energy source. In the present study, we have characterized a member of a distant clade of the family found in prokaryotes, termed NRMTs, that were proposed to function as transporters of Mg. The protein transports Mg and Mn but not Ca by a mechanism that is not coupled to H. Structures determined by cryo-EM and X-ray crystallography revealed a generally similar protein architecture compared to classical NRAMPs, with a restructured ion binding site whose increased volume provides suitable interactions with ions that likely have retained much of their hydration shell.
履歴
登録2021年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Divalent metal cation transporter
C: Elen-Nanobody-complex
B: Elen-Nanobody-complex
E: Divalent metal cation transporter
F: Elen-Nanobody-complex
G: Elen-Nanobody-complex


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,3076
ポリマ－146,3076
非ポリマー00
水00
1
A: Divalent metal cation transporter
C: Elen-Nanobody-complex
B: Elen-Nanobody-complex


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1533
ポリマ－73,1533
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Divalent metal cation transporter
F: Elen-Nanobody-complex
G: Elen-Nanobody-complex


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1533
ポリマ－73,1533
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.270, 122.250, 149.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.794, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "E"
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "G"
d_1ens_3chain "C"
d_2ens_3chain "F"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAILEA1 - 398
d_21ens_1ALAILED1 - 398
d_11ens_2GLNVALC1 - 121
d_21ens_2GLNVALF1 - 121
d_11ens_3GLNVALB1 - 117
d_21ens_3GLNVALE1 - 117

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999822124177, -0.00509489058152, 0.0181593528718), (0.00455555209282, -0.999550882107, -0.0296189301761), (0.0183021023899, -0.0295309358065, 0.99939629621)-46.7308084687, -39.9578248565, -36.9872237687
2given(-0.999873607687, 0.00348463715053, 0.0155121228149), (-0.00412651066162, -0.999128277338, -0.0415410319224), (0.0153538451228, -0.0415997923955, 0.999016374597)-46.395898669, -40.3784149664, -37.6636689545
3given(-0.999951558665, 0.00399814690557, -0.00899417279594), (-0.00368360594478, -0.99939027519, -0.0347204392559), (-0.00912750624242, -0.0346856263631, 0.999356590989)-46.4793028513, -39.9964845611, -38.0083119818

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要素

#1: タンパク質 Divalent metal cation transporter


分子量: 46848.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 遺伝子: C1853_09580, C1871_08405 / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A369N1S1
#2: 抗体 Elen-Nanobody-complex


分子量: 12952.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 遺伝子: C1867_11315 / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
#3: 抗体 Elen-Nanobody-complex


分子量: 13351.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 遺伝子: C1867_11315 / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.24 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 50 mM MgAc, 50 mM HEPES pH 7.2-7.6 and 25-30% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999869 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.1→12 Å / Num. obs: 25065 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 28.2 % / Biso Wilson estimate: 174.298 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 15.36
反射 シェル解像度: 4.1→4.2 Å / 冗長度: 27.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.81 / Num. unique obs: 1742 / CC1/2: 0.95 / Rrim(I) all: 1.536 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSVersion Feb5 2021データ削減
Coot0.9.6モデル構築
XSCALEVersion Feb5 2021データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBID 7QIA

7qia


解像度: 4.1→11.99 Å / SU ML: 0.4077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 43.327
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3155 1136 4.79 %
Rwork0.2669 22603 -
obs0.2693 23739 98.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 287.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.1→11.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9632 0 0 0 9632
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00299836
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.603413376
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431578
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00481668
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.90443416
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.00121269570318
ens_2d_2CX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.00122716768505
ens_3d_2BX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.00122046365699
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.1-4.280.43221430.33432846X-RAY DIFFRACTION98.39
4.28-4.490.37321610.27772777X-RAY DIFFRACTION98.16
4.49-4.760.34271160.28042815X-RAY DIFFRACTION97.96
4.76-5.10.34871470.2692806X-RAY DIFFRACTION97.49
5.1-5.560.37471500.28142786X-RAY DIFFRACTION97.22
5.57-6.270.44011310.29692804X-RAY DIFFRACTION97.67
6.27-7.550.2911230.29792902X-RAY DIFFRACTION99.7
7.55-11.990.25351650.22652867X-RAY DIFFRACTION98.86
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.4158834813 Å / Origin y: -19.9665088173 Å / Origin z: -30.6155185713 Å
111213212223313233
T2.58621080997 Å20.292731382921 Å2-0.0667267579602 Å2-2.97775752703 Å2-0.119734171616 Å2--2.05052313074 Å2
L0.891836388223 °21.03277170841 °2-0.636109869841 °2-1.79916815361 °2-1.25805303135 °2--0.763021659379 °2
S-0.197744281364 Å °0.370525769045 Å °0.0461154452735 Å °-0.641057260731 Å °0.143316320303 Å °0.0666581459335 Å °0.454913689261 Å °0.0953929252043 Å °0.0678192737815 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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