[日本語] English
万見
- PDB-7qiv: Structure of human C3b in complex with the EWE nanobody -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qiv
タイトルStructure of human C3b in complex with the EWE nanobody
要素
  • Complement C3 beta chain
  • Complement C3b alpha' chain
  • Nanobody EWE
キーワードIMMUNE SYSTEM / complement / alternative pathway / antibody / nanobody / protein engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


oviduct epithelium development / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of lipid storage ...oviduct epithelium development / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of lipid storage / positive regulation of phagocytosis, engulfment / complement receptor mediated signaling pathway / Activation of C3 and C5 / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of glucose transmembrane transport / complement-dependent cytotoxicity / complement activation, alternative pathway / complement activation / neuron remodeling / endopeptidase inhibitor activity / amyloid-beta clearance / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / Peptide ligand-binding receptors / fatty acid metabolic process / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / Post-translational protein phosphorylation / response to bacterium / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of angiogenesis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / azurophil granule lumen / G alpha (i) signalling events / secretory granule lumen / blood microparticle / inflammatory response / positive regulation of protein phosphorylation / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Complement C3-like, NTR domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / : ...: / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Complement C3-like, NTR domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lama glama (ラマ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Pedersen, H. / Andersen, G.R.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
LundbeckfondenR155-2015-2666 デンマーク
引用
ジャーナル: Front Immunol / 年: 2022
タイトル: Structure-Guided Engineering of a Complement Component C3-Binding Nanobody Improves Specificity and Adds Cofactor Activity.
著者: Pedersen, H. / Jensen, R.K. / Hansen, A.G. / Petersen, S.V. / Thiel, S. / Laursen, N.S. / Andersen, G.R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
履歴
登録2021年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Complement C3 beta chain
B: Complement C3b alpha' chain
C: Nanobody EWE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,7005
ポリマ－190,2583
非ポリマー4422
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12610 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area71410 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)255.310, 64.880, 144.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

-
要素

#1: タンパク質 Complement C3 beta chain


分子量: 71393.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024
#2: タンパク質 Complement C3b alpha' chain


分子量: 104074.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024
#3: 抗体 Nanobody EWE


分子量: 14790.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.65 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 112 mM Sodium Citrate pH 8, 28 mM Sodium Citrate pH 6.0, 12.25 % (w/v) PEG 2000 MME, 70 mM Imidazole pH 7, 60 mM Ammonium acetate, 70 mM TRIS pH 8.5, and 13.5 % (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.31 Å / Num. obs: 60284 / % possible obs: 98.61 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 83.24 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.2238 / Rrim(I) all: 0.2326 / Net I/σ(I): 11.74
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 2.725 / Mean I/σ(I) obs: 0.73 / Num. unique obs: 5282 / CC1/2: 0.495 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EHG

6ehg


解像度: 2.8→48.31 Å / SU ML: 0.5143 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.346
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2748 1471 2.47 %
Rwork0.2354 58009 -
obs0.2364 59480 98.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 111.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13127 0 28 0 13155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004113420
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.730418196
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05192060
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00632351
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.86245020
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.890.39811220.35834670X-RAY DIFFRACTION88.76
2.89-2.990.37571300.35515113X-RAY DIFFRACTION97.09
2.99-3.110.41891330.36385253X-RAY DIFFRACTION99.63
3.11-3.260.35281320.31715274X-RAY DIFFRACTION99.93
3.26-3.430.34791340.27615281X-RAY DIFFRACTION99.89
3.43-3.640.29711340.26015286X-RAY DIFFRACTION99.93
3.64-3.920.26561340.26195311X-RAY DIFFRACTION99.98
3.92-4.320.29331360.21345367X-RAY DIFFRACTION100
4.32-4.940.21721350.18295371X-RAY DIFFRACTION99.98
4.94-6.220.24531370.20325416X-RAY DIFFRACTION100
6.22-48.310.25031440.21555667X-RAY DIFFRACTION99.69
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.64205369420.132112949634-0.4078780382871.98756637078-0.9082554792654.467555921170.177855293978-0.5701555150010.302791801437-0.113613863431-0.189277033981-0.172465679374-0.7956383009660.904667998457-0.1253208906030.611794875529-0.06268999569140.02316775970460.495328261416-0.1503517227110.775303456893-11.735317438950.6274644685-31.7264494773
20.9271268580990.117765646177-0.842275731297-0.6595138501490.7385144262363.110260392850.09999596662940.4436384505110.200108277811-0.205514629020.1064706752940.281655384179-0.258461411276-0.753837379489-0.02126929010790.801829012420.110709565648-0.1107628598160.698907369475-0.04092082154410.687316930469-23.840208232442.9640935242-62.7119453781
32.95666884476-0.1208619563351.467954932972.717773676990.6145314043945.15083927436-0.356285963289-0.755200667584-0.04081288644150.404240122560.252146221632-0.0498919114333-1.09456180050.564794692505-0.1866680988420.5575066602250.06234659890620.04258462932721.02924303729-0.237113810460.731650340566-20.737773750547.2711390323-1.48749537148
43.118702596290.224626743813-0.07153434980121.16666878963-0.06825645406181.883907815930.120258183019-1.086921989720.1713705960110.0635821480129-0.1296143797580.0836174197618-0.05976502278890.07486825247720.04390888809410.4941767653990.0431073434010.06607962716540.993707152687-0.1033080822780.636808546559-29.359400002840.4351074595-4.95663096925
53.959701583880.7951923421610.2048436255143.86925483641.537379772165.35688449647-0.0448070428971-0.729702953278-0.4125323993570.235052279268-0.172683622543-0.208426225870.207876959995-0.1487044342230.2819079984750.5545958235120.05474163640080.1226701114590.9303905328570.2744782176550.749338824014-40.676786365521.9872201054-7.37462936387
64.99616419548-0.040787595330.9684687286533.87126812996-0.2829263390518.80404930845-0.106220650173-0.0532920209012-0.3364292972860.0692359893011-0.23390806197-0.225029393948-0.3515440216430.2175171663270.3033198996250.6464284148770.05969498951440.0781429201240.71213181670.09578524934610.711066348914-54.860594498453.582724889920.8189217559
72.62042929105-0.4507578607960.7646175680532.610105218350.7080015596922.77185399098-0.182088685478-0.9201567569150.3416257885580.536125696329-0.340991548357-0.13997136975-0.64254958995-1.158991123310.2790375880480.6039550282480.04718915977420.2521512201311.65324530996-0.2991710348091.02866981632-49.650548576343.28556232571.47684108233
82.194154556030.761942499068-2.119301838912.599774791470.6550360441254.35263029611-0.286840526334-0.2056307252320.351026501360.2045276538860.1437597995740.382191708103-1.74194635353-0.8403818392380.1727612977431.628263054490.566418543551-0.3135240018141.386195234080.03038120555240.780907962023-54.427690363268.2444296001-89.6995140793
91.59571019506-0.2125020959370.5255988260371.38572290384-1.68464437723.192216968480.2093812543880.3343476282210.5255853604140.2896417499980.3202284425640.263918641175-1.34454407217-0.713342855777-0.4896595254411.379327346520.391173894360.01170972929011.498359716980.04277711236761.07948194929-54.896187980462.7962144173-36.870671539
102.404020696650.62561433427-0.05136189549322.398744022580.9334365471712.778150935410.06140738450340.4709930286760.88937630566-0.4925324332380.2899804709660.221950345563-0.722263184943-0.653251180829-0.3242758666771.154045773050.172789782541-0.1051420528520.7654813557850.2842841820880.879645192407-21.614372028859.652543674-76.3929926277
112.35077956353-0.136183619952-0.536929444341.95396682814-0.9853777480133.679004576310.3562791373530.1818094982290.41709962468-0.3976916400920.1082082367270.494274264701-0.470162912013-0.836153796264-0.4543529481980.6743305694160.21932785074-0.02914142554550.510905415425-0.01468604399450.737960609978-32.535496188154.0256071351-41.4937034799
121.84954358506-0.277655779385-0.3942132712553.788885277612.18769714063.01986075458-0.249654487197-0.299972955518-0.405089643228-0.189625021712-0.1443551993740.2746395680590.102445942521-0.1342867263250.3514923234950.5825918416020.0188346322070.1461705070690.3600162148270.02223087631530.821625644695-29.520826617719.7106138411-33.944241611
132.61996331888-0.0184702572168-0.5837522450583.01791245148-1.287103389483.60684774189-0.1281404460870.53135721026-0.254523546635-0.0551160634647-0.4727981994080.266667920290.2439153200260.08846916520330.6083167304490.7169468261830.01190858471970.02631095547680.486457350074-0.1021467308650.687937510382-14.705524660722.7953079556-66.1247992403
143.76703418206-0.792844453435-0.1073964676782.36070094165-0.8951452232473.963312803690.05794092910840.571125172246-0.0372782099191-0.401972745960.143812226450.08567468727450.01997408651830.893891433123-0.2475731062210.8896287373930.092382974734-0.06936423534980.78928240668-0.06019710078420.563320749038-7.0005034480242.3702551179-74.9834664649
152.151805199710.9247682847880.5237980961422.86776263938-0.2110156999472.13891441601-0.648179906748-0.4336139070210.948374421680.2137444260720.50353225892-0.528698532799-0.2109732016910.5036921357340.1342952105950.7536159762130.0602889903517-0.1479159401851.85547968901-0.4245191902361.200594521142.8352246151948.21121192886.14845275988
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-IDLabel asym-IDLabel seq-IDSelection details
11A557 - 599
21B557 - 599
31A768 - 828
41B768 - 828
52A600 - 665A573 - 638
62B600 - 665B573 - 638
73A753 - 767A1 - 15
83B753 - 767B1 - 15
94A829 - 933A77 - 181
104B829 - 933B77 - 181
115A1353 - 1496A601 - 736
125B1353 - 1496B601 - 736
136A1518 - 1663A758 - 903
146B1518 - 1663B758 - 903
157A1497 - 1517A737 - 757
167B1497 - 1517B737 - 757
178A986 - 1290A234 - 538
188B986 - 1290B234 - 538
199A934 - 985
209B934 - 985
219A1291 - 1352
229B1291 - 1352
2310A23 - 127A1 - 100
2410B23 - 127B1 - 100
2511A128 - 228A101 - 201
2611B128 - 228B101 - 201
2712A229 - 351A202 - 324
2812B229 - 351B202 - 324
2913A352 - 452A325 - 425
3013B352 - 452B325 - 425
3114A453 - 556A426 - 529
3214B453 - 556B426 - 529
3315C5 - 128C1 - 124chain C

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る