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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qiv | ||||||
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Title | Structure of human C3b in complex with the EWE nanobody | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / complement / alternative pathway / antibody / nanobody / protein engineering | ||||||
Function / homology | ![]() oviduct epithelium development / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of lipid storage ...oviduct epithelium development / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of lipid storage / positive regulation of phagocytosis, engulfment / complement receptor mediated signaling pathway / Activation of C3 and C5 / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of glucose transmembrane transport / complement-dependent cytotoxicity / complement activation, alternative pathway / complement activation / neuron remodeling / endopeptidase inhibitor activity / amyloid-beta clearance / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / Peptide ligand-binding receptors / fatty acid metabolic process / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / Post-translational protein phosphorylation / response to bacterium / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of angiogenesis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / azurophil granule lumen / G alpha (i) signalling events / secretory granule lumen / blood microparticle / inflammatory response / positive regulation of protein phosphorylation / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pedersen, H. / Andersen, G.R. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure-Guided Engineering of a Complement Component C3-Binding Nanobody Improves Specificity and Adds Cofactor Activity. Authors: Pedersen, H. / Jensen, R.K. / Hansen, A.G. / Petersen, S.V. / Thiel, S. / Laursen, N.S. / Andersen, G.R. #1: Journal: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / Year: 2012 Title: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. Authors: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 592.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 54.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 73.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6ehgS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 71393.320 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() | ||
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#2: Protein | Mass: 104074.148 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() | ||
#3: Antibody | Mass: 14790.335 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
#4: Sugar | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.21 Å3/Da / Density % sol: 61.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 112 mM Sodium Citrate pH 8, 28 mM Sodium Citrate pH 6.0, 12.25 % (w/v) PEG 2000 MME, 70 mM Imidazole pH 7, 60 mM Ammonium acetate, 70 mM TRIS pH 8.5, and 13.5 % (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Sep 7, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→48.31 Å / Num. obs: 60284 / % possible obs: 98.61 % / Redundancy: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 83.24 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.2238 / Rrim(I) all: 0.2326 / Net I/σ(I): 11.74 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.9 Å / Redundancy: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 2.725 / Mean I/σ(I) obs: 0.73 / Num. unique obs: 5282 / CC1/2: 0.495 / % possible all: 89.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6EHG Resolution: 2.8→48.31 Å / SU ML: 0.5143 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.346 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 111.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→48.31 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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