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- PDB-7qfa: Monoclinic crystal structure of PTG CBM21 in complex with beta-cy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qfa
タイトルMonoclinic crystal structure of PTG CBM21 in complex with beta-cyclodextrin
要素Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3C
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / carbohydrate binding / immunoglobulin-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


glycogen binding / regulation of glycogen biosynthetic process / protein phosphatase type 1 complex / protein phosphatase 1 binding / glycogen biosynthetic process / glycogen metabolic process / protein serine/threonine phosphatase activity / Myoclonic epilepsy of Lafora / Glycogen synthesis / protein phosphatase binding ...glycogen binding / regulation of glycogen biosynthetic process / protein phosphatase type 1 complex / protein phosphatase 1 binding / glycogen biosynthetic process / glycogen metabolic process / protein serine/threonine phosphatase activity / Myoclonic epilepsy of Lafora / Glycogen synthesis / protein phosphatase binding / molecular adaptor activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3C / Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3B/C/D, metazoa / : / Carbohydrate binding type-21 domain / CBM21 (carbohydrate binding type-21) domain / CBM21 domain superfamily / Carbohydrate/starch-binding module (family 21) / CBM21 (carbohydrate binding type-21) domain profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cyclodextrin / Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Semrau, M.S. / Storici, P. / Lolli, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular architecture of the glycogen- committed PP1/PTG holoenzyme.
著者: Semrau, M.S. / Giachin, G. / Covaceuszach, S. / Cassetta, A. / Demitri, N. / Storici, P. / Lolli, G.
履歴
登録2021年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3C
B: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3C
C: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,77010
ポリマ－46,9433
非ポリマー3,8277
水4,252236
1
A: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8012
ポリマ－15,6481
非ポリマー1,1531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0775
ポリマ－15,6481
非ポリマー1,4294
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8933
ポリマ－15,6481
非ポリマー1,2452
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.830, 42.866, 168.994
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.670, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 76 or resid 80 through 81 or resid 83 through 129))
21(chain B and (resid 3 through 76 or resid 80 through 81 or resid 83 through 129))
31(chain C and (resid 3 through 81 or resid 83 through 129))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 3 through 76 or resid 80 through 81 or resid 83 through 129))A3 - 76
121(chain A and (resid 3 through 76 or resid 80 through 81 or resid 83 through 129))A80 - 81
131(chain A and (resid 3 through 76 or resid 80 through 81 or resid 83 through 129))A83 - 129
211(chain B and (resid 3 through 76 or resid 80 through 81 or resid 83 through 129))B3 - 76
221(chain B and (resid 3 through 76 or resid 80 through 81 or resid 83 through 129))B80 - 81
231(chain B and (resid 3 through 76 or resid 80 through 81 or resid 83 through 129))B83 - 129
311(chain C and (resid 3 through 81 or resid 83 through 129))C3 - 81
321(chain C and (resid 3 through 81 or resid 83 through 129))C83 - 129

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要素

#1: タンパク質 Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3C / Protein phosphatase 1 regulatory subunit 5 / PP1 subunit R5 / Protein targeting to glycogen / PTG


分子量: 15647.529 Da / 分子数: 3 / 断片: CBM21 domain (residues 132-264) / 変異: First residue S derives from the expression tag / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP1R3C, PPP1R5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UQK1
#2: 多糖 Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose)


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: beta-cyclodextrin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,7,7/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-1/a1-g4_a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.45 % / Mosaicity: 0.17 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 25% PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9718 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.81 Å / Num. obs: 31810 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 208427 / Scaling rejects: 38
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.056.60.9531546023380.7780.3991.0352.298.7
8.94-46.815.40.03820423800.9970.0180.04336.196.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11.1精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EEF

2eef


解像度: 2→41.506 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2117 1554 4.89 %
Rwork0.1731 30248 -
obs0.175 31802 98.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.32 Å2 / Biso mean: 37.8908 Å2 / Biso min: 15.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→41.506 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3113 0 255 236 3604
Biso mean--31.83 43.03 -
残基数----379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073470
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0574741
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069577
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6121889
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1744X-RAY DIFFRACTION18.257TORSIONAL
12B1744X-RAY DIFFRACTION18.257TORSIONAL
13C1744X-RAY DIFFRACTION18.257TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.06460.25281450.2181268998
2.0646-2.13840.28591390.2206274898
2.1384-2.2240.27181350.2049271099
2.224-2.32520.25971360.197273799
2.3252-2.44770.23591470.1904271699
2.4477-2.60110.23071450.1824274899
2.6011-2.80190.21811380.1777275799
2.8019-3.08380.23991520.1841274999
3.0838-3.52980.21371380.1637277999
3.5298-4.44630.17431490.1491275598
4.4463-41.5060.17831300.1625286098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2869-0.94921.21733.1680.22063.28650.08790.2618-0.3729-0.2482-0.07410.00950.29620.1082-0.02540.27790.0327-0.00440.2142-0.0120.245918.5194-7.267927.8979
23.4925-1.74311.2891.372-0.90063.00120.0054-0.293-0.05350.04630.11920.1732-0.239-0.2903-0.09090.18550.00750.02080.1733-0.00450.218714.08850.873237.9894
37.3772-0.0716-0.33261.08621.01390.98190.25340.5253-0.05230.45770.00540.31660.61220.1451-0.17480.36560.0639-0.04330.4081-0.0640.345228.9568-14.708340.0246
42.9021-1.12870.37322.40510.14311.8794-0.00310.1269-0.169-0.1879-0.02780.1509-0.1804-0.13170.04430.21280.0221-0.00580.17880.00640.239611.9459-0.702229.7503
52.4393-0.91320.17682.01241.14553.69260.0536-0.18040.18490.0574-0.03970.2031-0.5052-0.17280.0210.240.0583-0.00190.2938-0.01180.290940.4139-15.844626.2218
62.4310.69740.86211.8061-1.4784.12380.01920.0687-0.0037-0.22960.0764-0.00410.2136-0.301-0.11020.17960.01720.02650.2664-0.04440.216144.7885-25.389719.6229
71.19960.8941-0.19561.4788-0.36141.73180.1356-0.34690.008-0.0281-0.22460.03750.24080.05510.09890.1903-0.00860.0110.3301-0.00030.26941.5156-27.078727.5587
82.9041-0.191-0.46792.07970.10373.16620.0747-0.2980.36260.0419-0.00430.0406-0.0864-0.02530.01090.22730.02860.00140.3537-0.03330.275846.972-20.784129.8499
92.5107-0.3990.7140.85620.37533.0761-0.01490.0240.1434-0.01420.08850.0191-0.4647-0.1974-0.06430.38830.03340.00790.2366-0.01750.26464.7072-16.66549.0067
100.88290.209-0.52353.4541-0.83824.57-0.0376-0.0190.0232-0.01470.1383-0.0376-0.3050.5883-0.16830.3269-0.0256-0.01530.3159-0.02870.252616.2377-19.056313.7475
112.67410.1536-0.15251.17280.16592.9590.08090.19870.1007-0.0079-0.05330.0062-0.64410.49220.00740.4201-0.0488-0.00460.2714-0.00190.218913.9917-14.8586.6574
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 133 through 176 )A133 - 176
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 177 through 204 )A177 - 204
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 205 through 212 )A205 - 212
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 213 through 261 )A213 - 261
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 133 through 176 )B133 - 176
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 177 through 212 )B177 - 212
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 213 through 240 )B213 - 240
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 241 through 260 )B241 - 260
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 133 through 176 )C133 - 176
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 177 through 212 )C177 - 212
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 213 through 259 )C213 - 259

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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