[日本語] English
万見
- PDB-7qep: Cryo-EM structure of the ribosome from Encephalitozoon cuniculi -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qep
タイトルCryo-EM structure of the ribosome from Encephalitozoon cuniculi
要素
  • (40S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 28
  • (60S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 36
  • (Similarity to ...) x 2
  • 18S ribosomal RNA
  • 5.8S-23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • ECU06_1135 protein
  • ECU06_1215 protein
  • ECU11_0225 protein
  • Guanine nucleotide binding protein beta subunit
  • RIBOSOMAL PROTEIN S15
  • Ribosomal protein L15
  • UBIQUITIN/ L40 RIBOSOMAL PROTEIN FUSION
  • Uncharacterized protein ECU01_0250
キーワードRIBOSOME / genome decay / microbial parasite / genome reduction / Encephalitozoon cuniculi / lose-to-gain
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome ...rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / nucleolus / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CXXC motif containing zinc binding protein, eukaryotic / CXXC motif containing zinc binding protein, eukaryotic / Ribosomal protein L30e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S2, eukaryotic ...CXXC motif containing zinc binding protein, eukaryotic / CXXC motif containing zinc binding protein, eukaryotic / Ribosomal protein L30e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / S27a-like superfamily / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein S6, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein S27 / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein L37ae
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / SPERMIDINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / ECU06_1135 protein / 60S ribosomal protein L29 ...ADENOSINE MONOPHOSPHATE / SPERMIDINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / ECU06_1135 protein / 60S ribosomal protein L29 / ECU06_1215 protein / ECU11_0225 protein / Guanine nucleotide binding protein beta subunit / 60S ribosomal protein L27a / 60S ribosomal protein L3 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN S15A (S22 in yeast) / 40S RIBOSOMAL PROTEIN S28 / 40S ribosomal protein S3 / 60S ribosomal protein L39 / 40S ribosomal protein S19 / Ribosomal protein L15 / 40S ribosomal protein S7 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN S20 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN S24 / 60S ribosomal protein L44 / 40S ribosomal protein S23 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23A / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L6 / 60S ribosomal protein L10 / 60S ribosomal protein L23 / 40S ribosomal protein S13 / 40S ribosomal protein S4 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4 / 60S ribosomal protein L20 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26 / RIBOSOMAL PROTEIN S15 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN S2 / 60S ribosomal protein L37 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17 / UBIQUITIN/ L40 RIBOSOMAL PROTEIN FUSION / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L37A (L43) / 40S ribosomal protein S26 / 60S ribosomal protein L36 / 40S ribosomal protein S18 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L19 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L5 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L30 / 40S ribosomal protein S9 / 60S ribosomal protein L21 / 40S ribosomal protein S6 / 60S ribosomal protein L1 / 40S ribosomal protein S1 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13A (L16) / 40S RIBOSOMAL PROTEIN S10 / 60S ribosomal protein L32 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN S27 / 60S ribosomal protein L22 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN S11 / 40S ribosomal protein S0 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27 / 40S ribosomal protein S5 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L18 / 60S ribosomal protein L7 / 60S ribosomal protein L34 / 40S ribosomal protein S14 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN S16 / 60S ribosomal protein L31 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35A (L33) / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L9 / 40S ribosomal protein S17 / 60S ribosomal protein L7a / 60S ribosomal protein L11 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN S12 / 60S ribosomal protein L8 / 60S ribosomal protein L35-1 / 40S ribosomal protein S25 / Similarity to 60S RIBOSOMAL PROTEIN L24 / Similarity to monoubiquitin/carboxy-extension protein fusion / 40S ribosomal protein S8 / Uncharacterized protein ECU01_0250
類似検索 - 構成要素
生物種Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Nicholson, D. / Ranson, N.A. / Melnikov, S.V.
資金援助 英国, 6件
組織認可番号国
Wellcome Trust203743/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)G0901526 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N009738/1 英国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission97617 英国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission895166 英国
Wellcome Trust108466/Z/15/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Adaptation to genome decay in the structure of the smallest eukaryotic ribosome.
著者: David Nicholson / Marco Salamina / Johan Panek / Karla Helena-Bueno / Charlotte R Brown / Robert P Hirt / Neil A Ranson / Sergey V Melnikov /
要旨: The evolution of microbial parasites involves the counterplay between natural selection forcing parasites to improve and genetic drifts forcing parasites to lose genes and accumulate deleterious ...The evolution of microbial parasites involves the counterplay between natural selection forcing parasites to improve and genetic drifts forcing parasites to lose genes and accumulate deleterious mutations. Here, to understand how this counterplay occurs at the scale of individual macromolecules, we describe cryo-EM structure of ribosomes from Encephalitozoon cuniculi, a eukaryote with one of the smallest genomes in nature. The extreme rRNA reduction in E. cuniculi ribosomes is accompanied with unparalleled structural changes, such as the evolution of previously unknown molten rRNA linkers and bulgeless rRNA. Furthermore, E. cuniculi ribosomes withstand the loss of rRNA and protein segments by evolving an ability to use small molecules as structural mimics of degenerated rRNA and protein segments. Overall, we show that the molecular structures long viewed as reduced, degenerated, and suffering from debilitating mutations possess an array of compensatory mechanisms that allow them to remain active despite the extreme molecular reduction.
履歴
登録2021年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13936
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
RA: Guanine nucleotide binding protein beta subunit
1: 5.8S-23S ribosomal RNA
2: 5S ribosomal RNA
3: 18S ribosomal RNA
C0: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S10
C1: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S11
C2: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S12
C3: 40S ribosomal protein S13
C4: 40S ribosomal protein S14
C5: RIBOSOMAL PROTEIN S15
C6: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S16
C7: 40S ribosomal protein S17
C8: 40S ribosomal protein S18
C9: 40S ribosomal protein S19
D0: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S20
D1: ECU11_0225 protein
D2: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S15A (S22 in yeast)
D3: 40S ribosomal protein S23
D4: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S24
D5: 40S ribosomal protein S25
D6: 40S ribosomal protein S26
D7: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S27
D8: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S28
D9: 40S ribosomal protein S29
E1: Similarity to monoubiquitin/carboxy-extension protein fusion
L1: 60S ribosomal protein L1
L2: 60S ribosomal protein L8
L3: 60S ribosomal protein L3
L4: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4
L5: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L5
L6: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L6
L7: 60S ribosomal protein L7
L8: 60S ribosomal protein L7a
L9: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L9
M0: 60S ribosomal protein L10
M1: 60S ribosomal protein L11
M3: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13
M4: ECU06_1215 protein
M5: Ribosomal protein L15
M6: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13A (L16)
M7: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17
M8: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L18
M9: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L19
MD: Uncharacterized protein ECU01_0250
MS: ECU06_1135 protein
N0: 60S ribosomal protein L20
N1: 60S ribosomal protein L21
N2: 60S ribosomal protein L22
N3: 60S ribosomal protein L23
N4: Similarity to 60S RIBOSOMAL PROTEIN L24
N5: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23A
N6: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26
N7: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27
N8: 60S ribosomal protein L27a
N9: 60S ribosomal protein L29
O0: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L30
O1: 60S ribosomal protein L31
O2: 60S ribosomal protein L32
O3: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35A (L33)
O4: 60S ribosomal protein L34
O5: 60S ribosomal protein L35-1
O6: 60S ribosomal protein L36
O7: 60S ribosomal protein L37
O9: 60S ribosomal protein L39
P0: UBIQUITIN/ L40 RIBOSOMAL PROTEIN FUSION
P2: 60S ribosomal protein L44
P3: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L37A (L43)
S0: 40S ribosomal protein S0
S1: 40S ribosomal protein S1
S2: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S2
S3: 40S ribosomal protein S3
S4: 40S ribosomal protein S4
S5: 40S ribosomal protein S5
S6: 40S ribosomal protein S6
S7: 40S ribosomal protein S7
S8: 40S ribosomal protein S8
S9: 40S ribosomal protein S9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,597,77287
ポリマ－2,596,75677
非ポリマー1,01610
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 8種, 8分子 RAC5D1M4M5MDMSP0

#1: タンパク質 Guanine nucleotide binding protein beta subunit


分子量: 36828.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: M1K775
#10: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S15


分子量: 16383.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SRE7
#16: タンパク質 ECU11_0225 protein


分子量: 7661.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: I7L8M6
#38: タンパク質 ECU06_1215 protein


分子量: 12275.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: I7L8J2
#39: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 23823.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SQU2
#44: タンパク質 Uncharacterized protein ECU01_0250


分子量: 19453.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SWQ4
#45: タンパク質 ECU06_1135 protein


分子量: 9019.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: I7IV41
#65: タンパク質 UBIQUITIN/ L40 RIBOSOMAL PROTEIN FUSION


分子量: 14312.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SRH8

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 123

#2: RNA鎖 5.8S-23S ribosomal RNA


分子量: 807085.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: GenBank: 13560063
#3: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38478.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: GenBank: 13560072
#4: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 422123.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: GenBank: 13560063

+
40S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 28種, 28分子 C0C1C2C3C4C6C7C8C9D0D2D3D4D5D6D7D8D9S0S1S2S3S4S5S6S7S8S9

#5: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S10


分子量: 11167.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SS17
#6: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S11


分子量: 17788.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SS53
#7: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S12


分子量: 14518.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SSK9
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S13


分子量: 16858.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SRB3
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S14


分子量: 14423.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SSA6
#11: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S16


分子量: 16602.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SSC2
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S17


分子量: 14057.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SSF9
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S18


分子量: 17431.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SRP2
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S19


分子量: 15806.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SQS8
#15: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S20


分子量: 14236.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SQX6
#17: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S15A (S22 in yeast)


分子量: 14582.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SQL9
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 15345.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SR65
#19: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S24


分子量: 15529.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SR06
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 12355.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8STD9
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 11902.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SRN2
#22: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S27


分子量: 9434.813 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SS34
#23: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S28


分子量: 7459.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SQM2
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S29


分子量: 7637.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S0


分子量: 27899.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SS60
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S1


分子量: 26985.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SS05
#70: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S2


分子量: 26270.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SRG6
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S3


分子量: 24318.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SQM3
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 30090.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SRB9
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S5


分子量: 20987.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SS72
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 25518.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SRY0
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 19032.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SQX3
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 19615.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SWC9
#77: タンパク質 40S ribosomal protein S9


分子量: 20954.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SRW6

-
Similarity to ... , 2種, 2分子 E1N4

#25: タンパク質 Similarity to monoubiquitin/carboxy-extension protein fusion


分子量: 17141.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SWB3
#50: タンパク質 Similarity to 60S RIBOSOMAL PROTEIN L24


分子量: 11350.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SUZ9

+
60S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 36種, 36分子 L1L2L3L4L5L6L7L8L9M0M1M3M6M7M8M9N0N1N2N3N5N6N7N8N9O0O1O2O3O4...

#26: タンパク質 60S ribosomal protein L1 / L10a


分子量: 24752.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SRY5
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 25911.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SSM6
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L3


分子量: 42555.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SQI3
#29: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4


分子量: 37767.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SRC2
#30: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L5


分子量: 32770.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SRQ3
#31: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L6


分子量: 19672.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SR91
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L7


分子量: 27987.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SS93
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 23587.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SSG1
#34: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L9


分子量: 20649.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SSF7
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L10


分子量: 25047.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SR96
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L11


分子量: 19733.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SSG9
#37: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13


分子量: 18900.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SSC1
#40: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13A (L16)


分子量: 22724.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SS16
#41: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17


分子量: 20885.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SRH7
#42: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L18


分子量: 22655.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SS76
#43: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L19


分子量: 20198.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SRP5
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L20


分子量: 21592.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SRD7
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L21


分子量: 18621.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SRW8
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L22


分子量: 12598.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SS49
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L23


分子量: 16383.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SRA7
#51: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23A / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23A (L25 in yeast)


分子量: 11839.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SR87
#52: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26


分子量: 16811.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SRE6
#53: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27


分子量: 14508.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SS64
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L27a


分子量: 17066.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: O62581
#55: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 6565.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: I7JTZ6
#56: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L30


分子量: 11785.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SRU1
#57: タンパク質 60S ribosomal protein L31


分子量: 13035.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SSC8
#58: タンパク質 60S ribosomal protein L32


分子量: 16376.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SS18
#59: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35A (L33)


分子量: 12832.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SSF3
#60: タンパク質 60S ribosomal protein L34


分子量: 12463.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SSA2
#61: タンパク質 60S ribosomal protein L35-1


分子量: 14128.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8ST62
#62: タンパク質 60S ribosomal protein L36 / L39


分子量: 10776.858 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SRP1
#63: タンパク質 60S ribosomal protein L37


分子量: 10416.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SRH5
#64: タンパク質 60S ribosomal protein L39


分子量: 6517.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SQP8
#66: タンパク質 60S ribosomal protein L44


分子量: 12035.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SR18
#67: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L37A (L43)


分子量: 9849.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalitozoon cuniculi GB-M1 (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 参照: UniProt: Q8SRJ2

-
非ポリマー , 3種, 10分子

#78: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#79: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#80: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Ribosome from Encephalitozoon cuniculiRIBOSOME#1-#770NATURAL
2large subunitCOMPLEX#1-#2, #25-#42, #44-#661NATURAL
3small subunitCOMPLEX#3-#24, #67-#771NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
21Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)6035strain II
32Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)6035strain II
43Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)6035strain II
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHEPES-KOH1
225 mMmagnesium chlorideMgCl21
3130 mMpotassium chlorideKCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Quorum GloQube, 10 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: Quantifoil grids (R1.2/1.3, 400 mesh, copper) were glow discharged (10 mA, 30s, Quorum GloQube), and 3 microlitres of the crude sample of E. cuniculi ribosomes (300 nM) was pipetted onto a ...詳細: Quantifoil grids (R1.2/1.3, 400 mesh, copper) were glow discharged (10 mA, 30s, Quorum GloQube), and 3 microlitres of the crude sample of E. cuniculi ribosomes (300 nM) was pipetted onto a grid. Excess sample was immediately blotted off and vitrification was performed by plunging the grid into liquid nitrogen-cooled liquid ethane at 100% humidity and 4 degrees celsius using an FEI Vitrobot Mark IV (Thermo Fisher)

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 96000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.35 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 2210
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4RELION3.1CTF補正
5CTFFIND4.1CTF補正
8Coot0.9モデルフィッティング
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
14PHENIX1.14モデル精密化
画像処理詳細: Drift-corrected and dose-corrected averages of each movie were created using RELION 3.1s own implementation of motion correction and the contrast transfer functions estimated using CTFFIND-4.1
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 260895
詳細: Particles were picked using Laplacian-of-Gaussian autopicking and reference-free 2D classification used to generate templates for further autopicking. The resulting particles were extracted ...詳細: Particles were picked using Laplacian-of-Gaussian autopicking and reference-free 2D classification used to generate templates for further autopicking. The resulting particles were extracted with binning-by-4, and 2D and 3D classification performed to remove junk images
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 108005
詳細: The remaining particles were re-extracted without binning and aligned and refined in 3D, again using a 60 Angstrom low-passed filtered ab initio starting model. Rounds of CTF refinement and ...詳細: The remaining particles were re-extracted without binning and aligned and refined in 3D, again using a 60 Angstrom low-passed filtered ab initio starting model. Rounds of CTF refinement and Bayesian polishing were performed until the map resolution stopped improving. 108,005 particles fed into the final 3D reconstruction of estimated resolution 2.7 Angstrom.
クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient
詳細: The model was built using fragments of S. cerevisiae (pdb id 4v88) and V. necatrix ribosomes (pdb id 6rm3) as starting models that were edited using Coot using genomic sequences of the E. ...詳細: The model was built using fragments of S. cerevisiae (pdb id 4v88) and V. necatrix ribosomes (pdb id 6rm3) as starting models that were edited using Coot using genomic sequences of the E. cuniculi strain GB-M1 to model rRNA and ribosomal proteins. For ribosomal proteins that are encoded by two alternative genes (with one gene coding for a zinc-coordinating protein and another gene coding for a zinc-free ribosomal protein), we used zinc-coordinating isoforms, because the cryo-EM map revealed the presence of these isoforms and not their zinc-free paralogs in the ribosome structure. The identity of protein msL2 in the ribosome structure was determined using the genomic sequence of the E. cuniculi strain GB-M1 and the cryo-EM map that revealed a unique combination of aromatic and bulky amino acids in its structure: the cryo-EM map showed that msL2 has a tyrosine residue at position 5, a tryptophan residue at position 9, and lysine or arginine residues at positions 10, 12 and 13. The only protein with this sequence was the hypothetical protein ECU06_1135, whose sequence and length were fully consistent with the cryo-EM map. The structure of E. cuniculi ribosomes was refined using Phenix real space refine and validated using MolProbity within Phenix and PDB OneDep. The parts of the model corresponding to the 60S, 40S body and 40S head were built and refined using the consensus map, 40S body multibody map and 40S head multibody map, respectively.
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
14V88

4v88

1
26RM3

6rm3

1
精密化立体化学のターゲット値: CDL v1.2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0089177081
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.9431257068
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.052931606
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005818642
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.590699220

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る