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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qef | ||||||
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タイトル | Crystal structure of para-nitrophenyl-Beta-D-glucuronide bound to a mutant of SN243 (D415A) | ||||||
要素 | SN243 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / enzyme discovery / carbohydrate-active enzymes (CAZy) / protein engineering / functional metagenomics) | ||||||
機能・相同性 | ACETATE ION / 4-nitrophenyl beta-D-glucopyranosiduronic acid 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å | ||||||
データ登録者 | Neun, S. / Brear, P. / Campbell, E. / Omari, K. / Wagner, O. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022 タイトル: Functional metagenomic screening identifies an unexpected beta-glucuronidase. 著者: Neun, S. / Brear, P. / Campbell, E. / Tryfona, T. / El Omari, K. / Wagner, A. / Dupree, P. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qef.cif.gz | 297.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qef.ent.gz | 236.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qef.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/7qef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/7qef | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 81872.844 Da / 分子数: 2 / 変異: D415A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 211分子
#2: 化合物 | ChemComp-ACT / | ||||
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#4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.66 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.01 M ZnSO4 and 25% PEG MME 550 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月22日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.41→85.83 Å / Num. obs: 62881 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 2.1 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.101 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 130173 / Scaling rejects: 2080 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7QE1 解像度: 2.41→48.081 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 35.53 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 139.82 Å2 / Biso mean: 50.2063 Å2 / Biso min: 19.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.41→48.081 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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