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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qe2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of D-glucuronic acid bound to SN243 | ||||||
要素 | SN243 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / enzyme discovery / carbohydrate-active enzymes (CAZy) / protein engineering / functional metagenomics) | ||||||
機能・相同性 | ACETATE ION / beta-D-glucopyranuronic acid 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | unidentified (未定義) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Neun, S. / Brear, P. / Campbell, E. / Omari, K. / Wagner, O. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022 タイトル: Functional metagenomic screening identifies an unexpected beta-glucuronidase. 著者: Neun, S. / Brear, P. / Campbell, E. / Tryfona, T. / El Omari, K. / Wagner, A. / Dupree, P. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qe2.cif.gz | 304.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qe2.ent.gz | 241.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qe2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qe2_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qe2_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7qe2_validation.xml.gz | 56.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qe2_validation.cif.gz | 79.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/7qe2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/7qe2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 81916.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) #2: 糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 407分子
#3: 化合物 | ChemComp-ACT / | ||||
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#4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.69 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.01 M ZnSO4 and 25% PEG MME 550 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月23日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.15→48.31 Å / Num. obs: 91233 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 325221 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.7 %
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7QE1 解像度: 2.15→48.306 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.1 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 133.75 Å2 / Biso mean: 57.726 Å2 / Biso min: 34.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.15→48.306 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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