[日本語] English
万見
- PDB-7qdt: Crystal structure of a mutant (P393GX) Thyroid Receptor Alpha lig... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qdt
タイトルCrystal structure of a mutant (P393GX) Thyroid Receptor Alpha ligand binding domain designed to model dominant negative human mutations.
要素Isoform Alpha-1 of Thyroid hormone receptor alpha
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Nuclear receptor / Thyroid hormone / Mutation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of DNA-templated transcription initiation / negative regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / female courtship behavior / regulation of lipid catabolic process / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / cartilage condensation ...regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of DNA-templated transcription initiation / negative regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / female courtship behavior / regulation of lipid catabolic process / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / cartilage condensation / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding / thyroid gland development / general transcription initiation factor binding / retinoic acid receptor signaling pathway / TBP-class protein binding / hormone-mediated signaling pathway / response to cold / ossification / erythrocyte differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / chromatin DNA binding / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / learning or memory / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thyroid hormone receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...Thyroid hormone receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
3,5,3'TRIIODOTHYRONINE / Thyroid hormone receptor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Romartinez-Alonso, B. / Fairall, L. / Agostini, M. / Chatterjee, K. / Schwabe, J.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Communitys Seventh Framework ProgrammePITN-GA-2013-606806European Union
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structure-Guided Approach to Relieving Transcriptional Repression in Resistance to Thyroid Hormone alpha.
著者: Romartinez-Alonso, B. / Agostini, M. / Jones, H. / McLellan, J. / Sood, D.E. / Tomkinson, N. / Marelli, F. / Gentile, I. / Visser, W.E. / Schoenmakers, E. / Fairall, L. / Privalsky, M. / ...著者: Romartinez-Alonso, B. / Agostini, M. / Jones, H. / McLellan, J. / Sood, D.E. / Tomkinson, N. / Marelli, F. / Gentile, I. / Visser, W.E. / Schoenmakers, E. / Fairall, L. / Privalsky, M. / Moran, C. / Persani, L. / Chatterjee, K. / Schwabe, J.W.R.
履歴
登録2021年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.12024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Isoform Alpha-1 of Thyroid hormone receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3772
ポリマ－26,7261
非ポリマー6511
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: It is a single molecule. There is not macromolecular assembly.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area840 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area11770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.328, 143.328, 88.502
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

-
要素

#1: タンパク質 Isoform Alpha-1 of Thyroid hormone receptor alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group A member 1 / V-erbA-related protein 7 / EAR-7 / c-erbA-1 / c-erbA-alpha


分子量: 26725.896 Da / 分子数: 1 / 変異: P393GX / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THRA, EAR7, ERBA1, NR1A1, THRA1, THRA2 / プラスミド: pGEX2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P10827
#2: 化合物 ChemComp-T3 / 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE / T3 / THYROID HORMONE / LIOTHYRONINE / トリヨ-ドチロニン


分子量: 650.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C15H12I3NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 % / 解説: 200-micrometers tetragonal bipyramids
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Sodium Chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 1.0 M Lithium Sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.969 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月3日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→72.06 Å / Num. obs: 11208 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique obs: 1764 / CC1/2: 0.948 / Rpim(I) all: 0.17 / Rrim(I) all: 0.721 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0218精密化
MOSFLM7.2.2データ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER3.16.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2h79

2h79


解像度: 3→72.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 11.083 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.439 / ESU R Free: 0.293 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22754 581 5.2 %RANDOM
Rwork0.18322 ---
obs0.18555 11208 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 52.545 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.26 Å2-1.13 Å20 Å2
2---2.26 Å20 Å2
3---7.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→72.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1854 0 23 9 1886
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0191916
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021798
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0591.9862593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97734176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1945235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.47524.14682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.85315343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2511512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02372
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3245.126943
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.2955.126942
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.3947.691177
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.3937.6921178
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2765.56973
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.2735.559974
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.9488.1481416
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.60360.0182173
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.60460.0092174
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 34 -
Rwork0.254 769 -
obs--99.88 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る