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- PDB-7qbu: B12-dependent radical SAM methyltransferase, Mmp10 with [4Fe-4S] ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qbu
タイトルB12-dependent radical SAM methyltransferase, Mmp10 with [4Fe-4S] cluster, cobalamin, and S-methyl-5'-thioadenosine bound.
要素Methyl coenzyme M reductase-arginine methyltransferase Mmp10
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Radical SAM / B12 binding / methyltransferase / sp3 carbon methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


iron-sulfur cluster binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Radical SAM methyltransferase MA_4551-like / Putative radical SAM, N-terminal / Radical SAM-like domain / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
CO-METHYLCOBALAMIN / : / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / IRON/SULFUR CLUSTER / Methyl coenzyme M reductase-arginine methyltransferase Mmp10
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina acetivorans (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.298 Å
データ登録者Fyfe, C.D. / Chavas, L.M.G. / Legrand, P. / Benjdia, A. / Berteau, O.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)617053 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE11-0014 フランス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Crystallographic snapshots of a B 12 -dependent radical SAM methyltransferase.
著者: Fyfe, C.D. / Bernardo-Garcia, N. / Fradale, L. / Grimaldi, S. / Guillot, A. / Brewee, C. / Chavas, L.M.G. / Legrand, P. / Benjdia, A. / Berteau, O.
履歴
登録2021年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl coenzyme M reductase-arginine methyltransferase Mmp10
B: Methyl coenzyme M reductase-arginine methyltransferase Mmp10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,28614
ポリマ－95,9302
非ポリマー4,35712
水6,143341
1
A: Methyl coenzyme M reductase-arginine methyltransferase Mmp10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1437
ポリマ－47,9651
非ポリマー2,1786
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Methyl coenzyme M reductase-arginine methyltransferase Mmp10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1437
ポリマ－47,9651
非ポリマー2,1786
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.779, 79.493, 151.659
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Methyl coenzyme M reductase-arginine methyltransferase Mmp10


分子量: 47964.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans (古細菌)
遺伝子: mmp10, HA338_00275 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A832SFM5, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

-
非ポリマー , 7種, 353分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン


分子量: 297.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-COB / CO-METHYLCOBALAMIN


分子量: 1344.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C63H91CoN13O14P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% (w/v) PEG8000, 100 mM Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月21日
放射モノクロメーター: Si(111) single-crystal channel-cut
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.298→44.84 Å / Num. obs: 37624 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 51.34 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 753 / CC1/2: 0.315 / Rpim(I) all: 0.907 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (16-JUL-2021)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QBS

7qbs


解像度: 2.298→44.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU R Cruickshank DPI: 0.385 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.416 / SU Rfree Blow DPI: 0.232 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.231
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2247 1833 4.87 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.1927 37624 88.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4771 Å20 Å20 Å2
2--1.7597 Å20 Å2
3---0.7174 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.298→44.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6364 0 258 341 6963
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0086769HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.219235HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2422SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1162HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6769HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.63
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion899SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5609SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.33 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 -4.91 %
Rwork0.2956 716 -
all0.2942 753 -
obs--42.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.806-0.37830.09681.0171-0.44920.7474-0.0475-0.22330.02580.01510.10250.0456-0.033-0.0835-0.055-0.11120.04830.0198-0.04450.0116-0.078-3.707916.721725.0253
21.2558-0.17-0.1561.4338-0.06071.02570.0788-0.06130.0026-0.2876-0.0483-0.0602-0.01340.1508-0.03050.00130.06330.023-0.0443-0.0052-0.061818.63936.707714.6049
31.14570.2811-0.22661.0709-0.39061.10780.14850.14520.12590.0797-0.2172-0.1431-0.05550.12110.0687-0.1259-0.05790.003-0.05320.0259-0.079740.597117.558652.3302
41.512-0.308-0.2591.4203-0.49851.37460.0986-0.00120.03170.04570.08020.0786-0.1019-0.197-0.1788-0.0901-0.04420.00510.01780.0196-0.056916.36310.6459.7638
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|257 A|502 - A|503 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|258 - A|501 A|504 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|1 - B|257 B|502 - B|503 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|258 - B|501 B|504 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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