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- PDB-7q9u: Crystal structure of the high affinity KRas mutant PDE6D complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q9u
タイトルCrystal structure of the high affinity KRas mutant PDE6D complex
要素
  • GTPase KRas
  • Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cancer / Drug Discovery / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ARL13B-mediated ciliary trafficking of INPP5E / GTPase inhibitor activity / response to stimulus / forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation ...ARL13B-mediated ciliary trafficking of INPP5E / GTPase inhibitor activity / response to stimulus / forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / SHC-related events triggered by IGF1R / glial cell proliferation / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Erythropoietin activates RAS / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / positive regulation of glial cell proliferation / homeostasis of number of cells within a tissue / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR2 in disease / striated muscle cell differentiation / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / visual perception / FLT3 Signaling / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / Signaling by FGFR1 in disease / GRB2 events in ERBB2 signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / small monomeric GTPase / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / G protein activity / VEGFR2 mediated cell proliferation / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / RAF activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Constitutive Signaling by EGFRvIII / visual learning / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / cytoplasmic vesicle membrane / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Signaling by SCF-KIT / cytoplasmic side of plasma membrane / small GTPase binding / cilium / Regulation of RAS by GAPs / RAS processing / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / GDP binding / MAPK cascade / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / DAP12 signaling / Ca2+ pathway / gene expression / cytoplasmic vesicle / actin cytoskeleton organization
類似検索 - 分子機能
Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3', 5'-cyclic phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit superfamily / GMP-PDE, delta subunit / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase ...Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3', 5'-cyclic phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit superfamily / GMP-PDE, delta subunit / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / Immunoglobulin E-set / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
FARNESYL / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta / GTPase KRas
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.238 Å
データ登録者Yelland, T. / Ismail, I.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Stabilization of the RAS:PDE6D Complex Is a Novel Strategy to Inhibit RAS Signaling.
著者: Yelland, T. / Garcia, E. / Parry, C. / Kowalczyk, D. / Wojnowska, M. / Gohlke, A. / Zalar, M. / Cameron, K. / Goodwin, G. / Yu, Q. / Zhu, P.C. / ElMaghloob, Y. / Pugliese, A. / Archibald, L. ...著者: Yelland, T. / Garcia, E. / Parry, C. / Kowalczyk, D. / Wojnowska, M. / Gohlke, A. / Zalar, M. / Cameron, K. / Goodwin, G. / Yu, Q. / Zhu, P.C. / ElMaghloob, Y. / Pugliese, A. / Archibald, L. / Jamieson, A. / Chen, Y.X. / McArthur, D. / Bower, J. / Ismail, S.
履歴
登録2021年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02022年12月7日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_type ...atom_site / atom_type / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_db_isoform / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: GTPase KRas
BBB: GTPase KRas
DDD: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta
CCC: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,92416
ポリマ－77,0264
非ポリマー1,89812
水2,738152
1
AAA: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7223
ポリマ－21,0721
非ポリマー6502
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8184
ポリマ－21,0721
非ポリマー7463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
DDD: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6614
ポリマ－17,4411
非ポリマー2203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
CCC: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7235
ポリマ－17,4411
非ポリマー2824
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.086, 57.925, 78.913
Angle α, β, γ (deg.)82.771, 81.709, 68.447
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11Chains AAA BBB
21Chains DDD CCC

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AAABBBDDDCCC

#1: タンパク質 GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 21072.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01116, small monomeric GTPase
#2: タンパク質 Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta / GMP-PDE delta / Protein p17


分子量: 17440.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE6D, PDED / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43924

-
非ポリマー , 5種, 164分子

#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-FAR / FARNESYL / (6E)-3,7,11-トリメチル-2,6,10-ドデカトリエン


分子量: 206.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H26
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium sulphate, 0.1 M tri sodium citrate pH 5.6, 15 % w/v PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97628 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.238→53.706 Å / Num. obs: 37781 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 1.7 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.24→2.3 Å / Num. unique obs: 2327 / CC1/2: 0.742

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TB5

5tb5


解像度: 2.238→53.706 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.276 / WRfactor Rwork: 0.214 / SU B: 8.297 / SU ML: 0.195 / Average fsc free: 0.849 / Average fsc work: 0.8755 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.232 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2545 1774 4.739 %
Rwork0.1994 35661 -
all0.202 --
obs-37435 93.496 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 46.809 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.621 Å2-0.994 Å2-0.933 Å2
2--0.469 Å20.805 Å2
3----0.876 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.238→53.706 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5140 0 137 152 5429
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0010.0135420
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0175076
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6091.6697287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3411.59411770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9815643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.16822.007304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.17915996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9341540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2695
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025955
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021161
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2872
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1980.24402
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1590.22425
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0830.22393
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2171
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0330.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.250.233
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2480.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2510.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6764.6812586
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6764.6812585
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4027.013223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.4017.013224
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5665.2692834
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.5665.2692835
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.0437.6654064
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.0427.6654065
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.08753.1765665
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.08653.1685660
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0970.055304
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0760.054465
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.238-2.2960.3661000.36320550.36329630.6470.65872.73030.363
2.296-2.3590.381380.33624250.33928680.6930.74489.36540.336
2.359-2.4270.361200.3124730.31228210.770.78491.91780.302
2.427-2.5010.3671230.29724320.327140.7640.80894.14150.289
2.501-2.5830.3421240.28223770.28526230.830.83295.34880.274
2.583-2.6740.3571370.26823010.27225610.7880.85595.19720.258
2.674-2.7740.3151010.23722550.2424740.8590.89195.23040.229
2.774-2.8870.236990.20621420.20823590.9210.93194.99790.201
2.887-3.0150.2561070.20320880.20522910.9140.92595.80970.2
3.015-3.1620.294860.20319970.20621700.8790.91695.99080.207
3.162-3.3320.272860.19619020.220610.8960.92496.4580.203
3.332-3.5340.248840.18818030.1919600.9220.9496.27550.197
3.534-3.7760.257730.18116810.18418280.920.94695.95190.198
3.776-4.0770.213740.16315820.16617130.9390.95296.67250.182
4.077-4.4640.202750.14814820.15115930.9540.96297.74010.171
4.464-4.9870.234550.14113320.14514200.9460.96897.67610.167
4.987-5.750.206560.16211760.16412710.9580.96496.93150.184
5.75-7.0220.257620.1939720.19710500.9310.94798.47620.227
7.022-9.8470.149440.1527590.1528330.9670.96296.39860.191
9.847-53.7060.187300.1994270.1984650.9560.94898.27960.244

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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