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- PDB-7q6n: Structure of WrbA from Salmonella Typhimurium bound to ME0052 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q6n
タイトルStructure of WrbA from Salmonella Typhimurium bound to ME0052
要素NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
キーワードFLAVOPROTEIN / NADH dehydrogenase / oxidoreductase / anti-virulence compound
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH dehydrogenase (quinone) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / NAD binding / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
NAD(P)H dehydrogenase (quinone), prokaryotic / Flavoprotein WrbA-like / NADPH-dependent FMN reductase-like / NADPH-dependent FMN reductase / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-azanyl-4,6-bis(bromanyl)phenol / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Gabrielsen, M. / Beckham, K.S.H. / Roe, A.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Microbiology (Reading, Engl.) / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of WrbA, a spurious target of the salicylidene acylhydrazide inhibitors of type III secretion in Gram-negative pathogens, and verification of improved specificity of ...タイトル: Crystal structures of WrbA, a spurious target of the salicylidene acylhydrazide inhibitors of type III secretion in Gram-negative pathogens, and verification of improved specificity of next-generation compounds.
著者: Zambelloni, R. / Beckham, K.S.H. / Wu, H.J. / Elofsson, M. / Marquez, R. / Gabrielsen, M. / Roe, A.J.
履歴
登録2021年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
B: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
C: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
D: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,79013
ポリマ－98,7034
非ポリマー3,0879
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: Established in literature
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.160, 92.810, 93.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 23 or (resid 24...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 23 or (resid 24...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 1 through 23 or (resid 24...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 1 through 63 or resid 65...
d_1ens_2chain "E"
d_2ens_2chain "F"
d_3ens_2chain "G"
d_4ens_2chain "H"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1METPROA1 - 63
d_12ens_1GLUGLUA66
d_13ens_1LEUPHEA69 - 114
d_14ens_1SERASNA116 - 200
d_21ens_1METPROB2 - 64
d_22ens_1GLUPHEB66 - 112
d_23ens_1SERASNB114 - 198
d_31ens_1METPROD2 - 64
d_32ens_1GLUPHED66 - 112
d_33ens_1SERASND114 - 198
d_41ens_1METPROE8 - 70
d_42ens_1GLUPHEE72 - 118
d_43ens_1SERSERE121
d_44ens_1THRASNE124 - 207
d_11ens_2FMNFMNF
d_12ens_2ME0ME0F2
d_21ens_2FMNFMNG
d_22ens_2ME0ME0G2
d_31ens_2FMNFMNH
d_32ens_2ME0ME0H2
d_41ens_2FMNFMNI
d_42ens_2ME0ME0I2

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.994008209446, 0.108857905838, -0.00988108753035), (0.109297272015, 0.988759176743, -0.102026451163), (-0.0013363698419, -0.102495105948, -0.994732610993)-47.7947857457, 0.806816612356, -35.4325964543
2given(-0.907923194638, -0.0258071319598, -0.418341325448), (-0.0267339851093, -0.992504589017, 0.119247368191), (-0.418283117849, 0.119451382246, 0.900428009672)-49.8387159835, 57.8286117434, -14.6323630965
3given(0.902687347172, -0.0816155858099, 0.422486034573), (-0.0843837616702, -0.996358874349, -0.0121808978743), (0.421941860951, -0.0246554184621, -0.906287579258)8.32756880337, 54.054706105, -26.4951918408
4given(-0.848047627081, -0.00303303623462, -0.529911334935), (-0.065684838802, -0.991670268247, 0.110795221138), (-0.525833361582, 0.128766764993, 0.840784393338)-52.4298667375, 56.2214037368, -20.6995330531
5given(-0.992750733951, 0.118634511703, -0.019282968447), (0.120044182078, 0.986629604828, -0.110233466904), (0.00594765401927, -0.11174916335, -0.993718647255)-48.4338442598, 0.922178129875, -34.8041374969
6given(0.887919582189, -0.108912854338, 0.446919238482), (-0.112637913689, -0.993467184705, -0.0183208437039), (0.445994973027, -0.034072614723, -0.894386684248)9.52696458468, 52.9588050554, -24.8303645772

-
要素

#1: タンパク質
NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / Flavoprotein WrbA / NAD(P)H:quinone oxidoreductase / NQO


分子量: 24675.785 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: STM1119 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZQ40, NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物
ChemComp-8YX / 2-azanyl-4,6-bis(bromanyl)phenol / 2-アミノ-4,6-ジブロモフェノ-ル


分子量: 266.918 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5Br2NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 8 % (v/v) Tacsimate pH 8, 20 % (w/v) polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→46.98 Å / Num. obs: 66323 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1.35 / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 28.71 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.34→2.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 2525 / CC1/2: 0.897 / Rpim(I) all: 0.208 / Rrim(I) all: 0.779 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2R96

2r96


解像度: 2.33→46.98 Å / SU ML: 0.2538 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.703
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1963 3323 5.01 %RANDOM
Rwork0.1651 62997 --
obs0.1667 66320 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→46.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5853 0 177 198 6228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01426180
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.50438415
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07926
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00891066
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.41372140
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.50686587394
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.456890190691
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.528807519842
ens_2d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.673560542271
ens_2d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.116626595242
ens_2d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.310198196187
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.33-2.370.35271230.24112609X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.40.32241020.2322665X-RAY DIFFRACTION99.96
2.4-2.440.24041520.20982665X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.480.23381120.19562606X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.520.2131680.19722600X-RAY DIFFRACTION99.86
2.52-2.570.29411280.19532638X-RAY DIFFRACTION99.82
2.57-2.620.24491250.19282655X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.670.22851540.20252587X-RAY DIFFRACTION99.96
2.67-2.730.25531490.18762642X-RAY DIFFRACTION99.96
2.73-2.790.22491680.19632594X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.860.22281460.19272610X-RAY DIFFRACTION99.96
2.86-2.940.27051280.19022654X-RAY DIFFRACTION99.93
2.94-3.020.22591150.17852610X-RAY DIFFRACTION99.96
3.02-3.120.19161340.19172640X-RAY DIFFRACTION99.93
3.12-3.230.20521630.17192614X-RAY DIFFRACTION99.89
3.23-3.360.2191220.17692645X-RAY DIFFRACTION99.78
3.36-3.520.22171450.15182594X-RAY DIFFRACTION100
3.52-3.70.1831300.15042640X-RAY DIFFRACTION100
3.7-3.930.18631500.13552627X-RAY DIFFRACTION100
3.93-4.240.12251460.12542645X-RAY DIFFRACTION100
4.24-4.660.13131340.11552605X-RAY DIFFRACTION99.89
4.66-5.340.13461310.12452617X-RAY DIFFRACTION99.96
5.34-6.720.19031610.16032626X-RAY DIFFRACTION100
6.72-46.980.1861370.16962609X-RAY DIFFRACTION99.42
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.966207305920.3884279988760.1370154198623.773959639291.456344028822.919564310150.121884796872-0.0168478411144-0.3449558912620.1616232552650.107518584178-0.4574470972820.217638184794-0.0285454498463-0.06226664012390.2017013312670.020320123654-0.03255661013760.2420369120070.004792778018130.314686703122-8.7542327981414.0026304548-5.72427946859
21.755022864180.4217976296240.1579365853392.600221196280.4311757589561.80415534802-0.0915998529147-0.297315107354-0.4773311175540.3836765030650.176810300736-0.288493089210.4704928531070.202378739079-0.01915709667880.269642475480.0666525846112-0.04906192882020.2117452608150.03073807616380.297565818991-12.36935964439.36824229951-1.729926602
32.64515789164-0.170253000575-0.1228119170471.20712701582-0.3766284114812.793206848930.1510174526850.0691722160584-0.1070017612380.1348494098310.195895111665-0.178003122362-0.240476199140.311019808381-0.04561633315420.175604389159-0.00802582273369-0.03657958102960.3167622465850.040746899480.3145167292313.2466237573627.2003878011-3.95486485184
41.148646927150.2706120674010.1513575353711.16886139014-0.09813813126781.44983060427-0.02324266719970.031566448344-0.177369984997-0.04869753480780.0754260508764-0.2522602947630.1944050820940.268353775763-0.03937423509710.1342698454270.0188438097488-0.003818830018150.159601875432-0.01369250022220.226773133338-10.165758620918.3080790953-13.1341045117
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281.60107273772-0.108718428911-0.2028319449511.804726634680.04762850352871.5940570026-0.03202972109330.228512443510.112946151889-0.5783368756540.182906740352-0.175412018768-0.3495153338490.258920832754-0.07460061313930.403968895099-0.07811695146180.06154984508180.3182940127160.05439384035940.233279485661-11.479059636340.7898967585-33.8586704377
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 13 )AA1 - 131 - 13
22chain 'A' and (resid 14 through 38 )AA14 - 3814 - 38
33chain 'A' and (resid 39 through 50 )AA39 - 5039 - 50
44chain 'A' and (resid 51 through 133 )AA51 - 13351 - 136
55chain 'A' and (resid 134 through 149 )AA134 - 149137 - 152
66chain 'A' and (resid 150 through 162 )AA150 - 162153 - 165
77chain 'A' and (resid 163 through 175 )AA163 - 175166 - 178
88chain 'A' and (resid 176 through 197 )AA176 - 197179 - 200
99chain 'B' and (resid 0 through 13 )BB0 - 131 - 14
1010chain 'B' and (resid 14 through 28 )BB14 - 2815 - 29
1111chain 'B' and (resid 29 through 38 )BB29 - 3830 - 39
1212chain 'B' and (resid 39 through 70 )BB39 - 7040 - 71
1313chain 'B' and (resid 71 through 133 )BB71 - 13372 - 134
1414chain 'B' and (resid 134 through 149 )BB134 - 149135 - 150
1515chain 'B' and (resid 150 through 162 )BB150 - 162151 - 163
1616chain 'B' and (resid 163 through 175 )BB163 - 175164 - 176
1717chain 'B' and (resid 176 through 197 )BB176 - 197177 - 198
1818chain 'C' and (resid 0 through 13 )CD0 - 131 - 14
1919chain 'C' and (resid 14 through 28 )CD14 - 2815 - 29
2020chain 'C' and (resid 29 through 38 )CD29 - 3830 - 39
2121chain 'C' and (resid 39 through 50 )CD39 - 5040 - 51
2222chain 'C' and (resid 51 through 70 )CD51 - 7052 - 71
2323chain 'C' and (resid 71 through 133 )CD71 - 13372 - 134
2424chain 'C' and (resid 134 through 197 )CD134 - 197135 - 198
2525chain 'D' and (resid -6 through 28 )DE-6 - 281 - 35
2626chain 'D' and (resid 29 through 50 )DE29 - 5036 - 57
2727chain 'D' and (resid 51 through 162 )DE51 - 16258 - 172
2828chain 'D' and (resid 163 through 197 )DE163 - 197173 - 207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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