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- PDB-7q6o: Structure of WrbA from Yersinia pseudotuberculosis in C2221 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q6o
タイトルStructure of WrbA from Yersinia pseudotuberculosis in C2221
要素NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
キーワードFLAVOPROTEIN / NADH dehydrogenase / oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / NAD binding / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
NAD(P)H dehydrogenase (quinone), prokaryotic / Flavoprotein WrbA-like / NADPH-dependent FMN reductase-like / NADPH-dependent FMN reductase / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Gabrielsen, M. / Beckham, K.S.H. / Roe, A.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Microbiology (Reading, Engl.) / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of WrbA, a spurious target of the salicylidene acylhydrazide inhibitors of type III secretion in Gram-negative pathogens, and verification of improved specificity of ...タイトル: Crystal structures of WrbA, a spurious target of the salicylidene acylhydrazide inhibitors of type III secretion in Gram-negative pathogens, and verification of improved specificity of next-generation compounds.
著者: Zambelloni, R. / Beckham, K.S.H. / Wu, H.J. / Elofsson, M. / Marquez, R. / Gabrielsen, M. / Roe, A.J.
履歴
登録2021年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
B: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3124
ポリマ－49,2422
非ポリマー712
水2,414134
1
A: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
B: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
ヘテロ分子

A: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
B: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6258
ポリマ－98,4834
非ポリマー1424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area9330 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area27710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.170, 109.860, 87.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 55 or (resid 56...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 197 or (resid 198...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1METGLYA10 - 125
d_12ens_1GLYPHEA128 - 159
d_13ens_1GLYALAA167 - 176
d_14ens_1ARGLYSA182 - 207
d_21ens_1METLYSB1 - 184

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.853577901094, 0.0395104713873, 0.519464810564), (0.010382085288, -0.995631812741, 0.0927874224365), (0.520861765796, 0.0845944212587, 0.849439111899)ベクター: 11. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.853577901094, 0.0395104713873, 0.519464810564), (0.010382085288, -0.995631812741, 0.0927874224365), (0.520861765796, 0.0845944212587, 0.849439111899)
ベクター: 11.4099668331, 47.6179115384, -5.45041344194)

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要素

#1: タンパク質 NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / Flavoprotein WrbA / NAD(P)H:quinone oxidoreductase / NQO


分子量: 24620.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
遺伝子: YPTB1728 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q66BP3, NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 mM sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 30% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→55.01 Å / Num. obs: 58533 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1.33 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 27.05 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2157 / CC1/2: 0.919 / Rpim(I) all: 0.445 / Rrim(I) all: 0.763

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2R96

2r96


解像度: 1.99→55.01 Å / SU ML: 0.1772 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.684
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2052 2985 5.1 %
Rwork0.1771 55548 -
obs0.1786 58533 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→55.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2864 0 2 136 3002
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01222929
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.32673976
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0664450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083509
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5826415
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.886417238302 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.020.32181430.30382643X-RAY DIFFRACTION99.25
2.02-2.060.28041330.27212669X-RAY DIFFRACTION99.54
2.06-2.090.26891460.25432657X-RAY DIFFRACTION99.54
2.09-2.140.24821380.22912654X-RAY DIFFRACTION99.71
2.14-2.180.29331450.22272676X-RAY DIFFRACTION99.33
2.18-2.230.211210.21312631X-RAY DIFFRACTION99.46
2.23-2.280.22071500.2022625X-RAY DIFFRACTION99.25
2.28-2.330.19671530.18742658X-RAY DIFFRACTION99.26
2.33-2.40.23641650.18292654X-RAY DIFFRACTION99.4
2.4-2.470.23551400.17082634X-RAY DIFFRACTION98.97
2.47-2.550.17321650.16712616X-RAY DIFFRACTION99.29
2.55-2.640.20511050.17332676X-RAY DIFFRACTION99.22
2.64-2.750.21981440.1812659X-RAY DIFFRACTION98.98
2.75-2.870.21411580.16632619X-RAY DIFFRACTION99.14
2.87-3.020.21931250.16252624X-RAY DIFFRACTION98.92
3.02-3.210.21481540.1652622X-RAY DIFFRACTION99.04
3.21-3.460.19031390.14952674X-RAY DIFFRACTION99.19
3.46-3.810.19911240.15442667X-RAY DIFFRACTION99.11
3.81-4.360.17881530.14722634X-RAY DIFFRACTION99.29
4.36-5.490.14471540.15272619X-RAY DIFFRACTION98.16
5.49-55.010.21261300.20292637X-RAY DIFFRACTION98.4
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.65919678538 Å / Origin y: 24.3660928108 Å / Origin z: -9.60311544942 Å
111213212223313233
T0.16250374523 Å20.00312523391598 Å2-0.0168171895359 Å2-0.196992674241 Å2-0.0189794583755 Å2--0.156139321563 Å2
L2.15474127109 °20.238506445635 °2-0.747704342407 °2-1.16772412694 °2-0.344629252386 °2--3.23024972256 °2
S0.008675238638 Å °-0.277358142966 Å °-0.042067237061 Å °0.0396372054151 Å °0.0319764384371 Å °-0.0558870279356 Å °-0.0443961941898 Å °0.291669460633 Å °-0.0308038521367 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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