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- PDB-7q5i: A glucose-based molecular rotor probes the catalytic site of glyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q5i
タイトルA glucose-based molecular rotor probes the catalytic site of glycogen phosphorylase.
要素Glycogen phosphorylase, muscle form
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Glycogen phosphorylase / inhibitor / type 2 diabetes / molecular rotors
機能・相同性
機能・相同性情報


maltodextrin phosphorylase activity / glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 35 / Glycogen/starch/alpha-glucan phosphorylase / Phosphorylase pyridoxal-phosphate attachment site / Carbohydrate phosphorylase / Phosphorylase pyridoxal-phosphate attachment site.
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / CARBONATE ION / Chem-I0F / Glycogen phosphorylase, muscle form
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Neofytos, D.D. / Chrysina, E.D.
資金援助 ギリシャ, European Union, 3件
組織認可番号国
Other governmentMIS 5002550 ギリシャ
European CommissionProject ID: 653706European Union
Other governmentMIS 5048135 ギリシャ
引用
ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2022
タイトル: A glucose-based molecular rotor inhibitor of glycogen phosphorylase as a probe of cellular enzymatic function.
著者: Minadakis, M.P. / Mavreas, K.F. / Neofytos, D.D. / Paschou, M. / Kogkaki, A. / Athanasiou, V. / Mamais, M. / Veclani, D. / Iatrou, H. / Venturini, A. / Chrysina, E.D. / Papazafiri, P. / Gimisis, T.
#1: ジャーナル: Chemistry / 年: 2017
タイトル: A New Potent Inhibitor of Glycogen Phosphorylase Reveals the Basicity of the Catalytic Site.
著者: Mamais, M. / Degli Esposti, A. / Kouloumoundra, V. / Gustavsson, T. / Monti, F. / Venturini, A. / Chrysina, E.D. / Markovitsi, D. / Gimisis, T.
履歴
登録2021年11月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年3月9日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_validate_chiral
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight
改定 2.12022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Glycogen phosphorylase, muscle form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2866
ポリマ－97,6511
非ポリマー6365
水4,522251
1
AAA: Glycogen phosphorylase, muscle form
ヘテロ分子

AAA: Glycogen phosphorylase, muscle form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,57212
ポリマ－195,3012
非ポリマー1,27110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area6850 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area56560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.602, 128.602, 116.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-1240-

HOH

21AAA-1250-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glycogen phosphorylase, muscle form / Myophosphorylase


分子量: 97650.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: skeletal muscle / 参照: UniProt: P00489, glycogen phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-I0F / 2-cyano-3-[4-(dimethylamino)phenyl]-~{N}-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]propanamide


分子量: 377.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H23N3O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.15 %
結晶化温度: 289 K / 手法: batch mode / pH: 6.8
詳細: N,N-bis(2-hydroxyethyl)-2-aminoethanesulfonic acid, EDTA, DTT, IMP

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→128.6 Å / Num. obs: 90796 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.4 % / Biso Wilson estimate: 31.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Num. unique obs: 4430 / CC1/2: 0.769

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MEM

5mem


解像度: 1.8→30.002 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 2.562 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.094 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1805 4661 5.14 %
Rwork0.1583 86023 -
all0.159 --
obs-90684 99.961 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 38.558 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.103 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.103 Å20 Å2
3----2.205 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30.002 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6587 0 43 251 6881
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0136825
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3131.6499247
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2781.58514818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.345819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.65721.614409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.277151177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9991559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2853
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021676
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.21214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1730.25672
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1620.23262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0750.23046
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1580.26
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.170.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.220.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2073.7653252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2073.7633251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2085.6354067
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2075.6374068
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1434.2743573
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1424.2743574
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0296.2345176
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0296.2345177
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.46543.3127490
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.45543.2167459
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.8-1.8470.2943460.28262630.28266100.7860.7999.98490.251
1.847-1.8970.2723390.24660900.24764290.8360.851000.21
1.897-1.9520.2463300.22359430.22462740.8840.89199.98410.185
1.952-2.0120.243230.20357460.20560690.9110.9221000.165
2.012-2.0770.2252990.18555980.18758970.9270.9391000.155
2.077-2.150.2093100.18454080.18557180.9360.9411000.154
2.15-2.230.1952910.1752490.17155400.950.9541000.143
2.23-2.3210.1962560.16450600.16553160.9520.9571000.139
2.321-2.4240.1962820.16648480.16851300.9540.9571000.148
2.424-2.5410.1932550.15946350.16148900.9550.9611000.148
2.541-2.6770.2012300.16644630.16746930.950.9581000.157
2.677-2.8380.1971940.16442290.16644230.9530.9631000.164
2.838-3.0320.2041910.1639900.16241810.9550.9651000.171
3.032-3.2730.1762320.15136730.15239050.9630.9671000.172
3.273-3.5810.1781870.14634260.14836130.9640.9691000.178
3.581-3.9960.1341730.13231240.13232970.9780.9781000.18
3.996-4.6010.1431520.12827830.12929350.9790.9821000.197
4.601-5.6020.1471370.13323750.13425120.980.9831000.226
5.602-7.7880.183810.16919240.1720060.9550.96999.95010.274
7.788-30.0020.167530.16111970.16112510.9760.9899.92010.29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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