PDB-7q2u: The crystal structure of the HINT1 Q62A mutant.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q2u

タイトル

The crystal structure of the HINT1 Q62A mutant.

要素

Histidine triad nucleotide-binding protein 1

キーワード

HYDROLASE / histidine triad nucleotide-binding protein / HINT / HIT family / Q62A mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Dolot, R.M. / Strom, A.M. / Wagner, C.R.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Dynamic Long-Range Interactions Influence Substrate Binding and Catalysis by Human Histidine Triad Nucleotide-Binding Proteins (HINTs), Key Regulators of Multiple Cellular Processes and ...
著者: Strom, A. / Shah, R. / Dolot, R. / Rogers, M.S. / Tong, C.L. / Wang, D. / Xia, Y. / Lipscomb, J.D. / Wagner, C.R.

履歴

登録	2021年10月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / citation ...atom_type / citation / citation_author / refine Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _refine.pdbx_diffrn_id
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q2u.cif.gz	113.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q2u.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q2u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7q2u_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q2u_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7q2u_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	7q2u_validation.cif.gz	30.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/7q2u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/7q2u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tw2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3o1c-1 4eqh-d 4zkl-1 5ipb-d 4rhn-1 7q2u-2 5ed3-d 4eqg-d 4zkv-1 5rhn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (3)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (3)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

BBB: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

CCC: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

DDD: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

ヘテロ分子

55.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

BBB: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

CCC: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

DDD: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.891, 112.891, 43.634
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Histidine triad nucleotide-binding protein 1 / Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting ...Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting protein 1 / PKCI-1 分子量: 13766.879 Da / 分子数: 4 / 変異: Q62A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT1, HINT, PKCI1, PRKCNH1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 pLysS / 参照: UniProt: P49773, 加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.18 % / 解説: elongated colorless prisms
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 16% (w/v) PEG3350, 0.2 M sodium citrate, 0.1 M sodium cacodylate pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.27→43.63 Å / Num. obs: 25856 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 41.5 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.19 / R_pim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 2.27→2.34 Å / 冗長度: 13.7 % / R_merge(I) obs: 1.621 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2340 / CC_1/2: 0.748 / R_pim(I) all: 0.66 / Χ²: 0.99 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS	20190315	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
MOLREP	11.7.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TW2

3tw2

解像度: 2.27→40.733 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / WR_factor R_free: 0.21 / WR_factor R_work: 0.154 / SU B: 7.501 / SU ML: 0.175 / Average fsc free: 0.8945 / Average fsc work: 0.9155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.203 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2202	1305	5.05 %
R_work	0.1636	24537	-
all	0.167	-	-
obs	-	25842	99.95 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.865 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.047 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.047 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.094 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.27→40.733 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3572	0	42	256	3870

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	3751
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3588
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.698	1.633	5065
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.237	1.591	8312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.309	5	472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.952	22	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.567	15	634
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.85	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	470
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4230
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	788
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	650
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	3126
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.152	0.2	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1732
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.114	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.132	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.978	4.397	1882
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.977	4.398	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.609	6.572	2356
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.609	6.572	2356
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.564	4.828	1869
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.563	4.829	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.915	7.06	2709
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.913	7.061	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.773	50.676	3835
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.762	50.578	3813

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.27-2.329	0.284	78	0.253	1808	X-RAY DIFFRACTION	99.947
2.329-2.393	0.283	81	0.238	1751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.393-2.462	0.296	97	0.225	1707	X-RAY DIFFRACTION	99.9446
2.462-2.537	0.288	82	0.217	1646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.537-2.62	0.268	89	0.208	1595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.712	0.3	87	0.193	1546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.712-2.814	0.262	80	0.169	1517	X-RAY DIFFRACTION	100
2.814-2.928	0.272	82	0.161	1434	X-RAY DIFFRACTION	100
2.928-3.058	0.278	91	0.174	1359	X-RAY DIFFRACTION	100
3.058-3.206	0.227	57	0.176	1333	X-RAY DIFFRACTION	100
3.206-3.378	0.244	85	0.155	1270	X-RAY DIFFRACTION	100
3.378-3.582	0.208	58	0.148	1189	X-RAY DIFFRACTION	100
3.582-3.828	0.18	70	0.138	1126	X-RAY DIFFRACTION	100
3.828-4.132	0.21	49	0.132	1063	X-RAY DIFFRACTION	100
4.132-4.522	0.153	62	0.125	968	X-RAY DIFFRACTION	99.903
4.522-5.049	0.147	48	0.121	889	X-RAY DIFFRACTION	100
5.049-5.817	0.147	28	0.152	795	X-RAY DIFFRACTION	99.6368
5.817-7.093	0.231	35	0.168	677	X-RAY DIFFRACTION	99.8597
7.093-9.901	0.255	25	0.153	536	X-RAY DIFFRACTION	100
9.901-40.733	0.202	21	0.205	328	X-RAY DIFFRACTION	99.7143

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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