[日本語] English
万見
- PDB-7q2j: Quaternary Complex of human WDR5 and pVHL:ElonginC:ElonginB bound... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q2j
タイトルQuaternary Complex of human WDR5 and pVHL:ElonginC:ElonginB bound to PROTAC Homer
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • WD repeat-containing protein 5
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / PROTAC / WDR5 / VHL / Quaternary Complex / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / MLL3/4 complex / transcription elongation factor activity / elongin complex / Set1C/COMPASS complex / VCB complex / MLL1/2 complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / MLL3/4 complex / transcription elongation factor activity / elongin complex / Set1C/COMPASS complex / VCB complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cardiogenesis / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / histone methyltransferase complex / intracellular membraneless organelle / regulation of tubulin deacetylation / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of cell division / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / regulation of embryonic development / MLL1 complex / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / histone acetyltransferase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / negative regulation of signal transduction / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / methylated histone binding / negative regulation of autophagy / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / transcription corepressor binding / skeletal system development / gluconeogenesis / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of cell differentiation / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / cell morphogenesis / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / mitotic spindle / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / Replication of the SARS-CoV-2 genome / HATs acetylate histones / protein-macromolecule adaptor activity / histone binding / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / regulation of cell cycle / protein stabilization / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin B / Elongin-C ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin B / Elongin-C / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / G-protein beta WD-40 repeat / Ubiquitin-like domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8KH / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / WD repeat-containing protein 5 / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kraemer, A. / Doelle, A. / Schwalm, M.P. / Adhikari, B. / Wolf, E. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Tracking the PROTAC degradation pathway in living cells highlights the importance of ternary complex measurement for PROTAC optimization.
著者: Schwalm, M.P. / Kramer, A. / Dolle, A. / Weckesser, J. / Yu, X. / Jin, J. / Saxena, K. / Knapp, S.
履歴
登録2021年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / refine
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _refine.pdbx_diffrn_id
改定 1.22024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
D: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5295
ポリマ－79,5164
非ポリマー1,0121
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area27190 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)47.702, 190.809, 48.698
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.250, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11748.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 22503.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#4: タンパク質 WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein


分子量: 34289.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ...詳細: GTQSKPTPVKPNYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEWLASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTISGHKLGISDVAWSSDSNLLVSASDDKTLKIWDVSSGKCLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVSAVHFNRDGSLIVSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTLIDDDNPPVSFVKFSPNGKYILAATLDNTLKLWDYSKGKCLKTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVVISTACHPTENIIASAALENDKTIKLWKSDC
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964

-
非ポリマー , 2種, 25分子

#5: 化合物 ChemComp-8KH / N-[5-[4-[[5-[[(2S)-3,3-dimethyl-1-[(2S,4R)-2-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methylcarbamoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidin-1-yl]-1-oxidanylidene-butan-2-yl]amino]-5-oxidanylidene-pentyl]carbamoyl]phenyl]-2-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]-6-oxidanylidene-4-(trifluoromethyl)-1H-pyridine-3-carboxamide / Homer (chemical degrader probe)


分子量: 1012.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C52H60F3N9O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 21% PEG 3350 0.4 M KSCN 0.1 M HEPES 6.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999998 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.75 Å / Num. obs: 26976 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Num. unique obs: 3045 / CC1/2: 0.786

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2H9M

2h9m


解像度: 2.5→47.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 28.091 / SU ML: 0.481 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.596 / ESU R Free: 0.332 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2932 1368 5.1 %RANDOM
Rwork0.2434 ---
obs0.2459 25571 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 134.86 Å2 / Biso mean: 67.574 Å2 / Biso min: 28.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.83 Å20 Å20.99 Å2
2---9.07 Å20 Å2
3---10.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→47.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4932 0 72 24 5028
Biso mean--65.98 47.23 -
残基数----642
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0135129
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0154699
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4291.6376999
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1831.59410822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5225637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.54322.692234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.62915791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.4421524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2688
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025959
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021145
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.474 104 -
Rwork0.467 1896 -
all-2000 -
obs--99.6 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る