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- PDB-8c13: Crystal structure of pVHL:ElonginC:ElonginB complex bound to PROT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c13
タイトルCrystal structure of pVHL:ElonginC:ElonginB complex bound to PROTAC JW48
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードLIGASE / E3 Ligase / PROTAC / VHL / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / VCB complex / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / VCB complex / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / protein serine/threonine kinase binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / transcription corepressor binding / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cell morphogenesis / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / microtubule cytoskeleton / regulation of gene expression / Replication of the SARS-CoV-2 genome / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / molecular adaptor activity / cellular response to hypoxia / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein stabilization / protein ubiquitination / cilium / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SYF / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kraemer, A. / Weckesser, J. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
The Structural Genomics Consortium (SGC) カナダ
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Tracking the PROTAC degradation pathway in living cells highlights the importance of ternary complex measurement for PROTAC optimization.
著者: Schwalm, M.P. / Kramer, A. / Dolle, A. / Weckesser, J. / Yu, X. / Jin, J. / Saxena, K. / Knapp, S.
履歴
登録2022年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
J: Elongin-B
K: Elongin-C
L: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0354
ポリマ－44,1913
非ポリマー8441
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area17290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.797, 60.787, 97.228
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.580, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 13147.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 12485.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18558.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#4: 化合物 ChemComp-SYF / (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[3-[2-[2-[2-(acetamidomethyl)-4-(6,7-dihydro-5~{H}-pyrrolo[1,2-a]imidazol-2-yl)phenoxy]ethoxy]ethoxy]propanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 844.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H57N7O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 18% PEG 3350, HEPES pH7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.833 Å / Num. obs: 18781 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.207 / Num. measured all: 13682 / Num. unique obs: 1874 / CC1/2: 0.752 / Rpim(I) all: 0.477 / Rrim(I) all: 1.299 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I) obs: 1.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→47.833 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 19.417 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.336 / ESU R Free: 0.242 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2612 921 4.905 %
Rwork0.2226 17854 -
all0.225 --
obs-18775 98.909 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 57.148 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.992 Å2-0 Å2-0.233 Å2
2---0.663 Å2-0 Å2
3---3.498 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.833 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2704 0 60 20 2784
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0122831
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162576
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7561.6523854
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.2771.5846001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1365340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg2.95522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.51110446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.610123
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0370.2435
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.0190.21
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02544
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1810.2488
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1720.22325
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.21378
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0750.21482
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0690.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.0990.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2040.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0824.1381372
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0814.1381372
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8676.1981709
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8676.21709
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0794.3091459
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0794.3091459
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8616.4122145
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.866.4132146
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.2151.0392933
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.20951.0432933
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.3-2.360.295660.33213170.3313850.920.91699.85560.319
2.36-2.4240.276490.31413110.31213680.9450.92799.41520.303
2.424-2.4940.311630.28812660.28913320.9350.93999.77480.269
2.494-2.5710.366680.28211770.28612510.9430.94899.52040.266
2.571-2.6550.298610.27412070.27512730.940.95799.60720.254
2.655-2.7480.376610.24910980.25511680.9390.96399.22950.23
2.748-2.8510.317530.25711180.2611760.9520.96299.57480.237
2.851-2.9670.282540.2610640.26111220.9550.9699.64350.243
2.967-3.0990.364470.24910180.25410730.9220.96399.25440.237
3.099-3.2490.345480.2469270.25110190.9240.96395.6820.232
3.249-3.4240.283430.2339320.2359900.9430.9798.48480.225
3.424-3.630.233410.2248730.2249220.9610.97299.13230.22
3.63-3.880.219400.2018200.2028620.9710.97899.7680.202
3.88-4.1880.241490.197550.1938130.9620.97998.8930.191
4.188-4.5840.21540.1767070.1797680.9730.98399.08850.187
4.584-5.120.225440.186240.1846770.9730.9898.67060.193
5.12-5.90.246260.2165670.2176070.9570.97797.69360.227
5.9-7.1990.354280.2414430.2475180.9540.96790.92660.253
7.199-10.0680.193150.1643960.1654110.9770.9831000.181
10.068-47.8330.214110.2252350.2252470.9840.96299.59510.23
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.80211.51291.09495.15062.20844.0119-0.06310.373-0.2688-0.53060.2064-0.41710.1427-0.0328-0.14330.1419-00.01410.391-0.16080.2772-11.6811-1.98074.0889
24.79410.30250.05413.21270.14673.29170.11040.0564-0.40050.11190.00190.10590.0474-0.2607-0.11230.03140.0098-0.04180.0271-0.01260.0931-11.5524.94520.3211
32.5796-2.47811.41454.1029-2.00611.6959-0.0707-0.2311-0.1160.34820.12540.1668-0.0621-0.0879-0.05460.0656-0.0015-0.01230.0333-0.01880.104310.7877-1.269136.3556
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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