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- PDB-7q2e: mycolic acid methyltransferase Hma (MmaA4) from Mycobac-terium tu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q2e
タイトルmycolic acid methyltransferase Hma (MmaA4) from Mycobac-terium tuberculosis in complex with ZT424
要素Hydroxymycolate synthase MmaA4
キーワードTRANSFERASE / mycolic acid methyltransferase mycobacterium tuberculosis fragment based ligand discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase activity / mycolic acid biosynthetic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / lipid biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Mycolic acid cyclopropane synthase / : / Mycolic acid cyclopropane synthetase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-bromanylpyridin-3-ol / Hydroxymycolate synthase MmaA4
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Maveyraud, L. / Galy, R. / Mourey, L.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
Universite de Toulouse フランス
引用ジャーナル: Pharmaceuticals / 年: 2021
タイトル: Fragment-Based Ligand Discovery Applied to the Mycolic Acid Methyltransferase Hma (MmaA4) from Mycobacterium tuberculosis : A Crystallographic and Molecular Modelling Study.
著者: Galy, R. / Ballereau, S. / Genisson, Y. / Mourey, L. / Plaquevent, J.C. / Maveyraud, L.
履歴
登録2021年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxymycolate synthase MmaA4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9305
ポリマ－36,5211
非ポリマー4084
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.772, 56.772, 207.019
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Hydroxymycolate synthase MmaA4 / Mycolic acid methyltransferase / MA-MT / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase / AdoMet-MT / SAM-MT


分子量: 36521.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: mmaA4, hma, mma4, Rv0642c / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q79FX8, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-8N0 / 2-bromanylpyridin-3-ol / 2-ブロモピリジン-3-オ-ル


分子量: 173.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4BrNO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.36 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: BisTris 50 mM, PEG 3350 4% (w/v), pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976251 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.17 Å / Num. obs: 27163 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.72 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.057 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 17.27
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 6.51 % / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / Num. unique obs: 4292 / CC1/2: 0.842 / Rrim(I) all: 0.77 / Rsym value: 0.708 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2FK7

2fk7


解像度: 1.93→49.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 9.508 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23747 1545 5.1 %RANDOM
Rwork0.18473 ---
obs0.18737 28529 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.979 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å2-0.11 Å2-0 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3---0.74 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.93→49.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2270 0 20 84 2374
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0132355
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0172159
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2961.6563186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2391.584970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1085283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.44921.691136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.14815393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3181518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022671
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02568
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.27622.6321132
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.28222.6131131
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.51332.6081415
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.51332.6251416
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.825.3291223
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.79925.3511224
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.2235.6141772
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.00869.9812582
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.0170.012583
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 104 -
Rwork0.295 2076 -
obs--99.45 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.7465 Å / Origin y: 8.0221 Å / Origin z: 16.6831 Å
111213212223313233
T0.2496 Å2-0.036 Å20.0014 Å2-0.1852 Å2-0.01 Å2--0.0137 Å2
L1.3731 °2-0.2223 °2-0.7273 °2-2.4241 °20.153 °2--2.7088 °2
S-0.11 Å °-0.0277 Å °0.1033 Å °-0.1297 Å °0.2514 Å °-0.0707 Å °-0.3553 Å °-0.1493 Å °-0.1414 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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