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- PDB-7q20: Ruminococcus gnavus ATC29149 endo-beta-1,4-galactosidase (RgGH98)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q20
タイトルRuminococcus gnavus ATC29149 endo-beta-1,4-galactosidase (RgGH98) in complex with blood group A trisaccharide
要素Ruminococcus gnavus endogalactosidase GH98
キーワードHYDROLASE / endogalactosidase / glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chitobiase/beta-hexosaminidase C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 98, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 98, central domain / Glycosyl hydrolase family 98 / Glycosyl hydrolase family 98 C-terminal domain / Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily ...Chitobiase/beta-hexosaminidase C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 98, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 98, central domain / Glycosyl hydrolase family 98 / Glycosyl hydrolase family 98 C-terminal domain / Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Fibronectin type-III domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ruminococcus gnavus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Owen, C.D. / Wu, H. / Crost, E.H. / van Bakel, W. / Gascuena, A.M. / Latousakis, D. / Hicks, T. / Walpole, S. / Urbanowicz, P.A. / Ndeh, D. ...Owen, C.D. / Wu, H. / Crost, E.H. / van Bakel, W. / Gascuena, A.M. / Latousakis, D. / Hicks, T. / Walpole, S. / Urbanowicz, P.A. / Ndeh, D. / Monaco, S. / Salom, L.S. / Griffiths, R. / Colvile, A. / Spencer, D.I.R. / Walsh, M.A. / Angulo, J. / Juge, N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2021
タイトル: The human gut symbiont Ruminococcus gnavus shows specificity to blood group A antigen during mucin glycan foraging: Implication for niche colonisation in the gastrointestinal tract.
著者: Wu, H. / Crost, E.H. / Owen, C.D. / van Bakel, W. / Martinez Gascuena, A. / Latousakis, D. / Hicks, T. / Walpole, S. / Urbanowicz, P.A. / Ndeh, D. / Monaco, S. / Sanchez Salom, L. / ...著者: Wu, H. / Crost, E.H. / Owen, C.D. / van Bakel, W. / Martinez Gascuena, A. / Latousakis, D. / Hicks, T. / Walpole, S. / Urbanowicz, P.A. / Ndeh, D. / Monaco, S. / Sanchez Salom, L. / Griffiths, R. / Reynolds, R.S. / Colvile, A. / Spencer, D.I.R. / Walsh, M. / Angulo, J. / Juge, N.
履歴
登録2021年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ruminococcus gnavus endogalactosidase GH98
G: Ruminococcus gnavus endogalactosidase GH98
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,05313
ポリマ－189,5862
非ポリマー1,46711
水14,826823
1
A: Ruminococcus gnavus endogalactosidase GH98
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,4676
ポリマ－94,7931
非ポリマー6745
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Ruminococcus gnavus endogalactosidase GH98
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5867
ポリマ－94,7931
非ポリマー7936
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.594, 86.950, 110.196
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AG

#1: タンパク質 Ruminococcus gnavus endogalactosidase GH98


分子量: 94793.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminococcus gnavus (strain ATCC 29149 / VPI C7-9) (バクテリア)
株: ATCC 29149 / VPI C7-9 / 遺伝子: RUMGNA_03119 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7B6A6
#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 529.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
LFucpa1-2[DGalpNAca1-3]DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3/a2-b1_a3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-GalpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 832分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 823 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12.5% MPD; 25% PEG 1000; 12.5% PEG 3350, 0.1 M Sodium HEPES/MOPS pH 7.5, 30 mM magnesium chloride hexahydrate and 30 mM calcium chloride dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→108.411 Å / Num. obs: 145680 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 1.748 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 7011 / CC1/2: 0.394 / Rpim(I) all: 0.808 / Rrim(I) all: 1.931 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D6C

4d6c


解像度: 1.95→108.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 10.008 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21883 7379 5.1 %RANDOM
Rwork0.18487 ---
obs0.1866 137854 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.812 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.75 Å20 Å21.25 Å2
2--0.59 Å20 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→108.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13342 0 90 823 14255
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01813760
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01912469
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2891.85918700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0372.72928837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.33151690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.12525.226729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.663152260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3221534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21973
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215951
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023109
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.131.4456763
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.131.4456762
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7772.1638455
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7772.1638453
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7111.6336997
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7111.6346998
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7332.37310249
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.41917.6515430
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.41117.26715297
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 572 -
Rwork0.321 10049 -
obs--99.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8827-0.15260.01750.4770.21411.6720.06190.24590.024-0.0644-0.022-0.0253-0.00990.076-0.03980.28260.0355-0.1230.33290.04270.0703-0.397-42.21834.282
20.68460.174-0.4980.7822-0.36481.71320.04110.07760.0480.00810.05920.008-0.0619-0.0322-0.10040.29760.0293-0.09590.11-0.00150.041444.0740.14832.298
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A49 - 893
2X-RAY DIFFRACTION2G48 - 892

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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