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- PDB-7q1x: Acetyltrasferase(3) type IIIa in complex with neomycin B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q1x
タイトルAcetyltrasferase(3) type IIIa in complex with neomycin B
要素Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III
キーワードANTIBIOTIC / acetyltrasferase / aminoglycosides / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


2-deoxystreptamine metabolic process / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / antibiotic metabolic process / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / acetyl-CoA catabolic process / coenzyme A binding / cellular response to antibiotic / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
NEOMYCIN / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Pontillo, N. / Guskov, A.
資金援助European Union, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)694610European Union
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission713482European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The 3-N-alkylation of the neomycin B outmaneuvers the aminoglycoside resistant enzyme acetyltransferase(3)IIIa via an unexpected mechanism
著者: Pontillo, N. / Warszawik, E.M. / Partipilo, M. / Stetsenko, A. / Loznik, M. / Yang, X. / Slotboom, D.J. / Guskov, A. / Herrmann, A.
履歴
登録2021年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III
B: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,59415
ポリマ－62,9172
非ポリマー1,67713
水9,458525
1
B: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III
ヘテロ分子

A: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,59415
ポリマ－62,9172
非ポリマー1,67713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_456x-1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area5220 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area23300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.279, 103.047, 65.244
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III / ACC(3)-III / Aminocyclitol 3-N-acetyltransferase type III / Gentamicin-(3)-N-acetyl-transferase


分子量: 31458.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: aacC3
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P29808, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 538分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-NMY / NEOMYCIN / MYCIFRADIN / NEOMAS / PIMAVECORT / VONAMYCIN


分子量: 614.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H46N6O13 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.43 % / 解説: orthorombic
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 7-14% PEG 10,000, 0.1 M Na Acetate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→46.9 Å / Num. obs: 102345 / % possible obs: 95.27 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 21.86 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 15.63
反射 シェル解像度: 1.45→1.502 Å / Num. unique obs: 8356 / CC1/2: 0.432

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7q0q

7q0q


解像度: 1.45→46.9 Å / SU ML: 0.183 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.0303
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2064 9030 4.95 %
Rwork0.1657 173369 -
obs0.1677 182399 88.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→46.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4096 0 109 525 4730
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00584438
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83816061
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0756676
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062786
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.5556642
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.470.40262310.37163932X-RAY DIFFRACTION61.02
1.47-1.480.36871900.36054307X-RAY DIFFRACTION65.2
1.48-1.50.37752220.34124477X-RAY DIFFRACTION69
1.5-1.520.36642440.31564845X-RAY DIFFRACTION73.88
1.52-1.540.30143080.31015131X-RAY DIFFRACTION78.79
1.54-1.560.31172890.28985553X-RAY DIFFRACTION85.06
1.56-1.580.30223080.2776004X-RAY DIFFRACTION91.28
1.58-1.610.26222900.25626057X-RAY DIFFRACTION93.2
1.61-1.630.29093000.25066188X-RAY DIFFRACTION94.08
1.63-1.660.26493370.24226131X-RAY DIFFRACTION94.44
1.66-1.690.25073130.22926169X-RAY DIFFRACTION94.26
1.69-1.720.25583200.22536225X-RAY DIFFRACTION94.4
1.72-1.750.28633150.2246125X-RAY DIFFRACTION94.18
1.75-1.790.23573170.22056115X-RAY DIFFRACTION93.5
1.79-1.830.25893330.21156036X-RAY DIFFRACTION93.14
1.83-1.870.24963160.21356101X-RAY DIFFRACTION92.61
1.87-1.920.22953290.20035906X-RAY DIFFRACTION91.7
1.92-1.970.22453320.18385997X-RAY DIFFRACTION91.33
1.97-2.030.20983510.17466133X-RAY DIFFRACTION94.51
2.03-2.090.19983000.17366177X-RAY DIFFRACTION94.24
2.09-2.170.20913520.17386132X-RAY DIFFRACTION93.9
2.17-2.250.2212810.17126111X-RAY DIFFRACTION93.33
2.25-2.360.21523310.16436053X-RAY DIFFRACTION92.74
2.36-2.480.22033100.16336037X-RAY DIFFRACTION92.33
2.48-2.630.2063300.16095904X-RAY DIFFRACTION90.86
2.63-2.840.20462990.1595928X-RAY DIFFRACTION90.29
2.84-3.120.20342960.15136103X-RAY DIFFRACTION93.68
3.12-3.580.15983260.13236033X-RAY DIFFRACTION92.27
3.58-4.50.15882960.1165724X-RAY DIFFRACTION87.64
4.5-46.90.18162640.13875735X-RAY DIFFRACTION87.3
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.18349054343-2.11232376391-3.714765587622.808323751621.997969940823.27804445214-0.105374872345-0.638851744234-0.3119686520550.3549066242820.1965126867120.2578871787310.4307986370750.391766617773-0.07558401221960.208810058269-0.009839260767410.007050912111630.2016315921980.04212422814210.24312617404814.36063773628.7820571182420.5829227591
22.59576605533-1.513483761421.671798387032.34520054711-1.22253909942.407121050410.0536380913730.0492402277831-0.0805452376903-0.105454986297-0.02666895972560.08254400027090.03509874635940.0381496771851-0.02828735119830.1415846048490.01152300771120.005616506942730.159134466027-0.02898374150090.20122018642214.031710647918.417289661811.8424506172
34.793370065271.444355472561.851954335814.086540290560.6398268734813.78064690448-0.0634970335013-0.174939405390.22949880380.0929041920856-0.00754777310849-0.0210129323902-0.18160765746-0.1427675488230.0643327464980.1492330764880.040504029806-0.01515735180310.194973498794-0.0466745415790.35581656154223.547939913647.188135789417.6391204348
41.95320929917-0.7724111429480.05586192958452.16205827585-0.6117065073720.686835797999-0.00488021616756-0.08107538671420.1624422431470.04880707934310.0066448013302-0.128351456446-0.04937365759360.04814955341940.00351297481340.1695094300680.00340474677824-0.009182664843910.18373633225-0.04112208485450.2607703695711.163401741231.32856097649.89955718256
50.799284721176-1.316744651590.0893018859712.020672616170.3421412472910.229144892571-0.0932165103213-0.127342857734-0.1124300382390.2609438086850.1007653232930.1524516605510.00898253839569-0.04330650974050.02570398495510.2237024442660.0204473636353-0.003612418066860.2189569308770.01747274334610.2859845201695.3625493981838.714997202116.4975973699
61.42439968126-0.9419084296270.3098370478423.66262318979-0.2044936868080.8578624512850.0121134524928-0.0574135940325-0.105462749570.03582115692560.08515493131770.673509280188-0.125621787479-0.0922214440681-0.1013541348660.153980581562-9.57531495729E-50.05385696488570.1899432525290.01655247451730.356260649396-3.4135145540831.784599389914.8106567535
70.963643184047-0.0703489449881-0.06790590898431.85983620959-0.1601499135690.414662681324-0.05142549640250.053403795925-0.205844144136-0.003667888472240.07682835940650.09150740581710.04509692111898.72483297712E-5-0.01697424552160.13303977199-0.0130808624196-0.008363055429290.147899277439-0.01650118845380.189028158325-8.274732982324.010139196146.853221344
81.84409105490.417916947784-0.4481105931231.47957894671-0.01879933434460.8800130596740.02776017578130.0763397094012-0.0660481736128-0.06081031282330.007091369861170.107410542598-0.0204345089396-0.00515316073271-0.03092911075110.1760685562050.00228156212103-0.02257268770490.163561861755-0.02796576165080.217978524386-0.30885158793127.442603984549.896025808
91.77986584225-0.182333010996-0.7096625003551.47082187191-0.1554762491380.6869528545160.03443833776730.173254401954-0.0113632438776-0.2236172461950.0158341697436-0.0693365153372-0.084512085291-0.0186815923323-0.08272469488240.169394063685-0.0261302440346-0.02556289599840.181799235642-0.04260368926740.1499916127573.4498390142635.071797854742.0259851073
102.793202252611.09869197266-1.051271239526.90528300686-1.039987347682.76489971659-0.0250918167424-0.009916322054090.0519949076553-0.265790240854-0.113313200303-0.655191463509-0.174931762940.1866007686180.1489128312040.135998933812-0.004277078676140.03857184604330.195693141203-0.06067797005310.22099144342615.155566841628.933277892238.9271257948
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 21 through 40 )AA21 - 401 - 20
22chain 'A' and (resid 41 through 84 )AA41 - 8421 - 64
33chain 'A' and (resid 85 through 118 )AA85 - 11865 - 98
44chain 'A' and (resid 119 through 201 )AA119 - 20199 - 181
55chain 'A' and (resid 202 through 261 )AA202 - 261182 - 241
66chain 'A' and (resid 262 through 286 )AA - E262 - 2101242
77chain 'B' and (resid 26 through 118 )BG26 - 1181 - 93
88chain 'B' and (resid 119 through 201 )BG119 - 20194 - 176
99chain 'B' and (resid 202 through 261 )BG202 - 261177 - 236
1010chain 'B' and (resid 262 through 290 )BG262 - 290237 - 265

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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