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Yorodumi- PDB-7q1d: Acetyltrasferase(3) type IIIa in complex with 3-N-methyl-nemycin B -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7q1d | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Acetyltrasferase(3) type IIIa in complex with 3-N-methyl-nemycin B | |||||||||
Components | Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III | |||||||||
Keywords | ANTIBIOTIC / acetyltrasferase / aminoglycosides / inhibitor / complex | |||||||||
| Function / homology | Function and homology information2-deoxystreptamine metabolic process / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / antibiotic metabolic process / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / acetyl-CoA catabolic process / coenzyme A binding / cellular response to antibiotic / protein homodimerization activity / identical protein binding Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.43 Å | |||||||||
Authors | Pontillo, N. / Guskov, A. | |||||||||
| Funding support | European Union, 2items
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Citation | Journal: To Be PublishedTitle: 3-N-alkylation in aminoglycoside antibiotic neomycin B overcomes bacterial resistance mediated by acetyltransferase (3) IIIa Authors: Pontillo, N. / Warszawik, E.M. / Partipilo, M. / Stetsenko, A. / Loznik, M. / Yang, X. / Slotboom, D.J. / Guskov, A. / Herrmann, A. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 7q1d.cif.gz | 547 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7q1d.ent.gz | 373.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7q1d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7q1d_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7q1d_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | |
| Data in XML | 7q1d_validation.xml.gz | 54.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 7q1d_validation.cif.gz | 78 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/7q1d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/7q1d | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7q10C ![]() 7q0qS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| ||||||||||||
| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 31458.617 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() References: UniProt: P29808, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 1156 molecules 










| #2: Chemical | | #3: Chemical | ChemComp-8I8 / [[( #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-BTB / | #6: Chemical | ChemComp-CL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.65 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 7-14% PEG 10,000, 0.1 M Na Acetate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 110 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.987 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER R 4M / Detector: PIXEL / Date: Oct 23, 2018 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.43→46.95 Å / Num. obs: 219293 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 17.45 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.9 |
| Reflection shell | Resolution: 1.43→1.48 Å / Num. unique obs: 21854 / CC1/2: 0.385 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 7Q0Q Resolution: 1.43→47.15 Å / SU ML: 0.2071 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 24.1865 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 25.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.43→47.15 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
Citation

PDBj


