PDB-7q1d: Acetyltrasferase(3) type IIIa in complex with 3-N-methyl-nemycin B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q1d

タイトル

Acetyltrasferase(3) type IIIa in complex with 3-N-methyl-nemycin B

要素

Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III

キーワード

ANTIBIOTIC / acetyltrasferase / aminoglycosides / inhibitor / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

2-deoxystreptamine metabolic process / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / antibiotic metabolic process / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / acetyl-CoA catabolic process / coenzyme A binding / cellular response to antibiotic / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.43 Å

データ登録者

Pontillo, N. / Guskov, A.

資金援助

European Union, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 3-N-alkylation in aminoglycoside antibiotic neomycin B overcomes bacterial resistance mediated by acetyltransferase (3) IIIa
著者: Pontillo, N. / Warszawik, E.M. / Partipilo, M. / Stetsenko, A. / Loznik, M. / Yang, X. / Slotboom, D.J. / Guskov, A. / Herrmann, A.

履歴

登録	2021年10月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q1d.cif.gz	547 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q1d.ent.gz	373.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q1d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/7q1d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/7q1d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7q10C 7q0qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III

B: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III

C: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III

D: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III

ヘテロ分子

132 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III

ヘテロ分子

D: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
66 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III

ヘテロ分子

C: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
66.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.957, 100.489, 131.908
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁
Space group name Hall	P22ab(y,z,x)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y,-z+1/2 #3: -x,y,-z #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III / ACC(3)-III / Aminocyclitol 3-N-acetyltransferase type III / Gentamicin-(3)-N-acetyl-transferase 分子量: 31458.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: aacC3 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P29808, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase

#1: タンパク質

Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase III / ACC(3)-III / Aminocyclitol 3-N-acetyltransferase type III / Gentamicin-(3)-N-acetyl-transferase

分子量: 31458.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: aacC3
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P29808, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 1156分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-8I8 / [[(2~{R},3~{S})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3~{R})-4-[[(3~{S})-3-[2-[(1~{S})-1-[[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-5-azanyl-3-[(4~{S},5~{R})-4-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{E})-3-azanyl-6-(azanylmethylidene)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-5-(hydroxymethyl)-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]oxy-2-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S})-3-azanyl-6-(iminomethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-4-oxidanyl-cyclohexyl]amino]-1-oxidanyl-ethyl]sulfanylethylamino]-3-oxidanyl-propyl]amino]-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl] hydrogen phosphate 分子量: 1422.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₆H₈₂N₁₃O₃₀P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 7-14% PEG 10,000, 0.1 M Na Acetate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.43→46.95 Å / Num. obs: 219293 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 17.45 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 1.43→1.48 Å / Num. unique obs: 21854 / CC_1/2: 0.385

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7Q0Q

7q0q

解像度: 1.43→47.15 Å / SU ML: 0.2071 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.1865
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2004	20542	4.99 %
R_work	0.1764	390959	-
obs	0.1776	411501	95.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.43→47.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8151	0	414	1143	9708

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8997
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3328	12353
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	1370
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0071	1577
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8589	1464

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.43-1.45	0.4003	752	0.4025	13041	X-RAY DIFFRACTION	96
1.45-1.46	0.3971	691	0.3815	13090	X-RAY DIFFRACTION	95.91
1.46-1.48	0.378	666	0.3684	13079	X-RAY DIFFRACTION	95.13
1.48-1.5	0.3705	669	0.3525	12861	X-RAY DIFFRACTION	93.78
1.5-1.52	0.3327	653	0.3305	12330	X-RAY DIFFRACTION	90.45
1.52-1.54	0.3379	670	0.3146	13018	X-RAY DIFFRACTION	94.98
1.54-1.56	0.3099	734	0.2953	13319	X-RAY DIFFRACTION	97.79
1.56-1.59	0.288	675	0.2798	13347	X-RAY DIFFRACTION	97.49
1.59-1.61	0.2878	739	0.2652	13236	X-RAY DIFFRACTION	97.41
1.61-1.64	0.2685	715	0.2499	13375	X-RAY DIFFRACTION	97.48
1.64-1.67	0.2525	688	0.2343	13246	X-RAY DIFFRACTION	96.88
1.67-1.7	0.2689	660	0.2263	13214	X-RAY DIFFRACTION	96.74
1.7-1.73	0.2363	725	0.2289	13143	X-RAY DIFFRACTION	96.47
1.73-1.76	0.2593	698	0.2148	13217	X-RAY DIFFRACTION	96.13
1.76-1.8	0.2185	672	0.2006	13128	X-RAY DIFFRACTION	96.1
1.8-1.84	0.22	647	0.1791	13008	X-RAY DIFFRACTION	95.23
1.84-1.89	0.2102	666	0.1752	13093	X-RAY DIFFRACTION	95.13
1.89-1.94	0.1963	643	0.1716	12918	X-RAY DIFFRACTION	94.38
1.94-2	0.1988	709	0.1662	12804	X-RAY DIFFRACTION	93.85
2-2.06	0.2047	638	0.1709	12445	X-RAY DIFFRACTION	90.9
2.06-2.14	0.1861	683	0.1606	13030	X-RAY DIFFRACTION	95.28
2.14-2.22	0.1826	687	0.1522	13396	X-RAY DIFFRACTION	97.87
2.22-2.32	0.1866	715	0.1515	13382	X-RAY DIFFRACTION	97.94
2.32-2.45	0.1801	714	0.154	13252	X-RAY DIFFRACTION	96.95
2.45-2.6	0.1821	695	0.1562	13196	X-RAY DIFFRACTION	96.44
2.6-2.8	0.1961	680	0.1611	13004	X-RAY DIFFRACTION	95.22
2.8-3.08	0.1937	713	0.1648	12717	X-RAY DIFFRACTION	93.37
3.08-3.53	0.1683	636	0.1526	12596	X-RAY DIFFRACTION	91.97
3.53-4.44	0.1453	582	0.1285	12485	X-RAY DIFFRACTION	90.83
4.44-47.15	0.1627	727	0.1463	12989	X-RAY DIFFRACTION	95.07

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.01988469754	0.750471913863	-0.53049725042	2.22437225036	0.294880616672	1.28175735709	0.152733437783	0.208686843226	0.887928190419	-0.0341851383738	0.163485049087	0.243726601908	-0.352690406995	-0.0182211701541	-0.242322350414	0.243092756028	-0.00427097578022	0.0496664841889	0.196892782817	0.0446930321633	0.376272664999	37.336742388	68.0498719842	18.0288921294
2	1.10144612406	0.780295181634	-0.41695313788	1.11333564577	-0.451365011535	0.615612562951	0.0360153711466	0.000418612597146	0.26113050544	0.0773903650299	0.0363036591587	0.0436923831197	-0.053778735792	0.0019516457525	-0.0827961505685	0.186135958009	-0.00961373446522	0.0149140141782	0.179504654449	-0.00700393741585	0.227514121044	37.8835319125	57.9603417862	22.1518392777
3	1.89317116165	0.378559756152	-0.855359529247	1.38904206703	-0.247362787439	0.808902273072	-0.127428792132	0.158760102407	-0.173369819603	-0.0843333272955	0.0698384056775	-0.164674878711	0.100005409516	-0.0475702027825	0.0357363238659	0.167013795815	-0.0268199861938	0.00784937572702	0.188418949975	-0.0267778293826	0.182601288672	45.3286825497	36.6545620291	17.5364875665
4	1.28091842075	0.555387993146	0.0493367673217	1.57330332979	0.172490560196	0.766158710153	0.0537272848206	-0.190384473153	-0.0292884710286	0.244462821677	0.00687667807378	0.0308758304439	-0.00091197561701	-0.0341933797962	-0.0280376061899	0.186468394714	-0.0121101708625	-0.00365819908159	0.188530446489	-0.00949825980004	0.143487770422	34.8706974749	42.0210061987	29.8808962989
5	0.905867483591	0.326453967625	0.161084361267	1.22262635133	-0.263265219032	0.666919071249	0.0012404371516	0.0377732215907	0.144267773001	-0.0393007408397	0.100614475375	0.192297639279	0.00658286959463	0.0320603473809	-0.0870438290963	0.167127105037	-0.0101920113333	0.00679232333716	0.189846864001	0.0118018577505	0.183062241645	27.2172066501	46.6338407296	21.4617781958
6	2.36915318867	0.22104761921	-0.324305781063	0.863185065345	0.0448686372594	0.0907432769231	-0.0538890442453	0.0900913183381	0.0246748920613	-0.0269168363914	0.0387581239165	0.00653124977958	0.0245359728597	-0.00926911360795	0.0139126278542	0.176507690383	-0.0214701912459	-0.0127676637925	0.171302052087	0.00901692635622	0.149156125443	31.1718219298	28.7644283862	20.0863555033
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28	1.21651448152	-0.552628205654	0.259154721561	0.980733218765	-0.153035594163	0.585707326447	0.0443525248411	0.0114440330891	-0.0189733450854	0.0136343342241	0.0157607532725	-0.0259034414699	0.0422614478826	0.0902456352787	-0.0503517687939	0.184769026692	0.0259454123871	-0.0169907796487	0.194999658731	-0.0343868761125	0.168894029769	22.9847765962	48.2594395642	48.8821970292
29	2.60835282871	-0.00889005953084	0.777271794742	1.18067833315	0.196018532593	0.885811236699	0.068682611754	0.146158235748	-0.121368469508	0.00795223925854	0.0241413647918	-0.041244602057	0.14423328796	0.107115226817	-0.117001777002	0.256897857657	0.0645380227337	-0.0279275414034	0.196361245227	-0.026408554968	0.213987302054	21.5828958685	30.9724057837	48.4561502096
30	1.48410534247	-0.108880062673	0.450064863987	1.91922318858	-0.142393283489	1.02273347881	-0.0888297853896	-0.155425335796	0.0600296279251	0.327604855219	0.122221999246	-0.309505564036	0.045162584601	0.134995833249	-0.0227576097185	0.251033476272	0.0568906242323	-0.071374472748	0.277450962031	-0.0829310580661	0.22411021943	33.5290696279	48.8892554049	62.6456003646

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 26 through 40 )	A	A	26 - 40	1 - 15
2	2	chain 'A' and (resid 41 through 84 )	A	A	41 - 84	16 - 59
3	3	chain 'A' and (resid 85 through 145 )	A	A	85 - 145	60 - 120
4	4	chain 'A' and (resid 146 through 170 )	A	A	146 - 170	121 - 145
5	5	chain 'A' and (resid 171 through 201 )	A	A	171 - 201	146 - 176
6	6	chain 'A' and (resid 202 through 218 )	A	A	202 - 218	177 - 193
7	7	chain 'A' and (resid 219 through 230 )	A	A	219 - 230	194 - 205
8	8	chain 'A' and (resid 231 through 261 )	A	A	231 - 261	206 - 236
9	9	chain 'A' and (resid 262 through 288 )	A	A	262 - 288	237 - 263
10	10	chain 'B' and (resid 26 through 120 )	B	B	26 - 120	1 - 95
11	11	chain 'B' and (resid 121 through 201 )	B	B	121 - 201	96 - 176
12	12	chain 'B' and (resid 202 through 230 )	B	B	202 - 230	177 - 205
13	13	chain 'B' and (resid 231 through 286 )	B	B	231 - 286	206 - 261
14	14	chain 'C' and (resid 26 through 40 )	C	C	26 - 40	1 - 15
15	15	chain 'C' and (resid 41 through 63 )	C	C	41 - 63	16 - 38
16	16	chain 'C' and (resid 64 through 84 )	C	C	64 - 84	39 - 59
17	17	chain 'C' and (resid 85 through 120 )	C	C	85 - 120	60 - 95
18	18	chain 'C' and (resid 121 through 145 )	C	C	121 - 145	96 - 120
19	19	chain 'C' and (resid 146 through 170 )	C	C	146 - 170	121 - 145
20	20	chain 'C' and (resid 171 through 201 )	C	C	171 - 201	146 - 176
21	21	chain 'C' and (resid 202 through 218 )	C	C	202 - 218	177 - 193
22	22	chain 'C' and (resid 219 through 230 )	C	C	219 - 230	194 - 205
23	23	chain 'C' and (resid 231 through 261 )	C	C	231 - 261	206 - 236
24	24	chain 'C' and (resid 262 through 286 )	C	C	262 - 286	237 - 261
25	25	chain 'D' and (resid 19 through 40 )	D	D	19 - 40	1 - 22
26	26	chain 'D' and (resid 41 through 84 )	D	D	41 - 84	23 - 66
27	27	chain 'D' and (resid 85 through 120 )	D	D	85 - 120	67 - 102
28	28	chain 'D' and (resid 121 through 201 )	D	D	121 - 201	103 - 183
29	29	chain 'D' and (resid 202 through 230 )	D	D	202 - 230	184 - 212
30	30	chain 'D' and (resid 231 through 290 )	D	D	231 - 290	213 - 272

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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