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- PDB-7q1w: Ruminococcus gnavus ATC29149 endo-beta-1,4-galactosidase (RgGH98)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q1w
タイトルRuminococcus gnavus ATC29149 endo-beta-1,4-galactosidase (RgGH98) E411A in complex with blood group A (BgA II) tetrasaccharide
要素Ruminococcus gnavus end galactosidase GH98
キーワードHYDROLASE / endogalactosidase / glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chitobiase/beta-hexosaminidase C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 98, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 98, central domain / Glycosyl hydrolase family 98 / Glycosyl hydrolase family 98 C-terminal domain / Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily ...Chitobiase/beta-hexosaminidase C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 98, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 98, central domain / Glycosyl hydrolase family 98 / Glycosyl hydrolase family 98 C-terminal domain / Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibronectin type-III domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ruminococcus gnavus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Owen, C.D. / Wu, H. / Crost, E.H. / van Bakel, W. / Gascuena, A.M. / Latousakis, D. / Hicks, T. / Walpole, S. / Urbanowicz, P.A. / Ndeh, D. ...Owen, C.D. / Wu, H. / Crost, E.H. / van Bakel, W. / Gascuena, A.M. / Latousakis, D. / Hicks, T. / Walpole, S. / Urbanowicz, P.A. / Ndeh, D. / Monaco, S. / Salom, L.S. / Griffiths, R. / Colvile, A. / Spencer, D.I.R. / Walsh, M.A. / Angulo, J. / Juge, N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2021
タイトル: The human gut symbiont Ruminococcus gnavus shows specificity to blood group A antigen during mucin glycan foraging: Implication for niche colonisation in the gastrointestinal tract.
著者: Wu, H. / Crost, E.H. / Owen, C.D. / van Bakel, W. / Martinez Gascuena, A. / Latousakis, D. / Hicks, T. / Walpole, S. / Urbanowicz, P.A. / Ndeh, D. / Monaco, S. / Sanchez Salom, L. / ...著者: Wu, H. / Crost, E.H. / Owen, C.D. / van Bakel, W. / Martinez Gascuena, A. / Latousakis, D. / Hicks, T. / Walpole, S. / Urbanowicz, P.A. / Ndeh, D. / Monaco, S. / Sanchez Salom, L. / Griffiths, R. / Reynolds, R.S. / Colvile, A. / Spencer, D.I.R. / Walsh, M. / Angulo, J. / Juge, N.
履歴
登録2021年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ruminococcus gnavus end galactosidase GH98
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,3458
ポリマ－94,5091
非ポリマー1,8367
水12,484693
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.256, 103.658, 113.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質 Ruminococcus gnavus end galactosidase GH98


分子量: 94508.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminococcus gnavus (strain ATCC 29149 / VPI C7-9) (バクテリア)
株: ATCC 29149 / VPI C7-9 / 遺伝子: RUMGNA_03119 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7B6A6
#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
LFucpa1-2[DGalpNAca1-3]DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-4/a4-b1_b2-c1_b3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-GalpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 698分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 693 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 500 MME, 10% PEG20K, 0.1M pH 6.5 imidazole/MES monohydrate (acid), 30 mM sodium fluoride, 30 mM Sodium bromide and 30 mM sodium iodide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97628 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→76.47 Å / Num. obs: 111311 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.196 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 980070 / Scaling rejects: 4748
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 8 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.65-1.683.384308753970.3581.253.6080.799.1
9.04-76.470.06263737970.9730.0250.06719.1100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D6C

4d6c


解像度: 1.65→76.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 4.823 / SU ML: 0.078 / SU R Cruickshank DPI: 0.0893 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1952 5529 5 %RANDOM
Rwork0.1688 ---
obs0.1701 105652 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.84 Å2 / Biso mean: 24.258 Å2 / Biso min: 13.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.81 Å20 Å2
3---0.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→76.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6660 0 122 693 7475
Biso mean--41.06 31.65 -
残基数----844
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0136988
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176321
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5531.6529505
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4151.58214636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9845852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.29825.109368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.752151135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1061517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2906
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.028058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021568
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 385 -
Rwork0.311 7733 -
all-8118 -
obs--99.74 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.75 Å / Origin y: 39.41 Å / Origin z: 12.966 Å
111213212223313233
T0.0318 Å2-0.0056 Å2-0.0014 Å2-0.1467 Å20.0074 Å2--0.0049 Å2
L0.2298 °2-0.022 °2-0.1267 °2-0.2709 °20.0242 °2--1.1752 °2
S-0.0132 Å °0.0092 Å °-0.027 Å °-0.0003 Å °0.0066 Å °0.0193 Å °0.0746 Å °0.0103 Å °0.0065 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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