PDB-7q1c: Crystal structure of Trypanosoma cruzi histone deacetylase DAC2 c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q1c

タイトル

Crystal structure of Trypanosoma cruzi histone deacetylase DAC2 complexed with a hydroxamate inhibitor

要素

Histone deacetylase DAC2

キーワード

HYDROLASE / Epigenetics / Trypanosoma cruzi / Histone deacetylase / DAC2 / Pathogen

機能・相同性

: / (E)-3-dibenzofuran-4-yl-N-oxidanyl-prop-2-enamide

機能・相同性情報

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ramos-Morales, E. / Marek, M. / Romier, C.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Species-selective targeting of pathogens revealed by the atypical structure and active site of Trypanosoma cruzi histone deacetylase DAC2.
著者: Marek, M. / Ramos-Morales, E. / Picchi-Constante, G.F.A. / Bayer, T. / Norstrom, C. / Herp, D. / Sales-Junior, P.A. / Guerra-Slompo, E.P. / Hausmann, K. / Chakrabarti, A. / Shaik, T.B. / ...

履歴

登録	2021年10月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q1c.cif.gz	402.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q1c.ent.gz	273.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q1c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7q1c_validation.pdf.gz	947.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q1c_full_validation.pdf.gz	997.3 KB	表示
XML形式データ	7q1c_validation.xml.gz	33.8 KB	表示
CIF形式データ	7q1c_validation.cif.gz	47.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/7q1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/7q1c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7q1bC 1t67S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3snx-1 7q1c-2 4hpp-d 4bxn-2 3m8k-d 2fl2-2 2x7e-1 3cjo-2 2fl6-2 1yrs-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Histone deacetylase DAC2

B: Histone deacetylase DAC2

ヘテロ分子

102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histone deacetylase DAC2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
50.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Histone deacetylase DAC2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.071, 95.353, 96.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.501, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Histone deacetylase DAC2 分子量: 50408.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-T56 / (E)-3-dibenzofuran-4-yl-N-oxidanyl-prop-2-enamide 分子量: 253.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₁NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 7.5%(W/V) PEG 8K, 0.1 M Bis-tris pH 6.3, 0.2 M MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.979957 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979957 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 52026 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 36.15 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.195 / Net I/σ(I): 7.76
反射シェル	解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 6.78 % / R_merge(I) obs: 1.687 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 8289 / CC_1/2: 0.425 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19rc4_4035	精密化
PHENIX	1.19rc4_4035	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1T67

1t67

解像度: 2.3→48.11 Å / SU ML: 0.3138 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 27.335
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2243	5163	5.06 %
R_work	0.1964	96927	-
obs	0.1979	51399	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6465	0	44	230	6739

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0074	6668
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9273	9055
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1023
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0071	1170
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.5531	2403

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.32	0.3667	155	0.3258	3122	X-RAY DIFFRACTION	95.57
2.32-2.35	0.3094	175	0.3075	3227	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.38	0.2794	193	0.3058	3187	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.38-2.41	0.3348	174	0.3059	3215	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.41-2.44	0.3145	131	0.3055	3330	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.44-2.48	0.2946	203	0.2889	3162	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.48-2.51	0.3398	162	0.2834	3287	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.51-2.55	0.3418	175	0.2941	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.59	0.3576	134	0.2837	3274	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.59-2.63	0.2925	172	0.2681	3242	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.63-2.68	0.2991	167	0.2673	3193	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.68-2.73	0.3181	170	0.2469	3287	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.73-2.78	0.2362	170	0.2448	3266	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.83	0.3237	165	0.2408	3223	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.83-2.9	0.2811	189	0.2304	3235	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.9-2.96	0.2604	186	0.2261	3235	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.96-3.04	0.2463	171	0.2381	3199	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.04-3.12	0.2581	164	0.2355	3247	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.12-3.21	0.2597	145	0.217	3264	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.21-3.32	0.2182	178	0.1939	3288	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.32-3.43	0.2112	129	0.1909	3230	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.43-3.57	0.1893	199	0.1793	3209	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.57-3.73	0.2194	204	0.174	3234	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.73-3.93	0.192	166	0.1554	3241	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.93-4.18	0.1648	216	0.1458	3157	X-RAY DIFFRACTION	99.62
4.18-4.5	0.1902	174	0.1319	3215	X-RAY DIFFRACTION	99.68
4.5-4.95	0.1334	178	0.1242	3239	X-RAY DIFFRACTION	99.94
4.95-5.66	0.1804	170	0.1526	3242	X-RAY DIFFRACTION	99.88
5.67-7.13	0.1869	181	0.1688	3215	X-RAY DIFFRACTION	99.79
7.14-48.11	0.1983	167	0.1552	3245	X-RAY DIFFRACTION	99.59

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.374077662645	0.0956669392357	4.87580686622E-5	0.419932976503	0.26945961622	0.922938666892	-0.0241970941466	0.019897995144	-0.016796174661	-0.0123381982905	-0.0349234938596	0.0263577594258	-0.0709708863955	-0.122480187943	-9.93700699027E-6	0.266205649339	0.0206170300177	-0.0163806530941	0.278042610179	-0.00373966925943	0.298701316496	87.7211525303	-91.3260096405	1.08713961395
2	0.347776306775	0.155320054721	-0.22538476108	0.698702496214	-0.358662992474	1.01030631512	-0.0279633983291	-0.0384288195471	-0.0108309310606	-0.0384987950927	-0.0759346425984	-0.0577963120483	-0.0166302421581	0.143062702186	4.14368519721E-6	0.249297219362	-0.00882919465675	-0.000130483328655	0.290239130341	0.0244928445367	0.281205284051	53.9580487935	-92.9589435607	-40.9190052097

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 13 - 700 / Label seq-ID: 1

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	chain A	A	A - E
2	2	chain B	B	F - J

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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