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Yorodumi- PDB-7q1c: Crystal structure of Trypanosoma cruzi histone deacetylase DAC2 c... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7q1c | ||||||
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Title | Crystal structure of Trypanosoma cruzi histone deacetylase DAC2 complexed with a hydroxamate inhibitor | ||||||
Components | Histone deacetylase DAC2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Epigenetics / Trypanosoma cruzi / Histone deacetylase / DAC2 / Pathogen | ||||||
Function / homology | : / (E)-3-dibenzofuran-4-yl-N-oxidanyl-prop-2-enamide Function and homology information | ||||||
Biological species | Trypanosoma cruzi (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Ramos-Morales, E. / Marek, M. / Romier, C. | ||||||
Funding support | European Union, 1items
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Citation | Journal: Cell Rep / Year: 2021 Title: Species-selective targeting of pathogens revealed by the atypical structure and active site of Trypanosoma cruzi histone deacetylase DAC2. Authors: Marek, M. / Ramos-Morales, E. / Picchi-Constante, G.F.A. / Bayer, T. / Norstrom, C. / Herp, D. / Sales-Junior, P.A. / Guerra-Slompo, E.P. / Hausmann, K. / Chakrabarti, A. / Shaik, T.B. / ...Authors: Marek, M. / Ramos-Morales, E. / Picchi-Constante, G.F.A. / Bayer, T. / Norstrom, C. / Herp, D. / Sales-Junior, P.A. / Guerra-Slompo, E.P. / Hausmann, K. / Chakrabarti, A. / Shaik, T.B. / Merz, A. / Troesch, E. / Schmidtkunz, K. / Goldenberg, S. / Pierce, R.J. / Mourao, M.M. / Jung, M. / Schultz, J. / Sippl, W. / Zanchin, N.I.T. / Romier, C. #1: Journal: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. / Year: 2012 Title: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. Authors: Afonine, P.V. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7q1c.cif.gz | 402.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7q1c.ent.gz | 273.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7q1c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7q1c_validation.pdf.gz | 947.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7q1c_full_validation.pdf.gz | 997.3 KB | Display | |
Data in XML | 7q1c_validation.xml.gz | 33.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7q1c_validation.cif.gz | 47.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/7q1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/7q1c | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7q1bC 1t67S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 50408.746 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma cruzi (eukaryote) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-K / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 7.5%(W/V) PEG 8K, 0.1 M Bis-tris pH 6.3, 0.2 M MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 2 / Wavelength: 0.979957 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: May 26, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979957 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 52026 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 36.15 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Net I/σ(I): 7.76 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.44 Å / Redundancy: 6.78 % / Rmerge(I) obs: 1.687 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 8289 / CC1/2: 0.425 / % possible all: 98.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1T67 Resolution: 2.3→48.11 Å / SU ML: 0.3138 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / Phase error: 27.335 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→48.11 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 13 - 700 / Label seq-ID: 1
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