PDB-7q00: Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase, isoform 4 f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q00

タイトル

Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase, isoform 4 from Arabidopsis thaliana (SHM4)

要素

Serine hydroxymethyltransferase 4

キーワード

TRANSFERASE / C1 metabolism / tetrahydrofolate / tetramer / PLP-dependent enzyme / cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

salicylic acid binding / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / plasmodesma / tetrahydrofolate interconversion / circadian rhythm / pyridoxal phosphate binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Ruszkowski, M. / Sekula, B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Plant Physiol Biochem. / 年: 2022
タイトル: Arabidopsis thaliana serine hydroxymethyltransferases: functions, structures, and perspectives.
著者: Nogues, I. / Sekula, B. / Angelaccio, S. / Grzechowiak, M. / Tramonti, A. / Contestabile, R. / Ruszkowski, M.

履歴

登録	2021年10月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q00.cif.gz	918.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q00.ent.gz	624.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q00.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7q00_validation.pdf.gz	480.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q00_full_validation.pdf.gz	495.8 KB	表示
XML形式データ	7q00_validation.xml.gz	84 KB	表示
CIF形式データ	7q00_validation.cif.gz	125.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/7q00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/7q00	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7pzzC 7qpeC 7qx8C 6smrS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine hydroxymethyltransferase 4

B: Serine hydroxymethyltransferase 4

C: Serine hydroxymethyltransferase 4

D: Serine hydroxymethyltransferase 4

ヘテロ分子

210 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.091, 130.914, 121.778
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.261, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Serine hydroxymethyltransferase 4 / AtSHMT4 / Glycine hydroxymethyltransferase 4 / Serine methylase 4 分子量: 52280.152 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: SHM4, SHMT4, At4g13930, dl3005c, FCAALL.160 / プラスミド: pMCSG68 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: O23254, glycine hydroxymethyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1873 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: D9 Index (Hampton Research); 0.1 M Tris 8.5, 25% w/v, Polyethylene glycol 3,350 cryoprotection with the reservoir condition supplemented with 20% ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月15日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→80 Å / Num. obs: 181530 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 23.65 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 8.62
反射シェル	解像度: 1.74→1.84 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.592 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique obs: 29467 / CC_1/2: 0.645

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6smr

6smr

解像度: 1.74→49.89 Å / SU ML: 0.1817 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.2338
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2014	1088	0.6 %
R_work	0.1615	180406	-
obs	0.1618	181494	95.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→49.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14647	0	32	1873	16552

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0078	15059
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9798	20389
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0544	2189
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0078	2659
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.8277	5531

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.82	0.3049	136	0.2554	22534	X-RAY DIFFRACTION	95.93
1.82-1.91	0.2498	137	0.2187	22648	X-RAY DIFFRACTION	95.99
1.91-2.03	0.2276	136	0.1912	22554	X-RAY DIFFRACTION	95.69
2.03-2.19	0.2203	138	0.1618	22803	X-RAY DIFFRACTION	96.75
2.19-2.41	0.2083	136	0.1622	22623	X-RAY DIFFRACTION	96.03
2.41-2.76	0.2298	135	0.1658	22279	X-RAY DIFFRACTION	94.35
2.76-3.47	0.1975	137	0.1576	22658	X-RAY DIFFRACTION	95.66
3.47-49.89	0.159	133	0.1375	22307	X-RAY DIFFRACTION	93.57

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.271681909385	0.072298701339	0.0582696566413	0.968016705514	0.0604471342768	0.626663953665	0.0130988505736	-0.0070618192044	0.0384303158717	0.066109796419	-0.0205284547041	-5.88488632459E-5	-0.052028209787	0.0102874820272	0.00811705832424	0.186288665945	0.0076768162055	-0.00989584347663	0.136604545482	0.000159723842446	0.119735800252	-20.5889758378	-8.95888450272	-5.40030176476
2	1.20307102687	0.175508771314	-0.117440169723	1.36727870971	0.170132603357	1.54687856057	-0.0260417128674	0.0563809798003	0.180276595676	-0.0814254206455	-0.026956620581	0.117504585239	-0.0867000724486	-0.125999034155	0.0309498162088	0.185453980594	0.00733336340615	-0.0116907823186	0.120271712287	0.000584384056617	0.148366857641	-29.5258145703	-11.0845820694	-8.6457369966
3	1.27110335255	0.458668790507	0.0867408678549	1.72196629358	0.405357752817	0.954385030501	0.0842155165087	-0.0999368589272	0.0263382361311	0.319238205258	0.0221582542752	-0.342124281657	-0.0224590377628	0.175318844964	-0.0770287819237	0.296505666911	-0.00657336582851	-0.0739771131349	0.213847970734	-0.0257010666702	0.186629463321	-5.07049741929	-4.28677132901	14.2172802865
4	0.365224238027	0.0443056862173	-0.0328700404024	0.567208809329	0.0883909235357	0.492000253563	-0.0120153707515	0.048596900904	-0.0082780040855	0.00856489134438	0.0427766817076	-0.0715152482597	0.0112882517375	0.0514945562322	-0.0321281407052	0.180145423046	0.000877400118394	-0.0169123065675	0.160118068764	-0.00522940707649	0.152762565742	-11.3364226771	-23.8484894446	-19.1733294958
5	1.55724628419	0.0299509619635	0.247625477991	1.76623729777	0.311767651847	1.12712693672	-0.0112699093415	0.155880206276	0.00985631693506	-0.0726273910729	0.0443025382733	-0.300857280171	-0.104841328507	0.172234890287	-0.0714069452395	0.192704299638	0.00365311759075	0.00140375958259	0.189991983688	-0.0115896975377	0.169311692145	-2.32169334768	-20.925235391	-16.4922966443
6	1.26068909702	0.140782313793	0.149807018795	0.911057898526	0.364452620099	1.09776218111	-0.00902369700232	0.105120417427	-0.0287391509056	0.0305574229747	-0.0177932668161	0.0461477335938	0.0642386010712	-0.117511086007	0.0236052093322	0.204408727306	-0.0026633448653	0.00776287331431	0.113802919583	-0.00916212192638	0.1310900928	-27.8584674569	-42.6136199523	-23.8076192284
7	0.323618522825	-0.139234287122	-0.0803968462807	1.1748722979	0.152991457765	0.552723816954	0.0512873554957	0.0436541464455	-0.0230015209827	-0.0191654987056	-0.0924904546025	0.0293919626143	0.0327322229229	-0.0426598322054	0.041147451404	0.106127459598	-0.00680171278131	-0.00598718930857	0.181412994534	0.0133519261956	0.152970903499	-17.2878216592	9.41828904866	-54.4662130601
8	0.515297648732	-0.272191484436	-0.124354791062	1.62536601569	0.63026720607	1.02677709399	0.0770971164458	0.111131749958	-0.0199293471524	-0.14828128458	-0.0355900116319	-0.254567232761	-0.00257142592915	0.0128989093166	-0.0135126325415	0.10060562221	0.00613580682775	-0.00254325231295	0.168694387723	0.0323315212353	0.191286313705	-7.91849089389	6.29094041754	-66.4757181678
9	0.340316598599	-0.14168303139	-0.0184425134859	0.853382983501	0.121706542627	0.607593739891	0.0189163213541	-0.0064442159675	0.0577086429058	0.0881440697254	-0.0251900402796	-0.0927297395741	-0.0354079140923	0.00640016590952	0.00423228070058	0.13959725343	-0.022566734118	-0.0130173440519	0.175664298829	0.0259345638362	0.182995248227	-8.81505488612	23.9225801571	-39.7789505092
10	1.04469624137	-0.530958285302	-0.087532017539	1.60349922331	0.167666368701	0.805283184416	0.0164042438348	-0.123333509066	0.0979230879733	0.117528031513	-0.0506511050425	0.0566274492753	-0.0731402493355	-0.105450066425	0.0373522804233	0.157871780438	-0.039237754418	-0.00788367939387	0.198881314006	0.0112118321279	0.180091122803	-17.1734025374	36.8720390819	-38.655877549

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 241 )	A	A	0 - 241	1 - 242
2	2	chain 'A' and (resid 242 through 308 )	A	A	242 - 308	243 - 309
3	3	chain 'A' and (resid 309 through 470 )	A	A	309 - 470	310 - 471
4	4	chain 'B' and (resid 0 through 241 )	B	C	0 - 241	1 - 242
5	5	chain 'B' and (resid 242 through 308 )	B	C	242 - 308	243 - 309
6	6	chain 'B' and (resid 309 through 471 )	B	C	309 - 471	310 - 472
7	7	chain 'C' and (resid 0 through 241 )	C	F	0 - 241	1 - 242
8	8	chain 'C' and (resid 242 through 471 )	C	F	242 - 471	243 - 472
9	9	chain 'D' and (resid 0 through 241 )	D	H	0 - 241	1 - 242
10	10	chain 'D' and (resid 242 through 471 )	D	H	242 - 471	243 - 472

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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