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Yorodumi- PDB-7qx8: Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase, isoform 7 f... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qx8 | ||||||
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Title | Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase, isoform 7 from Arabidopsis thaliana (SHM7) | ||||||
Components | Serine hydroxymethyltransferase 7 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / one-carbon metabolism / tetrahydrofolate | ||||||
Function / homology | Function and homology information sulfate ion homeostasis / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / S-adenosylmethionine metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / response to cadmium ion / pyridoxal phosphate binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.74 Å | ||||||
Authors | Ruszkowski, M. / Grzechowiak, M. / Sekula, B. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Plant Physiol Biochem. / Year: 2022 Title: Arabidopsis thaliana serine hydroxymethyltransferases: functions, structures, and perspectives. Authors: Nogues, I. / Sekula, B. / Angelaccio, S. / Grzechowiak, M. / Tramonti, A. / Contestabile, R. / Ruszkowski, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7qx8.cif.gz | 2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7qx8.ent.gz | 1.7 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7qx8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7qx8_validation.pdf.gz | 543.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7qx8_full_validation.pdf.gz | 625 KB | Display | |
Data in XML | 7qx8_validation.xml.gz | 175.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7qx8_validation.cif.gz | 239.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/7qx8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/7qx8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7pzzSC 7q00C 7qpeC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 53156.672 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: SHM7, SHMT7, At1g36370, F7F23.9 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: Q84WV0, glycine hydroxymethyltransferase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 75 mM magnesium chloride, 75 mM sodium citrate tribasic, 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 18 % v/v PEG Smear Broad (based on G8 condition of the BCS screen, Molecular Dimensions). Cryoprotection was ...Details: 75 mM magnesium chloride, 75 mM sodium citrate tribasic, 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 18 % v/v PEG Smear Broad (based on G8 condition of the BCS screen, Molecular Dimensions). Cryoprotection was obtained by supplementation of the original condition with 25% ethylene glycol. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 6, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.74→58 Å / Num. obs: 121503 / % possible obs: 65.8 % / Redundancy: 4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 10.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.74→3.07 Å / Redundancy: 4.36 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 6069 / CC1/2: 0.841 / Rrim(I) all: 0.627 / % possible all: 65.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7pzz Resolution: 2.74→58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 32.758 / SU ML: 0.301 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.423 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 226.33 Å2 / Biso mean: 76.571 Å2 / Biso min: 14.58 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.74→58 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.74→2.808 Å / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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