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- PDB-7pzz: Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase, isoform 2 f... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7pzz | ||||||
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Title | Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase, isoform 2 from Arabidopsis thaliana (SHM2) | ||||||
![]() | Serine hydroxymethyltransferase 2, mitochondrial | ||||||
![]() | TRANSFERASE / C1 metabolism / tetrahydrofolate / tetramer / PLP-dependent enzyme / mitochondria | ||||||
Function / homology | ![]() L-serine metabolic process / glycine metabolic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / serine binding / L-serine catabolic process / tetrahydrofolate interconversion / plastid / cobalt ion binding ...L-serine metabolic process / glycine metabolic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / serine binding / L-serine catabolic process / tetrahydrofolate interconversion / plastid / cobalt ion binding / : / folic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / mitochondrion / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ruszkowski, M. / Sekula, B. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Arabidopsis thaliana serine hydroxymethyltransferases: functions, structures, and perspectives. Authors: Nogues, I. / Sekula, B. / Angelaccio, S. / Grzechowiak, M. / Tramonti, A. / Contestabile, R. / Ruszkowski, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 958.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 648.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 508 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 525.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 89.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 135.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7q00C ![]() 7qpeC ![]() 7qx8C ![]() 6smwS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 53773.156 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q94C74, glycine hydroxymethyltransferase |
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-Non-polymers , 6 types, 2154 molecules ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-EPE / | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: SHM2 15 mg/ml; drop 3+2 uL 90% Index (Hampton Research) F8 (0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M HEPES 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350) cryoprotection with 20% ethylene glycol in the F8 Index condition |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Sep 4, 2018 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→80 Å / Num. obs: 274997 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 8 % / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 17.19 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.75 Å / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.14 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique obs: 43063 / CC1/2: 0.65 / % possible all: 97 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6smw Resolution: 1.65→53.84 Å / SU ML: 0.1732 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.9491 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→53.84 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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