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- PDB-7px4: Crystal structure of the adenosine A2A receptor (A2A-PSB1-bRIL) i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7px4
タイトルCrystal structure of the adenosine A2A receptor (A2A-PSB1-bRIL) in complex with preladenant conjugate PSB-2113
要素Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / A2A / G protein-coupled receptor / adenosine receptor / preladenant
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / sensory perception ...regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / sensory perception / Surfactant metabolism / positive regulation of urine volume / synaptic transmission, dopaminergic / inhibitory postsynaptic potential / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / negative regulation of vascular permeability / positive regulation of glutamate secretion / synaptic transmission, cholinergic / response to caffeine / blood circulation / intermediate filament / eating behavior / alpha-actinin binding / presynaptic active zone / regulation of calcium ion transport / membrane depolarization / asymmetric synapse / axolemma / phagocytosis / prepulse inhibition / cellular defense response / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to amphetamine / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / regulation of mitochondrial membrane potential / central nervous system development / positive regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of long-term synaptic potentiation / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of protein secretion / locomotory behavior / astrocyte activation / apoptotic signaling pathway / electron transport chain / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / blood coagulation / vasodilation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic membrane / periplasmic space / electron transfer activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / calmodulin binding / inflammatory response / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / apoptotic process / lipid binding / heme binding / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Preladenant conjugate PSB-2113 / CHOLESTEROL / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Soluble cytochrome b562 / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Claff, T. / Klapschinski, T.A. / Tiruttani Subhramanyam, U.K. / Vaassen, V.J. / Schlegel, J.G. / Vielmuth, C. / Voss, J.H. / Labahn, J. / Muller, C.E.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB1328 ドイツ
German Research Foundation (DFG)FOR2327 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Single Stabilizing Point Mutation Enables High-Resolution Co-Crystal Structures of the Adenosine A 2A Receptor with Preladenant Conjugates.
著者: Claff, T. / Klapschinski, T.A. / Tiruttani Subhramanyam, U.K. / Vaassen, V.J. / Schlegel, J.G. / Vielmuth, C. / Voss, J.H. / Labahn, J. / Muller, C.E.
履歴
登録2021年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,59536
ポリマ－50,0161
非ポリマー10,57935
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12720 Å2
ΔGint111 kcal/mol
Surface area21740 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)39.600, 180.262, 139.483
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a / Cytochrome b-562


分子量: 50016.379 Da / 分子数: 1 / 変異: S91K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ADORA2A, ADORA2, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29274, UniProt: P0ABE7

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非ポリマー , 6種, 266分子

#2: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#3: 化合物 ChemComp-8E2 / Preladenant conjugate PSB-2113 / ~{tert}-butyl 2-[2-[2-[2-[2-[2-[4-[4-[2-[7-azanyl-4-(furan-2-yl)-3,5,6,8,10,11-hexazatricyclo[7.3.0.0^{2,6}]dodeca-1(9),2,4,7,11-pentaen-10-yl]ethyl]piperazin-1-yl]phenoxy]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoate


分子量: 792.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H52N10O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物...
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 24% (v/v) PEG-400 (polyethylene glycol 400, average molecular weight 400), 10-30 mM sodium thiocyanate, 100 mM sodium citrate pH 5.2, and 2% (v/v) 2,5-hexanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月4日
放射モノクロメーター: Double crystal (Si-111 and Si-113 reflection)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→45.06 Å / Num. obs: 24297 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 35.86 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.69
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Rmerge(I) obs: 1.345 / Num. unique obs: 2375 / CC1/2: 0.574

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EIY

4eiy


解像度: 2.25→42.88 Å / SU ML: 0.3133 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.3685
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2399 1082 4.45 %
Rwork0.1962 23209 -
obs0.1981 24291 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→42.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3004 0 578 231 3813
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00253628
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5014805
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0364526
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031558
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.53591421
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.350.37271290.29332799X-RAY DIFFRACTION97.15
2.35-2.470.24961340.26532858X-RAY DIFFRACTION99.93
2.47-2.630.27861340.23052875X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.830.28041340.21932865X-RAY DIFFRACTION99.97
2.83-3.120.24121350.19932884X-RAY DIFFRACTION99.9
3.12-3.570.20571360.18752917X-RAY DIFFRACTION100
3.57-4.490.20281370.15772942X-RAY DIFFRACTION99.97
4.5-42.880.24541430.18543069X-RAY DIFFRACTION99.6
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.978430021238-0.122929565310.2265496724011.128140192690.1272857117861.19226208337-0.0344426640572-0.04476076470670.0166309186204-0.03354510081810.02680350968220.0405170710543-0.0271193289188-0.0533277856163-0.0001122663412110.223853938003-0.009025653092840.0115644367660.2655775269150.01023690914890.20741638472313.644716889-3.8889532260820.7359669215
20.0489209678335-0.533442246626-0.02725636384541.42706667004-0.1419650368980.128654447525-0.014939104238-0.162399784596-0.372709028678-0.2469566178170.101378109918-0.231883185990.2846483986690.1392264744875.84021392621E-60.629865913010.0673198473713-0.02185345961480.5110297657810.01911541584340.8853166454239.7032550539-48.269500767320.6065649443
31.0416354728-0.1309254498260.2875846804411.1883893572-0.08094556102771.42127147645-0.009688962318410.106952236976-0.209231176471-0.1533160980250.0462459284281-0.009178627798260.2499114533540.02121876237960.002081309423480.2607590810990.01618373117170.02724640699540.300181143887-0.006588080888150.22752394489122.7200665377-13.207692926211.254783912
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -2 through 186 )A-2 - 1861 - 189
22chain 'A' and (resid 187 through 208 )A187 - 208190 - 298
32chain 'A' and (resid 1001 through 1101 )A1001 - 1101299 - 390
43chain 'A' and (resid 1102 through 1106 )1102 - 1106
53chain 'A' and (resid 219 through 305 )219 - 305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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