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- PDB-7pw0: Crystal structure of the c-Src SH3 domain N112G-N113Y-T114N-E115H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pw0
タイトルCrystal structure of the c-Src SH3 domain N112G-N113Y-T114N-E115H mutant
要素Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / beta barrel (Βバレル) / SH3 domain (SH3ドメイン)
機能・相同性non-specific protein-tyrosine kinase / Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
機能・相同性情報
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
Model detailsChimera construction c-Src-Abl SH3 domain
データ登録者Camara-Artigas, A. / Salinas Garcia, M.C.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)BIO2006-78020-R スペイン
引用ジャーナル: To be published
タイトル: The effect of the hinge loops composition in the domain swapping of the SH3 domain
著者: Camara-Artigas, A. / Salinas Garcia, M.C.
履歴
登録2021年10月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
B: Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
C: Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
D: Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
E: Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
F: Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
G: Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
H: Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1078
ポリマ－54,1078
非ポリマー00
水6,954386
1
A: Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7631
ポリマ－6,7631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7631
ポリマ－6,7631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7631
ポリマ－6,7631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7631
ポリマ－6,7631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7631
ポリマ－6,7631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7631
ポリマ－6,7631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7631
ポリマ－6,7631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7631
ポリマ－6,7631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.259, 93.138, 80.439
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.250, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 103 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 103 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 103 and (name N or name...
41(chain D and ((resid 103 and (name N or name...
51(chain E and ((resid 103 and (name N or name...
61(chain G and ((resid 103 and (name N or name...
71(chain H and (resid 103 through 106 or (resid 108...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSLYSLYS(chain A and ((resid 103 and (name N or name...AA10322
12VALVALSERSER(chain A and ((resid 103 and (name N or name...AA83 - 1402 - 59
13VALVALSERSER(chain A and ((resid 103 and (name N or name...AA83 - 1402 - 59
14VALVALSERSER(chain A and ((resid 103 and (name N or name...AA83 - 1402 - 59
15VALVALSERSER(chain A and ((resid 103 and (name N or name...AA83 - 1402 - 59
21LYSLYSLYSLYS(chain B and ((resid 103 and (name N or name...BB10322
22THRTHRSERSER(chain B and ((resid 103 and (name N or name...BB84 - 1403 - 59
23THRTHRSERSER(chain B and ((resid 103 and (name N or name...BB84 - 1403 - 59
24THRTHRSERSER(chain B and ((resid 103 and (name N or name...BB84 - 1403 - 59
25THRTHRSERSER(chain B and ((resid 103 and (name N or name...BB84 - 1403 - 59
31LYSLYSLYSLYS(chain C and ((resid 103 and (name N or name...CC10322
32VALVALSERSER(chain C and ((resid 103 and (name N or name...CC83 - 1402 - 59
33VALVALSERSER(chain C and ((resid 103 and (name N or name...CC83 - 1402 - 59
34VALVALSERSER(chain C and ((resid 103 and (name N or name...CC83 - 1402 - 59
35VALVALSERSER(chain C and ((resid 103 and (name N or name...CC83 - 1402 - 59
41LYSLYSLYSLYS(chain D and ((resid 103 and (name N or name...DD10322
42THRTHRSERSER(chain D and ((resid 103 and (name N or name...DD85 - 1404 - 59
43THRTHRSERSER(chain D and ((resid 103 and (name N or name...DD85 - 1404 - 59
44THRTHRSERSER(chain D and ((resid 103 and (name N or name...DD85 - 1404 - 59
45THRTHRSERSER(chain D and ((resid 103 and (name N or name...DD85 - 1404 - 59
51LYSLYSLYSLYS(chain E and ((resid 103 and (name N or name...EE10322
52GLYGLYASPASP(chain E and ((resid 103 and (name N or name...EE82 - 1411 - 60
53GLYGLYASPASP(chain E and ((resid 103 and (name N or name...EE82 - 1411 - 60
54GLYGLYASPASP(chain E and ((resid 103 and (name N or name...EE82 - 1411 - 60
55GLYGLYASPASP(chain E and ((resid 103 and (name N or name...EE82 - 1411 - 60
61LYSLYSLYSLYS(chain G and ((resid 103 and (name N or name...GG10322
62GLYGLYASPASP(chain G and ((resid 103 and (name N or name...GG82 - 1411 - 60
63GLYGLYASPASP(chain G and ((resid 103 and (name N or name...GG82 - 1411 - 60
64GLYGLYASPASP(chain G and ((resid 103 and (name N or name...GG82 - 1411 - 60
65GLYGLYASPASP(chain G and ((resid 103 and (name N or name...GG82 - 1411 - 60
71LYSLYSGLUGLU(chain H and (resid 103 through 106 or (resid 108...HH103 - 10622 - 25
72LEULEULEULEU(chain H and (resid 103 through 106 or (resid 108...HH10827
73GLYGLYSERSER(chain H and (resid 103 through 106 or (resid 108...HH82 - 1401 - 59
74GLYGLYSERSER(chain H and (resid 103 through 106 or (resid 108...HH82 - 1401 - 59
75GLYGLYSERSER(chain H and (resid 103 through 106 or (resid 108...HH82 - 1401 - 59
76GLYGLYSERSER(chain H and (resid 103 through 106 or (resid 108...HH82 - 1401 - 59

-
要素

#1: タンパク質
Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src / Proto-oncogene c-Src / pp60c-src / p60-Src


分子量: 6763.364 Da / 分子数: 8 / 変異: N112G, N113Y, T114N, E115H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SRC / プラスミド: pHTP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P00523-1, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.93 % / Mosaicity: 0.22 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 5% PEG 300, 10% glycerol, 40mM LiCl, 0.1M AcONa

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→19.95 Å / Num. obs: 59211 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 23.08 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 255084 / Scaling rejects: 94
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.7-1.734.21.3071307931160.5420.7211.4971.198.7
9-19.9540.03814993750.9980.0210.04427.187.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.19.1精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JZ4

4jz4


解像度: 1.7→19.95 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 30.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2279 5685 4.95 %
Rwork0.2083 109274 -
obs0.2093 114959 97.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.88 Å2 / Biso mean: 36.4486 Å2 / Biso min: 18.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3624 0 0 386 4010
Biso mean---39.37 -
残基数----465
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A665X-RAY DIFFRACTION12.005TORSIONAL
12B665X-RAY DIFFRACTION12.005TORSIONAL
13C665X-RAY DIFFRACTION12.005TORSIONAL
14D665X-RAY DIFFRACTION12.005TORSIONAL
15E665X-RAY DIFFRACTION12.005TORSIONAL
16G665X-RAY DIFFRACTION12.005TORSIONAL
17H665X-RAY DIFFRACTION12.005TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.720.39711930.42383538373196
1.72-1.740.45221820.396737033885100
1.74-1.760.37892080.36963794400299
1.76-1.780.36221840.362137243908100
1.78-1.810.38691980.345836373835100
1.81-1.830.32661870.32293758394599
1.83-1.860.32621560.29393819397599
1.86-1.890.30841920.29743649384199
1.89-1.910.31661980.28633685388399
1.91-1.950.29742160.26983700391699
1.95-1.980.25042010.24513741394299
1.98-2.020.24131660.22523713387999
2.02-2.050.26412140.22523712392699
2.05-2.10.22592150.22453648386399
2.1-2.140.21551750.20953696387199
2.14-2.190.20331730.1943784395799
2.19-2.250.21891970.19913585378298
2.25-2.310.23451920.20493707389998
2.31-2.370.21721900.19553672386298
2.37-2.450.2251990.19893676387599
2.45-2.540.27761970.21953639383698
2.54-2.640.25091960.20913691388798
2.64-2.760.27651830.20813588377197
2.76-2.90.28141670.21353627379496
2.9-3.090.24141800.2053335351589
3.09-3.320.23021870.19313525371294
3.32-3.660.16371850.17613520370594
3.66-4.180.16191790.15023473365293
4.18-5.250.14831790.14853480365993
5.25-19.950.21681960.21493455365193

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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