PDB-7pu1: High resolution X-ray structure of Thermoascus aurantiacus LPMO

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pu1

タイトル

High resolution X-ray structure of Thermoascus aurantiacus LPMO

要素

Gh61 isozyme a

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Copper binding protein / Beta-sandwich fold / Auxillary

機能・相同性

機能・相同性情報

lytic cellulose monooxygenase (C4-dehydrogenating) / cellulase activity / cellulose catabolic process / monooxygenase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoascus aurantiacus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.06 Å

データ登録者

Banerjee, S. / Frandsen, K.E.H. / Singh, R.K. / Bjerrum, M.J. / Lo Leggio, L.

資金援助

スウェーデン, 3件

組織	認可番号	国
Novo Nordisk Foundation	NNF17SA0027704	スウェーデン
Danish Council for Independent Research	8021-00273B	スウェーデン
Swedish Research Council	2018-04969; 2019-02496	スウェーデン

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2022
タイトル: Protonation State of an Important Histidine from High Resolution Structures of Lytic Polysaccharide Monooxygenases.
著者: Banerjee, S. / Muderspach, S.J. / Tandrup, T. / Frandsen, K.E.H. / Singh, R.K. / Ipsen, J.O. / Hernandez-Rollan, C. / Norholm, M.H.H. / Bjerrum, M.J. / Johansen, K.S. / Lo Leggio, L.

履歴

登録	2021年9月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pu1.cif.gz	207.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pu1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pu1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pu1_validation.pdf.gz	466.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pu1_full_validation.pdf.gz	474.9 KB	表示
XML形式データ	7pu1_validation.xml.gz	28.7 KB	表示
CIF形式データ	7pu1_validation.cif.gz	43.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/7pu1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/7pu1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ptzC 2yetS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zi5-1 3u1i-1 3dyi-d 7bk8-d 6e87-d 6vah-2 3dlt-d 2q30-2 4ieo-d 5mll-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Gh61 isozyme a

BBB: Gh61 isozyme a

ヘテロ分子

50.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Gh61 isozyme a

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Gh61 isozyme a

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.653, 89.046, 70.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.335, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB)

#1: タンパク質

Gh61 isozyme a

分子量: 24418.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Thermoascus aurantiacus (菌類) / 発現宿主:

Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: G3XAP7, cellulase

#2: 化合物

ChemComp-CU / COPPER (II) ION

分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 705 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 20m M MgCl2 and 22 %(w/v) polyacrylic acid 5100 sodium salt

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9538 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9538 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.06→37.34 Å / Num. obs: 171807 / % possible obs: 84.2 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 18.57
反射シェル	解像度: 1.06→1.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 12524 / CC_1/2: 0.89 / R_rim(I) all: 0.44

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
TRUNCATE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2YET

2yet

解像度: 1.06→37.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.979 / WR_factor R_free: 0.144 / WR_factor R_work: 0.118 / SU B: 0.651 / SU ML: 0.014 / Average fsc free: 0.9715 / Average fsc work: 0.9751 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.026 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.11851	8758	5.097 %
R_work	0.11735	163069	-
all	0.119	-	-
obs	-	163069	84.244 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.983 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.072 Å²	0 Å²	0.194 Å²
2-	-	-0.221 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.052 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.06→37.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3445	0	49	719	4213

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.013	3731
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.017	3256
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.304	1.657	5188
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.624	1.571	7658
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	19.132	5.423	520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.731	25.605	157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.886	15	494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.868	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.129	0.2	518
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	5153
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	699
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.253	0.2	709
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	3236
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1848
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.1	0.2	1675
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	451
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.091	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.142	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.103	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.376	1.136	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.356	1.133	1871
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.834	1.717	2351
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.82	1.716	2351
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.625	1.329	1858
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.624	1.329	1859
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.24	1.918	2814
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.24	1.919	2815
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.715	16.28	4399
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.271	14.949	4165
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	8.906	3	6987

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.06-1.088	0.302	227	0.27	4658	X-RAY DIFFRACTION	32.4563
1.088-1.117	0.189	362	0.168	6568	X-RAY DIFFRACTION	47.2973
1.117-1.15	0.169	401	0.145	8183	X-RAY DIFFRACTION	60.0784
1.15-1.185	0.151	484	0.127	9895	X-RAY DIFFRACTION	75.0959
1.185-1.224	0.152	654	0.122	11888	X-RAY DIFFRACTION	93.1936
1.224-1.267	0.123	623	0.104	11680	X-RAY DIFFRACTION	94.6603
1.267-1.315	0.133	625	0.107	11293	X-RAY DIFFRACTION	95.0929
1.315-1.368	0.123	635	0.087	10928	X-RAY DIFFRACTION	95.6489
1.368-1.429	0.121	598	0.082	10513	X-RAY DIFFRACTION	95.9416
1.429-1.499	0.111	563	0.081	10168	X-RAY DIFFRACTION	96.606
1.499-1.58	0.113	508	0.078	9699	X-RAY DIFFRACTION	96.9878
1.58-1.676	0.113	498	0.08	9195	X-RAY DIFFRACTION	97.2509
1.676-1.791	0.125	434	0.09	8754	X-RAY DIFFRACTION	97.7759
1.791-1.935	0.121	407	0.106	8101	X-RAY DIFFRACTION	97.7594
1.935-2.119	0.134	416	0.114	7514	X-RAY DIFFRACTION	98.4971
2.119-2.369	0.131	351	0.118	6827	X-RAY DIFFRACTION	98.5718
2.369-2.735	0.144	345	0.127	6015	X-RAY DIFFRACTION	99.0809
2.735-3.348	0.156	293	0.136	5108	X-RAY DIFFRACTION	99.2284
3.348-4.73	0.155	216	0.136	3956	X-RAY DIFFRACTION	98.6055
4.73-37.37	0.199	118	0.19	2126	X-RAY DIFFRACTION	95.0445

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関連情報:EMDBヘッダ

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