PDB-7ptz: High resolution X-ray structure of E. coli expressed Lentinus sim...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ptz

タイトル

High resolution X-ray structure of E. coli expressed Lentinus similis LPMO.

要素

Auxiliary activity 9

キーワード

CARBOHYDRATE / LPMO / Monooxygenase / high resolution / Auxillary activity

機能・相同性

機能・相同性情報

lytic cellulose monooxygenase (C4-dehydrogenating) / cellulose catabolic process / monooxygenase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lentinus similis (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.093 Å

データ登録者

Banerjee, S. / Muderspach, S.J. / Tandrup, T. / Ipsen, J.O. / Hernandez-Rollan, C. / Norholm, H.H.M. / Johansen, K.S. / Lo Leggio, L.

資金援助

スウェーデン, 3件

組織	認可番号	国
Novo Nordisk Foundation	NNF17SA0027704	スウェーデン
Danish Council for Independent Research	8021-00273B	スウェーデン
Swedish Research Council	2018-04969; 2019-02496	スウェーデン

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2022
タイトル: Protonation State of an Important Histidine from High Resolution Structures of Lytic Polysaccharide Monooxygenases.
著者: Banerjee, S. / Muderspach, S.J. / Tandrup, T. / Frandsen, K.E.H. / Singh, R.K. / Ipsen, J.O. / Hernandez-Rollan, C. / Norholm, M.H.H. / Bjerrum, M.J. / Johansen, K.S. / Lo Leggio, L.

履歴

登録	2021年9月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ptz.cif.gz	115.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ptz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ptz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ptz_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ptz_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	7ptz_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	7ptz_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7ptz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7ptz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pu1C 7pqrS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5t5o-10 3mqz-d 4awg-3 4lfd-1 5eyy-d 2hls-1 7n8e-1 4fuf-d 5hwk-1 6uyc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Auxiliary activity 9

ヘテロ分子

25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.659, 48.659, 109.593
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Auxiliary activity 9 分子量: 25259.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lentinus similis (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S2GKZ1
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 0.1 M citric acid pH 3.5 and 3.0 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.09→48.5 Å / Num. obs: 96541 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 11.99 % / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 1.09→1.16 Å / Num. unique obs: 10733 / CC_1/2: 0.73

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7PQR

7pqr

解像度: 1.093→48.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.984 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.984 / WR_factor R_free: 0.144 / WR_factor R_work: 0.124 / SU B: 0.814 / SU ML: 0.017 / Average fsc free: 0.9402 / Average fsc work: 0.9418 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.025 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1393	4828	5.025 %
R_work	0.1235	91248	-
all	0.124	-	-
obs	-	96076	91.614 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.228 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.445 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.445 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.891 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.093→48.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1787	0	7	360	2154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.013	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.017	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.032	1.635	2678
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.662	1.565	3850
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.835	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.202	23.229	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.173	15	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.481	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.139	0.2	259
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2266
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	402
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	394
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	1661
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	963
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	893
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	199
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.111	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.252	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.288	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.426	1.627	977
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.287	1.622	976
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.814	2.449	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.88	2.454	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.121	1.795	953
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.103	1.784	950
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.831	2.635	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.795	2.631	1441
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.441	21.621	2290
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.305	20.681	2201
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.045	3	3580

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.093-1.121	0.428	175	0.423	3433	0.424	7727	0.505	0.491	46.6934	0.41
1.121-1.152	0.273	243	0.29	4955	0.289	7523	0.821	0.796	69.0948	0.281
1.152-1.185	0.246	325	0.22	5601	0.222	7387	0.883	0.895	80.222	0.209
1.185-1.222	0.192	318	0.166	6093	0.168	7117	0.926	0.936	90.0801	0.151
1.222-1.262	0.146	331	0.142	6493	0.142	6900	0.953	0.95	98.8985	0.122
1.262-1.306	0.154	347	0.119	6325	0.12	6672	0.954	0.965	100	0.101
1.306-1.355	0.134	333	0.106	6122	0.107	6459	0.973	0.975	99.9381	0.09
1.355-1.411	0.134	343	0.097	5850	0.099	6196	0.974	0.98	99.9516	0.083
1.411-1.473	0.117	270	0.092	5701	0.093	5971	0.98	0.983	100	0.08
1.473-1.545	0.103	280	0.081	5402	0.082	5683	0.985	0.988	99.9824	0.074
1.545-1.629	0.119	274	0.083	5159	0.085	5434	0.983	0.988	99.9816	0.078
1.629-1.727	0.115	262	0.086	4866	0.087	5128	0.982	0.987	100	0.084
1.727-1.846	0.124	203	0.093	4613	0.094	4816	0.982	0.986	100	0.094
1.846-1.994	0.115	254	0.097	4215	0.098	4469	0.985	0.987	100	0.104
1.994-2.184	0.132	199	0.108	3941	0.109	4141	0.981	0.984	99.9759	0.12
2.184-2.441	0.127	191	0.115	3576	0.116	3767	0.979	0.981	100	0.135
2.441-2.818	0.155	166	0.138	3123	0.139	3290	0.969	0.973	99.9696	0.165
2.818-3.448	0.159	129	0.138	2674	0.139	2805	0.968	0.975	99.9287	0.172
3.448-4.864	0.127	125	0.123	2034	0.123	2174	0.983	0.982	99.31	0.157
4.864-48.5	0.163	60	0.191	1073	0.189	1212	0.969	0.968	93.4818	0.247

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