PDB-7psk: Crystal structure of beta-glucuronidase from Acidobacterium capsu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7psk

タイトル

Crystal structure of beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum in complex with covalent inhibitor GR109

要素

Beta-glucuronidase

キーワード

CARBOHYDRATE / glycoside hydrolase / glucuronidase / GH79 / heparan sulfate

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acidobacterium capsulatum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.09 Å

データ登録者

Armstrong, Z. / Wu, L. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 7件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	ERC-2011-AdG-290836	英国
European Research Council (ERC)	ERC-2012-AdG-322942	英国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)		英国
Israel Science Foundation	1021/19	英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)	STF8184	英国
Royal Society		英国
Wellcome Trust	218579/Z/19/Z	英国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Mechanism-based heparanase inhibitors reduce cancer metastasis in vivo.
著者: de Boer, C. / Armstrong, Z. / Lit, V.A.J. / Barash, U. / Ruijgrok, G. / Boyango, I. / Weitzenberg, M.M. / Schroder, S.P. / Sarris, A.J.C. / Meeuwenoord, N.J. / Bule, P. / Kayal, Y. / Ilan, N. ...

履歴

登録	2021年9月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7psk.cif.gz	120.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7psk.ent.gz	85 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7psk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7psk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7psk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pr6C 7pr7C 7pr8C 7pr9C 7prbC 7prtC 7pshC 7psiC 7psjC 5g0mS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-glucuronidase

ヘテロ分子

51.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.889, 44.573, 136.897
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.599, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-920- HOH

#1: タンパク質

Beta-glucuronidase

分子量: 50814.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acidobacterium capsulatum (strain ATCC 51196 / DSM 11244 / JCM 7670 / NBRC 15755 / NCIMB 13165 / 161) (バクテリア)
株: ATCC 51196 / DSM 11244 / JCM 7670 / NBRC 15755 / NCIMB 13165 / 161
遺伝子: ACP_2665 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C1F2K5

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-(2R,3S,5R,6R)-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl) ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 491.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/1,1,0/[a2122h-1a_1-5_1OC^RC^SC^RC^SC^SC^R$3/8O/7O/6O/5O/4CO/13=O_2NCC/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1/	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][<C7O5>]{[(1+1)][a-D-GlcpNAc6SO3]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 566 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.5 M AmSO4 1 M LiSO4 0.1 M Trisodium Citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91188 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91188 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.09→67.85 Å / Num. obs: 201068 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 1.09→1.11 Å / Num. unique obs: 9095 / CC_1/2: 0.803

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5g0m

5g0m

解像度: 1.09→42.383 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / WR_factor R_free: 0.193 / WR_factor R_work: 0.178 / SU B: 0.42 / SU ML: 0.021 / Average fsc free: 0.9383 / Average fsc work: 0.9435 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.03 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1849	9956	4.953 %
R_work	0.1719	191040	-
all	0.173	-	-
obs	-	200996	97.342 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.154 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.334 Å²	0 Å²	0.162 Å²
2-	-	0.366 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.073 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.09→42.383 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3323	0	36	566	3925

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.013	3547
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3161
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.991	1.664	4849
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.692	1.582	7329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	18.657	5.452	476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.827	22.093	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.525	15	495
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.322	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	459
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	788
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.265	0.2	812
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	3239
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	1818
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.096	0.2	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.033	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.138	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.281	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.092	0.987	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.089	0.987	1803
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.573	1.485	2266
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.573	1.485	2267
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.948	1.169	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.948	1.168	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.86	1.688	2582
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.859	1.688	2583
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.099	13.675	4398
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.819	12.793	4214

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.09-1.118	0.265	745	0.242	13147	X-RAY DIFFRACTION	91.473
1.118-1.149	0.238	687	0.224	13495	X-RAY DIFFRACTION	95.8243
1.149-1.182	0.23	711	0.208	13141	X-RAY DIFFRACTION	96.2078
1.182-1.219	0.207	623	0.193	12864	X-RAY DIFFRACTION	96.5564
1.219-1.259	0.188	654	0.179	12496	X-RAY DIFFRACTION	96.8907
1.259-1.303	0.188	620	0.17	12169	X-RAY DIFFRACTION	97.2326
1.303-1.352	0.193	625	0.166	11710	X-RAY DIFFRACTION	97.3099
1.352-1.407	0.173	524	0.162	11352	X-RAY DIFFRACTION	97.4561
1.407-1.47	0.186	574	0.159	10842	X-RAY DIFFRACTION	97.531
1.47-1.541	0.162	556	0.149	10438	X-RAY DIFFRACTION	97.6724
1.541-1.625	0.158	488	0.153	9980	X-RAY DIFFRACTION	98.578
1.625-1.723	0.176	541	0.152	9430	X-RAY DIFFRACTION	98.8892
1.723-1.842	0.184	455	0.153	8987	X-RAY DIFFRACTION	99.2328
1.842-1.99	0.169	417	0.156	8353	X-RAY DIFFRACTION	99.3655
1.99-2.179	0.166	424	0.159	7722	X-RAY DIFFRACTION	99.5357
2.179-2.436	0.166	374	0.16	6997	X-RAY DIFFRACTION	99.7024
2.436-2.813	0.183	341	0.168	6204	X-RAY DIFFRACTION	99.9237
2.813-3.444	0.187	252	0.182	5285	X-RAY DIFFRACTION	99.8557
3.444-4.865	0.187	217	0.173	4108	X-RAY DIFFRACTION	99.7233
4.865-42.3	0.214	128	0.229	2320	X-RAY DIFFRACTION	99.3506

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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