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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pr6 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of E. coli beta-glucuronidase in complex with covalent inhibitor ME727 | ||||||||||||||||||||||||
要素 | Beta-glucuronidase | ||||||||||||||||||||||||
キーワード | CARBOHYDRATE (炭水化物) / glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) / glucuronidase / GH2 | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucuronoside catabolic process / beta-glucuronidase activity / beta-glucuronidase / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / protein-containing complex / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Wu, L. / Armstrong, Z. / Davies, G.J. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 7件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022 タイトル: Mechanism-based heparanase inhibitors reduce cancer metastasis in vivo. 著者: de Boer, C. / Armstrong, Z. / Lit, V.A.J. / Barash, U. / Ruijgrok, G. / Boyango, I. / Weitzenberg, M.M. / Schroder, S.P. / Sarris, A.J.C. / Meeuwenoord, N.J. / Bule, P. / Kayal, Y. / Ilan, N. ...著者: de Boer, C. / Armstrong, Z. / Lit, V.A.J. / Barash, U. / Ruijgrok, G. / Boyango, I. / Weitzenberg, M.M. / Schroder, S.P. / Sarris, A.J.C. / Meeuwenoord, N.J. / Bule, P. / Kayal, Y. / Ilan, N. / Codee, J.D.C. / Vlodavsky, I. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J. / Wu, L. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pr6.cif.gz | 452.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pr6.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7pr6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/7pr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/7pr6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7pr7C 7pr8C 7pr9C 7prbC 7prtC 7pshC 7psiC 7psjC 7pskC 3k46S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 68375.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: uidA, gurA, gusA, b1617, JW1609 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05804, beta-glucuronidase #2: 糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M NaNO3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97933 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→47.76 Å / Num. obs: 86916 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.695 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 6526 / CC1/2: 0.334 / Rpim(I) all: 0.983 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3k46 解像度: 1.99→47.803 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.266 / WRfactor Rwork: 0.222 / Average fsc free: 0.8368 / Average fsc work: 0.8483 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.188 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.325 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→47.803 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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