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- PDB-7pr8: Crystal structure of human heparanase in complex with covalent in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pr8
タイトルCrystal structure of human heparanase in complex with covalent inhibitor GR109
要素
  • Heparanase 50 kDa subunit
  • Heparanase 8 kDa subunit
キーワードCARBOHYDRATE / glycoside hydrolase / glucuronidase / GH79 / heparan sulfate
機能・相同性
機能・相同性情報


heparanase / heparanase activity / regulation of hair follicle development / heparin proteoglycan metabolic process / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / positive regulation of hair follicle development / HS-GAG degradation / beta-glucuronidase activity / syndecan binding / proteoglycan metabolic process ...heparanase / heparanase activity / regulation of hair follicle development / heparin proteoglycan metabolic process / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / positive regulation of hair follicle development / HS-GAG degradation / beta-glucuronidase activity / syndecan binding / proteoglycan metabolic process / vascular wound healing / protein transmembrane transport / establishment of endothelial barrier / angiogenesis involved in wound healing / positive regulation of osteoblast proliferation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of blood coagulation / extracellular matrix / lysosomal lumen / cell-matrix adhesion / specific granule lumen / lysosome / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / membrane raft / lysosomal membrane / response to antibiotic / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 79 / Glycosyl hydrolase family 79, N-terminal domain / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Wu, L. / Armstrong, Z. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 7件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC-2011-AdG-290836 英国
European Research Council (ERC)ERC-2012-AdG-322942 英国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO) 英国
Israel Science Foundation1021/19 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)STF8184 英国
Royal Society 英国
Wellcome Trust218579/Z/19/Z 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Mechanism-based heparanase inhibitors reduce cancer metastasis in vivo.
著者: de Boer, C. / Armstrong, Z. / Lit, V.A.J. / Barash, U. / Ruijgrok, G. / Boyango, I. / Weitzenberg, M.M. / Schroder, S.P. / Sarris, A.J.C. / Meeuwenoord, N.J. / Bule, P. / Kayal, Y. / Ilan, N. ...著者: de Boer, C. / Armstrong, Z. / Lit, V.A.J. / Barash, U. / Ruijgrok, G. / Boyango, I. / Weitzenberg, M.M. / Schroder, S.P. / Sarris, A.J.C. / Meeuwenoord, N.J. / Bule, P. / Kayal, Y. / Ilan, N. / Codee, J.D.C. / Vlodavsky, I. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J. / Wu, L.
履歴
登録2021年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heparanase 50 kDa subunit
B: Heparanase 8 kDa subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,53914
ポリマ－51,6082
非ポリマー1,93012
水5,549308
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, both subunits elute in a single peak at the expected retention time
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10990 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.490, 71.290, 79.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.200, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Heparanase 50 kDa subunit


分子量: 43334.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y251
#2: タンパク質 Heparanase 8 kDa subunit


分子量: 8273.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y251

-
糖 , 3種, 5分子

#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-(2R,3S,5R,6R)-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl) ...2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-(2R,3S,5R,6R)-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexane-1-carboxylic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 491.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,1,0/[a2122h-1a_1-5_1*OC^RC^SC^RC^SC^SC^R$3/8O/7O/6O/5O/4CO/13=O_2*NCC/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1/WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][<C7O5>]{[(1+1)][a-D-GlcpNAc6SO3]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 315分子

#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.5, 0.1 M MgCl2, 17% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→39.37 Å / Num. obs: 59928 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.66→1.7 Å / Rmerge(I) obs: 1.415 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4353 / CC1/2: 0.532 / Rpim(I) all: 0.789

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5e8m

5e8m


解像度: 1.66→39.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 2.738 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.089 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1943 3027 5.052 %
Rwork0.1666 56894 -
all0.168 --
obs-59921 98.579 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 36.497 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.611 Å2-0 Å21.759 Å2
2---2.022 Å20 Å2
3----0.894 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→39.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3643 0 122 308 4073
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133932
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173749
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6941.6965342
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3751.6188665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8095467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.12121.858183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.13515654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.0931522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.280.2515
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024850
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02904
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2740
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1780.23475
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.21907
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0870.21821
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.040.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1750.219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2480.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2170.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9213.4711859
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9173.4681858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9325.1892329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9335.1912330
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0954.0132073
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0944.0142074
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0875.8183013
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.0865.823014
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.60642.0124323
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.60642.0214324
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.66-1.7030.3432410.3324104X-RAY DIFFRACTION97.7283
1.703-1.750.3342010.3114065X-RAY DIFFRACTION98.0239
1.75-1.80.2831900.2834004X-RAY DIFFRACTION98.1971
1.8-1.8560.282070.2443836X-RAY DIFFRACTION98.2264
1.856-1.9170.2412110.2083696X-RAY DIFFRACTION98.2893
1.917-1.9840.2342000.23608X-RAY DIFFRACTION98.271
1.984-2.0590.2191610.1713518X-RAY DIFFRACTION98.8182
2.059-2.1430.1971560.1673406X-RAY DIFFRACTION98.7251
2.143-2.2380.2111820.1573207X-RAY DIFFRACTION98.4316
2.238-2.3470.2231560.1583094X-RAY DIFFRACTION98.9044
2.347-2.4740.1791750.1542938X-RAY DIFFRACTION98.6063
2.474-2.6240.1781750.1542766X-RAY DIFFRACTION99.1571
2.624-2.8050.2091540.1632599X-RAY DIFFRACTION98.922
2.805-3.0290.2081230.1642474X-RAY DIFFRACTION99.1979
3.029-3.3180.1861260.1672271X-RAY DIFFRACTION99.2958
3.318-3.7080.2960.1682042X-RAY DIFFRACTION98.8442
3.708-4.2810.1541110.1321812X-RAY DIFFRACTION99.4827
4.281-5.2390.128760.1271556X-RAY DIFFRACTION99.4516
5.239-7.3920.206530.1741207X-RAY DIFFRACTION99.5261
7.392-39.370.162330.154691X-RAY DIFFRACTION98.9071

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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