PDB-7psj: Crystal structure of beta-glucuronidase from Acidobacterium capsu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7psj

タイトル

Crystal structure of beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum in complex with covalent inhibitor VL166

要素

Beta-glucuronidase

キーワード

CARBOHYDRATE / glycoside hydrolase / glucuronidase / GH79 / heparan sulfate

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acidobacterium capsulatum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Armstrong, Z. / Wu, L. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 7件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	ERC-2011-AdG-290836	英国
European Research Council (ERC)	ERC-2012-AdG-322942	英国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)		英国
Israel Science Foundation	1021/19	英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)	STF8184	英国
Royal Society		英国
Wellcome Trust	218579/Z/19/Z	英国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Mechanism-based heparanase inhibitors reduce cancer metastasis in vivo.
著者: de Boer, C. / Armstrong, Z. / Lit, V.A.J. / Barash, U. / Ruijgrok, G. / Boyango, I. / Weitzenberg, M.M. / Schroder, S.P. / Sarris, A.J.C. / Meeuwenoord, N.J. / Bule, P. / Kayal, Y. / Ilan, N. ...

履歴

登録	2021年9月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7psj.cif.gz	109.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7psj.ent.gz	79 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7psj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7psj_validation.pdf.gz	948.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7psj_full_validation.pdf.gz	949.7 KB	表示
XML形式データ	7psj_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	7psj_validation.cif.gz	31.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7psj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7psj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pr6C 7pr7C 7pr8C 7pr9C 7prbC 7prtC 7pshC 7psiC 7pskC 5g0mS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-glucuronidase

ヘテロ分子

51.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.393, 44.117, 136.708
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.579, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-644- HOH
2	1	A-821- HOH

#1: タンパク質

Beta-glucuronidase

分子量: 50814.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acidobacterium capsulatum (strain ATCC 51196 / DSM 11244 / JCM 7670 / NBRC 15755 / NCIMB 13165 / 161) (バクテリア)
株: ATCC 51196 / DSM 11244 / JCM 7670 / NBRC 15755 / NCIMB 13165 / 161
遺伝子: ACP_2665 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C1F2K5

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-(2R,3S,5R,6R)-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl) ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 411.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.5 M AmSO4 1 M LiSO4 0.1 M Trisodium Citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979499 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979499 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→75.11 Å / Num. obs: 71878 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / Num. unique obs: 3595 / CC_1/2: 0.793

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5g0m

5g0m

解像度: 1.55→75.112 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / WR_factor R_free: 0.215 / WR_factor R_work: 0.186 / Average fsc free: 0.8165 / Average fsc work: 0.8234 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2227	3593	5 %
R_work	0.1946	68263	-
all	0.196	-	-
obs	-	71856	99.796 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.816 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.535 Å²	-0 Å²	0.684 Å²
2-	-	3.605 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.174 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→75.112 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3312	0	32	360	3704

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	3445
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	3092
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.643	1.661	4691
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.527	1.582	7162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.689	5	435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.61	21.875	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.328	15	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.476	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.2	0.2	445
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3942
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.014	0.02	765
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	666
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	2817
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.01	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.191	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.752	2.135	1749
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.729	2.135	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.574	3.186	2181
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.576	3.187	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.497	2.413	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.497	2.413	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.799	3.517	2510
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.798	3.517	2511
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.329	26.049	3956
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.236	25.532	3860

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.55-1.59	0.327	270	0.332	5029	0.332	5310	0.542	0.53	99.7928	0.342
1.59-1.634	0.314	239	0.328	4904	0.327	5169	0.533	0.522	99.497	0.331
1.634-1.681	0.318	268	0.3	4711	0.301	4991	0.628	0.628	99.7596	0.298
1.681-1.733	0.321	235	0.285	4611	0.287	4854	0.679	0.689	99.8352	0.282
1.733-1.79	0.266	245	0.247	4473	0.248	4720	0.757	0.791	99.9576	0.236
1.79-1.852	0.25	220	0.229	4363	0.23	4587	0.835	0.844	99.9128	0.217
1.852-1.922	0.232	237	0.207	4170	0.209	4415	0.872	0.883	99.8188	0.194
1.922-2.001	0.224	194	0.193	4037	0.194	4237	0.907	0.909	99.8584	0.178
2.001-2.09	0.225	203	0.179	3873	0.182	4080	0.92	0.929	99.902	0.167
2.09-2.192	0.2	173	0.163	3717	0.165	3896	0.939	0.942	99.846	0.15
2.192-2.31	0.198	184	0.166	3519	0.167	3718	0.939	0.948	99.5966	0.152
2.31-2.45	0.23	154	0.163	3381	0.166	3543	0.926	0.948	99.7742	0.15
2.45-2.619	0.216	174	0.173	3133	0.176	3309	0.933	0.946	99.9396	0.16
2.619-2.828	0.223	162	0.183	2896	0.185	3060	0.935	0.945	99.9346	0.172
2.828-3.098	0.257	159	0.196	2684	0.2	2843	0.926	0.938	100	0.187
3.098-3.463	0.202	138	0.19	2453	0.191	2592	0.947	0.951	99.9614	0.188
3.463-3.997	0.225	119	0.164	2187	0.167	2309	0.944	0.962	99.8701	0.168
3.997-4.892	0.147	110	0.146	1841	0.146	1953	0.973	0.973	99.8976	0.155
4.892-6.904	0.175	72	0.175	1434	0.175	1508	0.966	0.964	99.8674	0.183
6.904-75.112	0.198	37	0.196	847	0.196	892	0.958	0.963	99.1031	0.217

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関連情報:EMDBヘッダ

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