PDB-7psi: Crystal structure of beta-glucuronidase from Acidobacterium capsu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7psi

タイトル

Crystal structure of beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum in complex with covalent inhibitor ME727

要素

Beta-glucuronidase

キーワード

CARBOHYDRATE / glycoside hydrolase / glucuronidase / GH79

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acidobacterium capsulatum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Armstrong, Z. / Wu, L. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 7件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	ERC-2011-AdG-290836	英国
European Research Council (ERC)	ERC-2012-AdG-322942	英国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)		英国
Israel Science Foundation	1021/19	英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)	STF8184	英国
Royal Society		英国
Wellcome Trust	218579/Z/19/Z	英国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Mechanism-based heparanase inhibitors reduce cancer metastasis in vivo.
著者: de Boer, C. / Armstrong, Z. / Lit, V.A.J. / Barash, U. / Ruijgrok, G. / Boyango, I. / Weitzenberg, M.M. / Schroder, S.P. / Sarris, A.J.C. / Meeuwenoord, N.J. / Bule, P. / Kayal, Y. / Ilan, N. ...

履歴

登録	2021年9月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7psi.cif.gz	115 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7psi.ent.gz	83.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7psi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7psi_validation.pdf.gz	878.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7psi_full_validation.pdf.gz	879.5 KB	表示
XML形式データ	7psi_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	7psi_validation.cif.gz	34.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7psi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7psi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pr6C 7pr7C 7pr8C 7pr9C 7prbC 7prtC 7pshC 7psjC 7pskC 5g0mS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-glucuronidase

ヘテロ分子

51.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.656, 44.469, 136.714
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.610, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質	Beta-glucuronidase 分子量: 50814.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acidobacterium capsulatum (strain ATCC 51196 / DSM 11244 / JCM 7670 / NBRC 15755 / NCIMB 13165 / 161) (バクテリア) 株: ATCC 51196 / DSM 11244 / JCM 7670 / NBRC 15755 / NCIMB 13165 / 161 遺伝子: ACP_2665 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C1F2K5
#2: 糖	ChemComp-8I4 / (2R,3S,5R,6R)-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexane-1-carboxylic acid / (2R)-5-[(E)-2-(2,4-dinitrophenyl)ethenyl]-2-[(1R)-2-oxidanyl-2-oxidanylidene-1-(2-thiophen-2-ylethanoylamino)ethyl]-3,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid タイプ: saccharide / 分子量: 208.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₂O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.5 M AmSO4 1 M LiSO4 0.1 M Trisodium Citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91188 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91188 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→74.62 Å / Num. obs: 133814 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 1.25→1.27 Å / Num. unique obs: 6083 / CC_1/2: 0.68

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5g0m

5g0m

解像度: 1.25→74.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.042 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1841	6617	4.946 %
R_work	0.1685	127159	-
all	0.169	-	-
obs	-	133776	98.07 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.788 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.585 Å²	0 Å²	0.52 Å²
2-	-	0.449 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→74.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3458	0	23	466	3947

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	3606
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	3215
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.803	1.648	4917
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.388	1.571	7450
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.262	5	465
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.432	21.978	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.201	15	514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.297	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	463
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	4171
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.02	0.02	795
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	769
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	3112
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	1847
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	351
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.081	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.111	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.301	1.28	1851
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.28	1.279	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.942	1.921	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.942	1.922	2317
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.298	1.508	1755
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.203	1.499	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.34	2.18	2600
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.329	2.164	2595
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.527	16.703	4304
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.302	16.107	4177

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.25-1.282	0.27	461	0.281	8744	0.28	10047	0.801	0.784	91.6194	0.279
1.282-1.318	0.265	460	0.261	9004	0.261	9735	0.818	0.821	97.2162	0.258
1.318-1.356	0.24	493	0.242	8802	0.242	9537	0.864	0.859	97.4625	0.237
1.356-1.397	0.231	438	0.222	8622	0.222	9269	0.882	0.883	97.7452	0.217
1.397-1.443	0.235	460	0.208	8285	0.21	8924	0.898	0.901	97.9942	0.2
1.443-1.494	0.181	402	0.184	8086	0.184	8640	0.936	0.931	98.2407	0.174
1.494-1.55	0.192	401	0.168	7833	0.169	8366	0.943	0.943	98.4222	0.157
1.55-1.614	0.19	412	0.163	7535	0.165	8062	0.942	0.949	98.5736	0.152
1.614-1.685	0.185	376	0.156	7245	0.157	7740	0.947	0.954	98.4625	0.146
1.685-1.767	0.176	369	0.149	6937	0.15	7416	0.956	0.961	98.5167	0.141
1.767-1.863	0.167	339	0.143	6616	0.144	7052	0.963	0.966	98.6245	0.138
1.863-1.976	0.159	326	0.141	6246	0.142	6614	0.964	0.968	99.365	0.142
1.976-2.112	0.184	294	0.147	6004	0.149	6322	0.951	0.965	99.6204	0.153
2.112-2.281	0.161	300	0.142	5498	0.143	5823	0.965	0.969	99.5707	0.151
2.281-2.499	0.158	245	0.147	5143	0.147	5402	0.969	0.97	99.7408	0.163
2.499-2.793	0.181	217	0.161	4680	0.162	4902	0.954	0.959	99.898	0.183
2.793-3.225	0.182	240	0.173	4072	0.174	4314	0.96	0.958	99.9536	0.205
3.225-3.948	0.158	173	0.153	3512	0.154	3688	0.97	0.97	99.9187	0.189
3.948-5.575	0.167	129	0.158	2746	0.159	2883	0.971	0.972	99.7225	0.209
5.575-74.622	0.213	82	0.206	1549	0.206	1636	0.952	0.948	99.6944	0.287

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