PDB-7psh: Crystal structure of beta-glucuronidase from Acidobacterium capsu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7psh

タイトル

Crystal structure of beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum at 1.24 Angstrom resolution

要素

Beta-glucuronidase

キーワード

CARBOHYDRATE / glycoside hydrolase / glucuronidase / GH79 / heparan sulfate

機能・相同性

Beta-glucuronidase, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 79 C-terminal beta domain / Glycoside hydrolase, family 79 / Glycosyl hydrolase family 79, N-terminal domain / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily / membrane / Beta-glucuronidase C-terminal domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Acidobacterium capsulatum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.24 Å

データ登録者

Armstrong, Z. / Wu, L. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 7件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	ERC-2011-AdG-290836	英国
European Research Council (ERC)	ERC-2012-AdG-322942	英国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)		英国
Israel Science Foundation	1021/19	英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)	STF8184	英国
Royal Society		英国
Wellcome Trust	218579/Z/19/Z	英国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Mechanism-based heparanase inhibitors reduce cancer metastasis in vivo.
著者: de Boer, C. / Armstrong, Z. / Lit, V.A.J. / Barash, U. / Ruijgrok, G. / Boyango, I. / Weitzenberg, M.M. / Schroder, S.P. / Sarris, A.J.C. / Meeuwenoord, N.J. / Bule, P. / Kayal, Y. / Ilan, N. ...

履歴

登録	2021年9月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7psh.cif.gz	111.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7psh.ent.gz	80.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7psh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7psh_validation.pdf.gz	423.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7psh_full_validation.pdf.gz	426.1 KB	表示
XML形式データ	7psh_validation.xml.gz	21.1 KB	表示
CIF形式データ	7psh_validation.cif.gz	33 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7psh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7psh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pr6C 7pr7C 7pr8C 7pr9C 7prbC 7prtC 7psiC 7psjC 7pskC 5g0mS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-glucuronidase

50.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.865, 44.149, 136.277
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.577, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-631- HOH
2	1	A-869- HOH

#1: タンパク質	Beta-glucuronidase 分子量: 50814.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acidobacterium capsulatum (strain ATCC 51196 / DSM 11244 / JCM 7670 / NBRC 15755 / NCIMB 13165 / 161) (バクテリア) 株: ATCC 51196 / DSM 11244 / JCM 7670 / NBRC 15755 / NCIMB 13165 / 161 遺伝子: ACP_2665 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C1F2K5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.5 M AmSO4 1 M LiSO4 0.1 M Trisodium Citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91188 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91188 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→74.69 Å / Num. obs: 134306 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.26→1.26 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 6247 / CC_1/2: 0.794

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5g0m

5g0m

解像度: 1.24→74.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.042 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1878	6827	5.085 %
R_work	0.1686	127431	-
all	0.17	-	-
obs	-	134258	96.845 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.347 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.922 Å²	-0 Å²	0.17 Å²
2-	-	0.688 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.183 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.24→74.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3372	0	5	411	3788

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.013	3524
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	3154
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.959	1.648	4805
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.405	1.572	7300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.315	5	456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.547	21.854	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.174	15	509
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.424	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	451
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	4089
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.02	0.02	789
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	731
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.221	0.2	3061
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.191	0.2	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	294
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.121	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.163	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.217	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.6	1.573	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.6	1.573	1815
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.289	2.361	2273
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.289	2.362	2274
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.563	1.795	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.562	1.795	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.763	2.604	2531
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.762	2.605	2532
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.923	19.58	4146
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.85	19.097	4049

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.24-1.272	0.284	436	0.244	8586	0.246	10168	0.833	0.842	88.7293	0.228
1.272-1.307	0.227	488	0.223	8918	0.223	9938	0.9	0.897	94.6468	0.207
1.307-1.345	0.241	459	0.212	8831	0.213	9668	0.903	0.91	96.0902	0.197
1.345-1.386	0.216	471	0.204	8597	0.205	9414	0.918	0.922	96.3246	0.189
1.386-1.432	0.217	465	0.191	8323	0.192	9098	0.926	0.933	96.5927	0.175
1.432-1.482	0.196	459	0.177	8060	0.178	8792	0.943	0.947	96.8949	0.163
1.482-1.538	0.179	451	0.161	7830	0.162	8516	0.955	0.956	97.2405	0.15
1.538-1.601	0.193	405	0.166	7534	0.168	8151	0.948	0.955	97.3991	0.157
1.601-1.672	0.187	410	0.161	7308	0.162	7902	0.953	0.959	97.6715	0.155
1.672-1.753	0.189	371	0.16	6980	0.161	7510	0.953	0.958	97.8828	0.156
1.753-1.848	0.18	356	0.158	6659	0.159	7181	0.957	0.962	97.6883	0.159
1.848-1.96	0.164	335	0.156	6306	0.157	6752	0.965	0.966	98.356	0.162
1.96-2.095	0.184	293	0.16	5995	0.161	6370	0.956	0.963	98.7127	0.172
2.095-2.263	0.183	294	0.152	5580	0.153	5938	0.96	0.966	98.9222	0.167
2.263-2.479	0.167	272	0.152	5168	0.152	5488	0.967	0.969	99.1254	0.173
2.479-2.771	0.171	242	0.161	4717	0.162	4993	0.963	0.966	99.319	0.188
2.771-3.199	0.181	219	0.175	4136	0.176	4377	0.96	0.959	99.4974	0.21
3.199-3.916	0.182	189	0.159	3544	0.16	3748	0.964	0.967	99.5998	0.196
3.916-5.531	0.17	125	0.157	2798	0.157	2931	0.968	0.969	99.7271	0.2
5.531-74.693	0.252	87	0.224	1563	0.225	1662	0.935	0.942	99.278	0.296

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