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- PDB-7prg: Joint X-ray/neutron room temperature structure of perdeuterated L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7prg
タイトルJoint X-ray/neutron room temperature structure of perdeuterated LecB lectin in complex with perdeuterated fucose
要素Fucose-binding lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin (レクチン) / complex
機能・相同性Lectin, sugar-binding / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / carbohydrate binding / alpha-L-fucopyranose / Fucose-binding lectin
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Gajdos, L. / Blakeley, M.P. / Haertlein, M. / Forsyth, T.V. / Devos, J.M. / Imberty, A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Institut Laue-Langevin フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Neutron crystallography reveals mechanisms used by Pseudomonas aeruginosa for host-cell binding.
著者: Gajdos, L. / Blakeley, M.P. / Haertlein, M. / Forsyth, V.T. / Devos, J.M. / Imberty, A.
履歴
登録2021年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_detector / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / exptl / pdbx_initial_refinement_model / refine / reflns / reflns_shell
Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _diffrn_detector.type ..._diffrn_detector.pdbx_collection_date / _diffrn_detector.type / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l / _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.source / _diffrn_source.type / _exptl.crystals_number / _refine.pdbx_diffrn_id / _reflns.d_resolution_high / _reflns.d_resolution_low / _reflns.number_obs / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns.pdbx_redundancy / _reflns.percent_possible_obs / _reflns_shell.d_res_high / _reflns_shell.d_res_low / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fucose-binding lectin
B: Fucose-binding lectin
C: Fucose-binding lectin
D: Fucose-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,53717
ポリマ－47,4644
非ポリマー1,07313
水6,557364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.900, 73.870, 55.003
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.580, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Fucose-binding lectin / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / Fucose-binding lectin PA-IIL


分子量: 11865.905 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: lecB, C0044_25260, CAZ10_21840, DT376_00595, DY979_15445, ECC04_10105, EFK27_13700, EGV95_09240, EGY23_15550, IPC669_23070, PA5486_01888, PAERUG_E15_London_28_01_14_00983, PAMH19_1713, RW109_RW109_02453
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A069Q9V4
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖
ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス / フコース


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris/DCl, pD 7.1, 20% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
12931N
22931N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
SEALED TUBEXenocs GeniX 3D Cu HF11.5418
NUCLEAR REACTORILL LADI III22.8-3.8
検出器
タイプID検出器日付
MAR scanner 345 mm plate1IMAGE PLATE2020年9月16日
LADI III2IMAGE PLATE2020年8月18日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
22.81
33.81
反射

Biso Wilson estimate: 12.85 Å2 / Entry-ID: 7PRG

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)CC1/2Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)Rpim(I) all
1.85-333485596.6710.097111.3
1.9-432447873.83.725.510.9
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsCC1/2Diffraction-IDRpim(I) all
1.85-1.8915860.851
1.9-2.084860217

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
iMOSFLMデータ削減
Cootモデル構築
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化

SU ML: 0.1284 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 12.8624 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 1GZT

1gzt

/ 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDBiso mean (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-IDσ(F)
1.85-27.41X-RAY DIFFRACTION21.520.14190.10420.106117363299834734596.2211.36
1.9-42.92NEUTRON DIFFRACTION0.24610.19140.19411195242834.9272.842
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→27.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3308 0 57 364 3729
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01017941
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.269313360
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074636
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00681199
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.88922841
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.01017941
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.269313360
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074636
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.00681199
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.88922841
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.90.20921160.1752101X-RAY DIFFRACTION73.68
1.9-1.970.16481250.12552596X-RAY DIFFRACTION90.64
1.97-2.040.15071500.10772766X-RAY DIFFRACTION97.36
2.04-2.120.16411650.10922790X-RAY DIFFRACTION98.76
2.12-2.210.14461350.10032825X-RAY DIFFRACTION99.06
2.21-2.330.13751710.09582791X-RAY DIFFRACTION99.4
2.33-2.480.13551400.09682837X-RAY DIFFRACTION99.67
2.48-2.670.16011450.10612867X-RAY DIFFRACTION99.83
2.67-2.940.16971690.11452855X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.360.14861420.11092850X-RAY DIFFRACTION100
3.36-4.230.11951340.08982892X-RAY DIFFRACTION100
4.23-27.410.10071440.09172828X-RAY DIFFRACTION96.43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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