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万見
- PDB-7pre: Solution structure of the NRDI domain of Nab3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pre
タイトルSolution structure of the NRDI domain of Nab3
要素HLJ1_G0022400.mRNA.1.CDS.1
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Transcription termination / NNS pathway / yeast (酵母) / Nab3 / heterodimerization domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Nab3, RNA recognition motif / Anticodon-binding domain superfamily / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HLJ1_G0022400.mRNA.1.CDS.1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Chaves-Arquero, B. / Martinez-Lumbreras, S. / Perez-Canadillas, J.M.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Autonomous Community of MadridBMD-3770 スペイン
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2022
タイトル: Structural basis of Nrd1-Nab3 heterodimerization.
著者: Chaves-Arquero, B. / Martinez-Lumbreras, S. / Camero, S. / Santiveri, C.M. / Mirassou, Y. / Campos-Olivas, R. / Jimenez, M.A. / Calvo, O. / Perez-Canadillas, J.M.
履歴
登録2021年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLJ1_G0022400.mRNA.1.CDS.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1071
ポリマ－6,1071
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5210 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50target function
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 HLJ1_G0022400.mRNA.1.CDS.1


分子量: 6106.913 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS5883 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6L0ZXA8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
124isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D CBCA(CO)NH
161isotropic13D HN(CA)CB
174isotropic13D (H)CCH-TOCSY
192isotropic12D 1H-1H NOESY
183isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution125 mM potassium phosphate, 25 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 480 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Nab3, 90% H2O/10% D2OH2O-CN90% H2O/10% D2O
solution225 mM potassium phosphate, 25 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 480 uM Nab3, 90% H2O/10% D2OH2O-na90% H2O/10% D2O
solution325 mM potassium phosphate, 25 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 480 uM Nab3, 100% D2OD2O-na100% D2O
solution425 mM potassium phosphate, 25 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 480 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Nab3, 100% D2OD2O-CN100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
25 mMpotassium phosphatenatural abundance1
25 mMsodium chloridenatural abundance1
1 mMDTTnatural abundance1
480 uMNab3[U-100% 13C; U-100% 15N]1
25 mMpotassium phosphatenatural abundance2
25 mMsodium chloridenatural abundance2
1 mMDTTnatural abundance2
480 uMNab3natural abundance2
25 mMpotassium phosphatenatural abundance3
25 mMsodium chloridenatural abundance3
1 mMDTTnatural abundance3
480 uMNab3natural abundance3
25 mMpotassium phosphatenatural abundance4
25 mMsodium chloridenatural abundance4
1 mMDTTnatural abundance4
480 uMNab3[U-100% 13C; U-100% 15N]4
試料状態イオン強度: 53.5 mM / Label: conditions1 / pH: 6.6 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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