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- PDB-1i2y: 1.66 A STRUCTURE OF A-DUPLEX WITH BULGED ADENOSINE, SPERMINE FORM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i2y
タイトル1.66 A STRUCTURE OF A-DUPLEX WITH BULGED ADENOSINE, SPERMINE FORM
要素DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*G)-D(P*AP*TP*AP*T)-R(P*AP*CP*GP*U)-3')
キーワードDNA-RNA HYBRID / adenine bulge / A-type NA / DNA/RNA hybrid
機能・相同性スペルミン / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Tereshko, V. / Wallace, S. / Usman, N. / Wincott, F. / Egli, M.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2001
タイトル: X-ray crystallographic observation of "in-line" and "adjacent" conformations in a bulged self-cleaving RNA/DNA hybrid.
著者: Tereshko, V. / Wallace, S.T. / Usman, N. / Wincott, F.E. / Egli, M.
履歴
登録2001年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*G)-D(P*AP*TP*AP*T)-R(P*AP*CP*GP*U)-3')
B: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*G)-D(P*AP*TP*AP*T)-R(P*AP*CP*GP*U)-3')
C: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*G)-D(P*AP*TP*AP*T)-R(P*AP*CP*GP*U)-3')
D: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*G)-D(P*AP*TP*AP*T)-R(P*AP*CP*GP*U)-3')
E: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*G)-D(P*AP*TP*AP*T)-R(P*AP*CP*GP*U)-3')
F: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*G)-D(P*AP*TP*AP*T)-R(P*AP*CP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0307
ポリマ－20,8276
非ポリマー2021
水6,017334
1
A: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*G)-D(P*AP*TP*AP*T)-R(P*AP*CP*GP*U)-3')
B: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*G)-D(P*AP*TP*AP*T)-R(P*AP*CP*GP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9422
ポリマ－6,9422
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*G)-D(P*AP*TP*AP*T)-R(P*AP*CP*GP*U)-3')
D: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*G)-D(P*AP*TP*AP*T)-R(P*AP*CP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1453
ポリマ－6,9422
非ポリマー2021
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*G)-D(P*AP*TP*AP*T)-R(P*AP*CP*GP*U)-3')
F: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*G)-D(P*AP*TP*AP*T)-R(P*AP*CP*GP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9422
ポリマ－6,9422
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.53, 45.22, 162.02
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA/RNAハイブリッド
DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*G)-D(P*AP*TP*AP*T)-R(P*AP*CP*GP*U)-3')


分子量: 3471.194 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: spermine, MPD. pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 298
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1spermineスペルミン11
2MPD11
3MPD12
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 9 / PH range high: 5.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.72 mMDNA1drop
220 mMsodium cacodylate1reservoir
325 mMspermine1reservoir
440 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年1月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→20 Å / Num. all: 26418 / Num. obs: 26418 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
最高解像度: 1.65 Å / Num. obs: 26875 / % possible obs: 97.4 % / Rmerge(I) obs: 0.042

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.66→10 Å / 交差検証法: througout / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 2335 8.8 %random
Rwork0.217 ---
all-26418 --
obs-26418 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1380 14 334 1728
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 24925 / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.217 / Rfactor Rfree: 0.245
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.54
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 1.71 Å / Rfactor Rfree: 0.281 / Rfactor Rwork: 0.285 / Num. reflection Rwork: 1169

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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